세액 감면을 위해 임대사업자 등록서류를 접수했음에도 행정기관의 내부절차로 인해 등록일이 경과됐다면, 취득세를 면제하는 것이 합당하다는 심판결정이 내려졌다.

조세심판원은 12알 임대부동산의 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록을 하지 않았다고 보아 기 감면받은 취득세 등을 추징한 과세관청의 처분은 부당하다는 심판결정문을 공개했다.

조세심판원에 따르면, A 법인은 2014년 3월19일 쟁점토지를 취득한 후 그해 4월16일 지방세특례제한법 제31조 제1항에 따라 취득세 등을 감면받았으나, 과세관청은 A 법인이 쟁점토지를 취득한 후 60일을 경과한 2014년 5월26일 임대사업자로 등록한 점을 이유로 취득세를 부과·고지했다.

이에 반발한 A 법인은 취득세를 감면받기 위해 현행 쟁점토지 취득일로부터 60일이 되는 날인 5월19일 임대사업자 등록신청을 전자민원을 통해 접수했으며, 접수증 또한 통보받은 등 취득세 감면절차를 이행했다고 주장했다.

다만, 민원접수기관에서 임대주택 305세대를 직접 입력하는데 어려움이 있고, 과실이 발생할 경우 수정이 어렵다고 행정지도를 함에 따라, 다음날인 5월20일 임대사업자 등록을 취소한 후 5월 22일 서면접수 한 것일 뿐이라고 반박했다.

즉, A 법인이 임대용 부동산인 쟁점토지를 취득한 후 60일이 되는 날인 2014년 5월19일 인터넷상으로 임대사업자 등록을 신청했으나, 과세관청 담당자의 안내에 따라 취하 한 후 다음날인 5월22일 수동으로 임대사업자등록을 신청한 것이다.

조세심판원 또한 이같은 사실관계를 파악한 후, 과세관청 담당자의 안내에 따라 당초 신청서류를 취하하고 기한을 넘겨 다시 신청한 것으로 보이는 이상 이에 따른 불이익을 납세자에게 전가하는 것은 불합리하다고 지적했다.

이외에도 쟁점토지의 지상에 공동주택이 건축되어 감면취지에 맞게 임대목적으로 사용되고 있는 등 납세자의 의지와는 상관없이 행정기관의 내부절차로 인해 등록일을 경과된 점에 비춰, 취득세를 면제하는 것이 합리적이라고 심판결정했다.