고위공무원단 제도 시행 이후 11년이 지났으나, 현행 공직사회의 계급제 운영에서는 직무능력이나 업무성과보다는 연공서열식으로 승진임용이 이뤄지는 가능성을 배제할 수 없다는 우려가 제기됐다.
특히, 고위공무원단 제도의 주된 도입 배경은 부처간 고위직의 활발한 이동 또한 활발하게 이뤄지지 않는 등 고위직공무원 인력운용과 특히, 조직 역량의 측면에서 부처 간에 큰 차이가 있다는 지적이 제기됐다.
국회입법조사처는 2017년 국정감사 정책자료집을 통해 현행 고위공무원단제도의 문제점과 함께, 개선과제를 제시했다.
현행 고위공무원단은 종전의 1~3급 실·국장급 계급을 폐지하고, 직무 및 직위에 따라 적재적소에 유능한 인재를 배치 활용하기 위해 도입됐으며, 일반직·별정직·계약 및 외부공무원, 부지사·부교육감 등 지자체 국가고위직도 포함된다.
이와관련, 인사혁신처가 고공단제도 시행 10주년인 2016년 고위공무원의 평균적 특성을 분석한 결과, 2016년 12월말 기준 행정부 국가공무원 가운데 일반직 고공단 현원은 총 1천490명으로, 전년도 1천515명에서 25명이 감소한 것으로 나타났다.
이들 고위직공무원은 최초 임용 이후 21년 6개월 이후 고공단에 진입한 것으로 나타났다.
각 성별로는 남성이 96%, 여성이 4%를 점유한 가운데, 5급 공채가 54.55%를 차지했다.
또한 한 직위에 약 12.3개월 근무하며, 재직 중 약 2.7회의 보직이동을 하는 것으로 나타났다.
국회입법조사처는 고공단제도가 시행된지 올해로 11년이 지났으나, 연공서열식으로 승진임용이 이뤄지는 가능성과 함께, 조직 전반적으로 보수적인 인력운영 체계를 유지하고 있는 등 아직까지도 인력운영이 비탄력적인 측면이 있다고 지적했다.
또한 행정 각 부 가운데 고공단이 가장 많은 외교부의 경우 294명이 있는 반면, 여성가족부의 경우 11명, 통일부 28명 등 중앙행정기관간에 고공단 수가 크게 차이가 있는 것으로 집계됐다.
국회입법조사처는 현행 고공단 임용시스템이 개방형직위나 공모직위제도 등 부처의 자율성이 존중되고 있으나, 각 기관의 임용과정상의 공정성 및 투명성 강화를 위한 시스템이 마련돼야 한다고 제시했다.
이와함께 고공단의 경쟁력 및 전문성 강화를 위해서는 고공단의 부처 간 교류 및 외부민간경력자의 임용도 활성화 시켜나가야 하는 한편, 특정기관에 고공단이 편중되지 않도록 직무분석을 통해 개선해야 한다고 덧붙였다.