이명박 정부에서 22%로 낮춘 대기업에 대한 법인세율이 25%로 상향 조정된다. 이에 따라 지난해 기준, 법인세 과세표준이 2000억원을 넘는 129개 기업은 법인세를 더 내야 한다.

기획재정부가 2일 발표한 '2017년도 세법개정안'을 보면, 과세표준이 2000억원을 넘는 기업에 대한 법인세율이 22%에서 25%로 올라간다.

이에 따라 과세표준이 5000억원인 기업의 경우에는 1095억8000만원을 내던 법인세가 1185억8000만원으로 90억원을 더 내야한다.

정부는 이번 개정으로 지난해 기준, 129개 기업이 더 세금을 납부하면서 연간 2조6000억원의 세수를 더 확보할 것으로 내다봤다.

대기업 연구·개발(R&D) 비용에 대한 세액공제도 축소된다. 대기업의 일반R&D 증가분 세액공제(30%)는 현행 유지하되, 당기분은 R&D 지출액의 1~3%에서 0~2%로 축소한다.

대기업에 대한 R&D비용 세제지원 중 당기분 방식(1~3%)은 단순 보조적 지원으로 R&D 유인 효과가 크지 않다는 판단에서다.

기재부는 "매출액 대비 R&D 실적과 관계없이 일률적으로 제공되던 기본공제율 1%를 폐지하는 것"이라며 "대기업에 대한 신성장․원천기술 분야 세제지원은 지속적으로 확대 중"이라고 설명했다.

특정 설비에 대해 투자할 경우, 투자금액의 일정 비율을 소득·법인세에서 공제하는 비율도 줄인다.

생산성 향상시설의 경우 대기업은 3%에서 1%로, 중견기업은 5%에서 3%로 축소된다. 중소기업은 현행대로 7% 공제율을 유지한다. 안전설비와 환경보전시설에 대해서도 같은 비율로 줄어든다.

과세형평 제고, 국제추세 등을 감안해 이월결손금 공제한도도 해당연도 소득의 80%에서 2018년에는 60%, 2019년은 50%로 점차 축소한다.

금융소득에 대한 과세특례도 손질한다.

우선, 고배당 기업 주주에 대한 세제지원을 종료한다. 만기 10년 이상 채권을 3년 이상 보유 시 이자소득에 대해 30% 분리과세했던 지원도 폐지한다.

3000만원 한도 내에서 해외주식펀드 투자에 대한 주식 매매·평가이익 및 환차익 비과세와 BBB+ 이하 비우량 채권 등을 편입한 펀드 투자에 대한 14% 분리과세도 일몰 종료한다.

양도소득세의 과도한 감면 방지, 감면제도 간 형평 등을 위해 양도소득세 감면한도를 5년간 2억원으로 일원화한다. 

부가가치세 비과세·면세 대상도 축소한다. 설계·감리용역, 조경사업 등 정부업무대행단체의 부가가치세 면세사업 중 공익성이 낮고 민간과의 경합성이 높은 사업을 과세 전환한다.

군 골프장 및 숙박시설에 대해서도 부가가치세를 물리기로 했다.