중부지방국세청이 중소기업에 대한 연구·인력개발비 세율공제율을 적용하는 과정에서 중소기업 해당 여부 등 세원분야에서의 종합 검증을 소홀히 한 결과 80억원에 가까운 법인세액을 부족 징수한 것으로 드러났다.

세원분야에서 뿐만 아니라 세무조사 과정에서도 증빙 없는 경비의 손금을 인정하거나 과세자료를 미통보하는 등 위법·부당한 업무사례가 속출했다.

감사원은 지난해 11월19일~12월7일까지 중부청을 대상으로 기관운영 전반에 대한 종합감사를 벌인 결과 징계 1건, 시정 2건, 주의 9건, 통보 12건, 시정완료 1건 등 25건의 지적사례와 모범사례 1건 등을 적출한데 이어, 이같은 사항을 중부청과 국세청 본청에 처분요구 및 통보했다고 20일 밝혔다.

감사원이 이날 공개한 중부청 감사결과에 따르면, 세원분야의 주요 문제점 사례로는 법인세 부족 징수가 꼽혔다. 

중부청은  일정한 규모기준 및 실질적 독립성 요건을 갖춘 경우에만 중소기업에 다른 연구·인력개발비 세액 공제율 적용 등 각종 세제상 혜택을 받을 수 있음에도 중소기업 해당 여부 등 종합적인 검증을 제대로 하지 않아 법인세액 79억원을 부족 징수한 것으로 드러났다.

또한 고용창출투자세액공제를 받은 법인을 대상으로 매년 부당공제 여부 사후검증 대상을 선정하면서, 상시근로자 수가 기재된 ‘고용창출 투자세액공제 세액계산서’ 활용을 고려하지 않은 것으로 나타났다.

이에 따라 1년 미만 근로자 등이 포함된 원천징수상황신고서만을 활용함으로써 실제 상시근로자 수를 잘못 적용해 과다 공제혐의가 있는 141개 법인이 사후검증 대상에서 제외되는 등 법인세 과소 납부 결과를 초래한 것으로 드러났다.

세무조사분야에서도 감사원의 지적사례가 제기됐다.

중부청은 2018년 법인통합조사를 하면서 실제 증여사실이 없는데도 2013년에 해당 법인이 15억원 상당의 채권을 증여받은 것으로 인정하고 법인세만 부과한 것으로 나타났다.

이 결과 세무조사 이후 해당 채권이 현금화된 것처럼 해 법인에 현금 15억원이 입금되더라도 이미 과세된 것으로 처리돼 2016년부터 특정법인의 지배주주에게 부과되는 증여세 4억7천여만원을 회피할 수 있도록 하는 결과를 초래했다.

이와 관련, 중부청은 해당 건을 처리한 직원 2명에 대해 적극행정 면책을 신정했으나, 감사원은 적극행정면책자문위원회의 자문을 거쳐 면책을 불인정하고 징계를 요구한 것으로 나타났다.

또한 자기자본 500억원 초과 법인 등은 과세대상 소득에서 투자·임금·배당 등을 제외한 미환류소득에 대해 10%의 세액을 법인세에 추가해야 함에도, 10개 법인에 대해 217억원의 소득을 경정하고도 미환류소득 94억원에 대한 법인세 11억여원을 부족 징수한 것으로 드러났다.