사례1. (조사)현장확인 시 사실상 세무조사를 실시하였으므로, 이후 명백한 혐의 없이 조사대상자로 선정할 수 없음.

□ 사실관계
 ○A세무서는 탈세제보에 따라 2013. 3. 甲 법인(권리보호요청인)에 대한 2012년 귀속 현장확인을 실시하고 그 결과를 요청인에게 통지
 ○B지방청은 2016. 10. 수입금액 과소신고 혐의로 甲 법인에 대한 법인세 통합조사 착수(조사대상 사업년도 2011～2015)
 ○甲법인은 2012 사업년도가 중복조사임을 주장하며 권리보호요청
□ 납세자보호위원회 판단
 ○A세무서가 현장확인 시 甲 법인에 대한 각종 장부와 금융거래내역을 확인하였고, 법인의 매출규모가 크지 않으므로 사실상 모든 부분에 대한 세무조사를 실시한 것으로 판단
 ○B지방청은 구체적이고 명백한 탈루 혐의 없이 甲 법인을 조사대상자로 선정한 것으로 보아 중복조사로 의결
 ○납세자보호관은 甲 법인에 대한 중복조사를 시정하도록 명령

사례2.(조사)법인세 조사 시 대표자의 금융계좌 확인 등 사실상 대표자까지 조사하였으므로, 이후 대표자에 대한 조사 선정은 중복조사임.

□ 사실관계
 ○A세무서는 2014. 8. 甲법인에 대해 2010～2012 사업연도 법인세 조사 시 대표자에 대한 외화입출금 금융 거래 확인
 ○B세무서는 2017. 8. 甲법인 대표자에 대한 해외소득 신고 누락 혐의로 개인조사 착수(조사대상 과세기간 2012～2013)
 ○법인대표 乙은 해당 조사가 중복조사임을 주장하며 권리보호요청
□ 납세자보호위원회 판단
 ○A세무서가 甲법인에 대한 조사 시 대표자 乙의 계좌에 입금된 금액에 대해 직접 소명을 요구하고 매출누락으로 과세하는 등 사실상 乙에 금융거래를 확인한 것으로 판단
 ○이미 확인된 사항 이외에는 명백한 탈루혐의가 없음에도 B세무서에서 乙을 조사 대상자로 선정한 것으로 보아 중복조사로 의결
 ○납세자보호관은 乙에 대한 중복조사를 시정하도록 명령

사례3.(일반)조사․과세자료 처리 시 환급세액이 발생되는 경우에는 별도의 청구절차 없이 조사공무원이 즉시 시정 조치하여야 함.

□ 사실관계
 ○A세무서는 甲법인에 대한 세무조사를 실시하고 종업원 6명에게 지급한 급여 ○○○백만 원이 가공경비임을 확인하여 법인세 등 과세
 ○조사 공무원은 甲법인의 인건비 부인 시 근로소득세 환급 누락
 ○甲법인은 기납부한 근로소득세를 환급해주도록 권리보호요청
□ 납세자보호담당관 판단
 ○가공 인건비를 계상하여 부당하게 세금을 탈루한 데 대해 법인세를 과세하면서 원천징수한 근로소득세를 환급하지 아니한 것으로 확인
 ○지급하지 않은 인건비를 부인하면서 원천징수 납부한 근로소득세를 환급하지 않은 것은 중복과세이므로 시정이 필요한 것으로 판단
 ○납세자보호관은 갑 법인에게 갑근세를 환급하도록 시정명령