세금의 이중 부과라는 지적을 받아 온 수정수입세금계산서 발급제한 사유가 종전보다 크게 완화됨에 따라 납세자의 고충이 한결 해소될 전망이다.

정부는 2016년 세법개정안을 통해 내년부터는 ‘과세가격 사전심사에 결과에 따라 수정신고·경정하는 경우’, ‘감면대상·감면율을 잘못 적용하는 경우’ 등에도 관할지 세관장이 수정수입세금계산서를 발급할 수 있도록 했다.

이에앞서 관세청은 수입업자가 당초 신고·납부한 관세 및 부가세의 부족분이 발생할 경우 이를 추징고지하면서 관할지 세관장을 통해 수정수입세금계산서를 발급해 왔으나, 지난 2013년 7월 부가세법 및 시행령 개정을 통해 수정세금계산서 발급 제한 사유를 신설해 운영해 왔다.

당시 개정된 수정수입계산서 발부 제한 사유로는 세관의 과세표준 또는 세액결정 고지서를 받거나, 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위, 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위해 현지출장이나 확인 업무에 착수하는 행위 등이 있을 경우 수정수입세금계산서를 발급하지 않도록 했다.

결국 관세청으로부터 관세조사·심사 착수통지서 및 추징고지서를 받을 경우 수정수입세금계산서를 세관장으로부터 받지 못함에 따라, 수년간 수입업체가 매입세액을 공제받지 못하는 사례가 확산되어 왔다.

수입업계는 물론 관세사업계에서의 반발 또한 갈수록 높아져, 수정수입세금계산서가 발급되지 않을 경우 매입세액을 공제받지 못하게 되며, 더욱이 납부한 부가세도 환급받지 못하는 등 부가세의 이중납부이자 부당납부임을 항변해 왔다.

관세사업계에서는 부가세는 최종 소비자가 부담해야 할 세금을 거래단계에서 미리 납부하고 세금계산서를 통해 다시 환급받는 방식으로, 지금처럼 추가 납부한 부가세에 대해 수정세금계산서를 세관에서 발급하지 않는다면 그 자체로 납부한 부가세를 환급받지 못하게 되는 등 부가세 원칙에도 어긋나고 무역업체에게는 부당한 준조세를 지우게 된다고 강변해 왔다.

이처럼 현행 제도에 대한 납세자 불만이 가중됨에 따라, 정부는 제도 변경 후 3년여만에 다시금 수정수입세금계산서 발급사유를 완화키로 하는 등 납세자 권익보호에 나섰다.

한편, 이번 확대된 수정수입세금계산서 발급사유는 시행령 시행일 이후 수정신고하거나 결정·경정하는 신고분부터 적용된다.