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이중과세 방지를 위하여 종합부동산…
<대법원 2015. 6. 24. 선고 2012두7073 판결>
백제흠 변호사(김&장 법률사무소)

 

-이중과세 방지를 위하여 종합부동산세액에서 공제하는 재산세액의 산정방법-

 

1.판결의 개요
 

1. 사실관계의 요지와 부과처분의 경위
 

원고는 주택건설업을 영위하는 내국법인으로서 2005. 6.경 서울시로부터 서울 성동구 성수동1가 소재 2필지의 토지 18,315㎡(이하 ‘이 사건 토지’)를 분양 받아 그 지상에 주상복합건물을 신축ㆍ분양하는 사업을 진행하고 있었다. 이 사건 토지 지상에 건축하는 주상복합건축시설(이하 ‘이 사건 건물’)의 용도는 주거시설, 업무시설, 상업시설 및 문화시설로서 건물연면적은 204,559㎡이고 건물바닥면적은 4,587㎡이었다.

 

피고는 2009. 11. 20. 원고에게 이 사건 토지 중 바닥면적의 3배에 해당하는 토지는 별도합산과세대상으로, 나머지 토지는 종합합산 과세대상으로 구분하여 이 사건 토지와 건물의 주택 부분에 대하여 2009년 귀속 종합부동산세 3,799,913,830원과 농어촌특별세 759,982,760원1)의 부과처분(이하 ‘이 사건 부과처분’)을 하였다.2)

 

이 사건 부과처분 당시 적용되던 구 종합부동산세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항은 주택, 종합∙별도합산과세대상인 토지(이하 ‘주택 등’)의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등 종합부동산세액에서 각각 공제하도록 하였다.

 

위 규정의 위임을 받은 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항은 ‘주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 주택 등의 재산세로 부과된 세액’을 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 ‘이 사건 시행령 산식’)에 따라 각각 계산한 금액으로 하도록 규정하였다. 

 

그런데 피고는 이 사건 부과처분과 관련하여 ‘주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 주택 등의 재산세로 부과된 세액’을 계산함에 있어서 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항의 ‘주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’을 구 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것, 이하 같음) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성방법]에서 정한 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율’의 산식(이하 ‘이 사건 시행규칙 산식’)에 따라 산정하였다.

 

이에 대하여 원고는 ‘주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’을 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율’로 산정하여야 한다고 주장하면서, 이 사건 부과처분 중에서 이를 초과하는 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × (1 – 종합부동산세 공정시장가액비율) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율’로 공제대상 재산세액을 산정한 부분의 취소 청구의 소를 제기하였다.

 

2. 판결 요지
 

대법원은, “구 종합부동산세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에서 정한 공제되는 재산세액을 계산하기 위한 산식(‘주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’, 이하 ‘종전 시행령 산식’)의 분자에 기재된 ‘주택 등 과세기준금액을 초과하는 부분’이 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에서 정한 공제되는 재산세액을 계산하기 위한 이 사건 시행령 산식(‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’)의 분자에 기재된 ‘주택 등의 과세표준’으로 변경되었는데, 이는 연도별 적용비율 제도를 폐지하고 재산세와 종합부동산세 모두 과세기준금액을 초과하는 분에 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 과세표준을 산정하게 됨에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법을 변경하기 위한 것으로, 지방세법, 종합부동산세법 및 같은 법 시행령 관련 규정의 개정 경위와 취지 등에 비추어 보면, 종전 시행령 산식의 분자에 기재된 ‘주택 등 과세기준금액을 초과하는 분’이 이 사건 시행령 산식의 분자에 기재된 ‘주택 등의 과세표준’으로 변경되었다고 하더라도, 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없으므로, 공제되는 재산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 이 사건 시행령 산식으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소ㆍ변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.”고 판단하였다.

 

나아가 대법원은, “종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 ‘공시가격 - 과세기준금액’ 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 부분을 뜻하므로, 그 중 서로 중첩되는 부분, 즉 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당하고, 더불어 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다는 점을 종합하여 볼 때, 이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 할 것이다. 따라서 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다.”고 하였고 “아울러 법령에서 행정처분의 요건 중 일부 사항을 부령으로 정할 것을 위임한 데 따라 시행규칙 등 부령에서 이를 정한 경우에 그 부령의 규정은 국민에 대해서도 구속력이 있는 법규명령에 해당한다고 할 것이지만, 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 그 부령의 규정은 행정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없다고 보아야 하므로, 어떤 행정처분이 그와 같이 법규성이 없는 시행규칙 등의 규정에 위배된다고 하더라도 그 이유만으로 처분이 위법하게 되는 것은 아니라 할 것이고, 또 그 규칙 등에서 정한 요건에 부합한다고 하여 반드시 그 처분이 적법한 것이라고 할 수도 없다. 이 경우 처분의 적법 여부는 그러한 규칙 등에서 정한 요건에 합치하는지 여부가 아니라 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여야 한다.”고 전제한 후, “주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 이 사건 시행령 산식에 따라 산정하여야 하므로 이를 이 사건 시행규칙 산식에 따라 산정하였다는 이유만으로 이 사건 부과처분이 적법하다고 볼 수는 없다.”고 판시하였다.

 

결국, 대법원은 위와 같은 법리에 따라 피고들이 이 사건 시행규칙 산식을 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 것이 적법하다고 판시한 원심의 판단에는 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 보았다.

 

2. 대상판결의 평석
 

1. 이 사건의 쟁점과 문제의 소재
 

위 사실관계와 부과처분의 경위 등에 의하면, 이 사건의 쟁점은 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액이 과세기준금액 초과분에 대하여 기납부한 재산세액 전체, 즉 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’인지(이하 ‘제1설’), 아니면 그 중에서 종합부동산세 공정시장가액비율 상당액, 즉 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 종합부동산세 공정시장가액비율’인지(이하 ‘제2설’) 여부이다.

 

이 사건 시행령 산식에 의하면 ‘주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 주택 등의 재산세로 부과된 세액’은 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’으로 산정된다. 여기서 표준세율이란 지방자치단체가 지방세를 부과하는 경우에 통상 적용하여야 할 세율로서 지방세법 제111조 제3항에 따라 재정상 기타 특별한 사유가 있는 경우에는 이를 따르지 아니할 수도 있는 세율을 말한다. 조례에 의한 세율의 가감이나 세부담 상한의 적용이 없는 경우에는, 이 사건 시행령 산식 중에서 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액’과 ‘주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이 동일하게 되므로, 이 사건 시행령 산식에서 ‘주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’만 남게 되는데 이 사건 쟁점은 위 공제되는 재산세액을 어떻게 산정할 것인지 여부이다.

 

가령, 공시가격이 10억원인 주택에 대해서는 재산세 공정시장가액비율이 60%, 종합부동산세 공정시장가액비율이 80%라고 한다면, 전체 주택의 공시가격에 공정시장가액비율 60%을 곱한 재산세 과세표준에 대하여 재산세가 부과된다. 그 중 과세기준금액인 6억원을 초과하는 4억원에 대해서는 공정시장가액비율 80%를 곱한 3억2천만원이 종합부동산세 과세표준이 되고, 여기에 공시가격 10억원인 주택에 대한 종합부동산세율 0.5%를 적용하면 종합부동산세액은 160만원(=3억2천만원 × 0.5%)이 되는데 위 주택의 과세기준금액을 초과하는 4억원에 대한 재산세는 재산세 공정시장가액비율 60%에 재산세율 0.4%를 곱한 96만원이 된다.

 

제1설에 의하면 위 종합부동산세액에서 공제하는 재산세액을 산정함에 있어서, 과세기준초과금액 4억원에 재산세 공정시장 가액비율 60%과 재산세율 0.4%를 곱한 96만원이 공제되는 것이고 제2설에 의하면 과세기준 초과금액 4억원에 종합부동산세 공정시장가액비율 80%를 곱한 3억2천만원에 재산세 공정시장가액비율 60%과 재산세율 0.4%를 곱한 76만8천원을 공제된다.

 

이와 관련하여 발생하는 이중과세 부분을 보면 아래 도표와 같은바, 주택의 과세기준금액 초과분인 4억원에 대하여, 종합부동산세는 그 공정시장가액비율인 80%를 곱한 금액에 종합부동산세율 0.5%를 적용한 금액으로 계산되고, 재산세는 그 공정시장가액비율인 60%를 곱한 금액에 재산세율 0.4%를 적용한 금액으로 계산되므로 위와 같이 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 낮은 경우 이중과세가 발생하는 부분은 과세기준금액 초과분 중 재산세 공정시장가액비율만큼이 되고, 이 부분이 제1설이 주장하는 공제대상부분이다. 그런데 제2설의 입장대로 종합부동산세 공정시장가액비율 80%와 재산세 공정시장가액비율 60%를 모두 적용하게 되면, 과세기준금액 초과분의 12% {=60% × (1 - 80%)}만큼은 재산세와 종합부동산세가 중복 과세된 형태로 남게 된다. 

 

2. 우리나라 부동산 보유세제와 그 변천
 

가. 현행 부동산 보유세제의 개요
 

현행 부동산 보유세제로는 재산세와 종합부동산세가 있다. 재산세는 지방세로서 지방세법 제105조는 토지, 건축물, 주택, 항공기 및 선박을 과세대상으로 하고 있다. 반면 종합부동산세는 2005년에 도입된 국세로서 주택과 토지분 재산세의 납세의무자 중 그 공시가액이 일정금액을 초과하는 납세의무자에 대하여 부과하는 조세이다. 종합부동산세는 그 과세대상이 주택과 토지로서 제한적이고, 일정금액을 초과하는 경우에 부과된다는 점에서 재산세와 차이가 있다. 종합부동산세 납세의무자는 모두 재산세 납세의무자에 해당하게 되어 동일한 과세기준일인 매년 6월 1일에 동일한 재산의 보유에 대하여 두 세목의 조세를 부담하게 되므로 종합부동산세 도입 초기부터 이중과세문제가 제기되어 왔다.

 

나. 2005년 부동산 보유세로서의 종합부동산세의 도입
 

우리 세법은 2005. 1. 종합부동산세가 도입되기 이전까지 부동산 보유세로서 지방세제 내에 ‘재산세’와 ‘종합토지세’를 두고 있었다. 특히 종합토지세는 전국에 있는 모든 토지를 소유자별로 합산하고 그 합산한 토지가액에 누진세율을 적용하여 산출한 세액을 토지 소재지인 관할 시∙군에 납부하는 세목으로, 부동산 투기와 과다한 토지 보유를 억제하여 지가 안정과 토지 소유의 저변 확대를 목적으로 1990년부터 시행되었다. 

 

1997년 외환위기의 영향으로 하락했던 부동산 가격이 2000년대 초반 국제통화기금(IMF)의 관리 체제에서 벗어나면서 수도권의 아파트를 중심으로 급등하자, 종래의 부동산 보유세제로는 투기 억제에 한계가 있다고 보아 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 종합부동산세법을 제정(이하 ‘제정 종합부동산세법’)하여 종합부동산세를 도입함으로써 새로운 부동산 보유세제가 시행되었다.

 

종합부동산세는 종전의 재산세와 종합토지세를 지방세(토지세, 건물세)와 국세(종합부동산세)로 이원화한 것으로, 일차적으로 지방자치단체에서 관할구역 내 부동산에 대하여 낮은 세율로 지방세인 재산세를 과세하고 이차적으로 국가에서 인별로 전국의 소유 부동산 가액을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 재산세율보다 높은 누진세율로 국세인 종합부동산세를 과세하는 것이다.

 

종합부동산세는 과세대상, 과세목적, 과세성격 등이 재산세와 동일한 것이어서 그 도입 이전부터 이미 재산세가 부과된 부동산에 대하여 종합부동산세가 다시 부과된다는 ‘이중과세’의 문제가 제기되었다. 이에 제정 종합부동산세법은 위와 같은 재산세와의 이중과세 문제를 해결하기 위하여 납세의무자별로 과세대상 주택 등에 대하여 주택 등 재산세로 부과된 세액을 종합부동산세액에서 각각 공제하도록 하였다.

 

다. 연도별 적용비율제도가 적용된 2008년까지의 부동산 보유세제
 

본래 지방세법은 재산세 과세표준을 ‘재산가액’으로 하고 있다가, 과세표준의 현실화를 위하여 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 제187조에서 재산세 과세표준을 시가로 현실화하는 차원에서 ‘부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 공시가격’으로 하되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위하여 공시가격에 대통령령으로 정하는 적용비율을 곱하여 산정한 가액으로 하도록 하였고, 2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정된 지방세법 시행령 제138조는 그 적용비율을 50%로 규정하였으며, 같은 날 도입된 제정 종합부동산세법은 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하였다.

 

그 후 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 지방세법은 대통령령에 위임되어 있던 재산세 과세표준액의 적용비율을 법률에서 명확히 규정함으로써 적정한 수준의 재산세 부담이 이루어지도록 하기 위하여 제187조에 재산세 과세표준을 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 공시가격이라고 규정하였고, 그 부칙에서 2006년부터 2017년까지의 과세표준은 시가표준액에 토지와 건축물은 2006년에는 55%, 2007년부터는 매년 5% 포인트씩 인상하여 2015년부터는 100%의, 주택은 2006년, 2007년에는 50%, 2008년부터는 매년 5% 포인트씩 인상하여 2017년부터는 100%의 각 적용비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다고 규정하였다.

 

종합부동산세법은 2005. 12. 31. 법률 제7836호 개정으로, 과세표준을 공시가격에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액으로 규정하고, 2006년부터 2008년(별도합산과세대상 토지분 종합부동산세는 2014년)까지의 종합부동산세액은 종합부동산세 과세표준에 매년 5% 포인트씩 인상되는 각 연도별 적용비율과 세율을 곱하여 계산한다고 규정하였다.

 

이와 같이 연도별 적용비율은 부동산 보유세의 과세표준을 당해 부동산의 시가(공시가격)로 변경함에 따른 세부담의 급격한 증가를 완화하기 위한 경과조치로서 도입되었고, 이는 과세표준에 포함되지 않는 개념이었다. 즉, 연도별 적용비율제도 아래에서 부동산 보유세는 ‘과세표준(=공시가액 – 과세기준금액) × 세율 × 연도별 적용비율’의 산식에 따라 계산되는 구조를 취하고 있었다.

 

라. 공정시장가액비율제도가 적용된 2009년부터의 부동산 보유세제
 

2008년 전 세계적인 금융위기 이후 부동산 시장가격이 하락하였음에도 불구하고 보유세 과세표준이 되는 공시가격이 그와 같이 변동하는 시장가격을 제대로 반영하지 못하여 오히려 세부담은 증가하는 현상이 발생하였다. 또한 연도별 적용비율은 2005년 도입 당시 법적 근거를 명확히 하기 위하여 “시행령”이 아닌 “법률”로 매년 5% 포인트씩 인상하도록 규정되어 있었으나, 금융위기와 같은 돌발 상황이 생겼을 때 적정한 수준의 세부담이 될 수 있도록 탄력적으로 조정하는 데에 어려움이 있었다.

 

이에 2009년 연도별 적용비율제도가 폐지되고 공정시장가액비율제도가 도입되었다. 공정시장가액이란 공시가격을 기준으로 매년 확정하여 발표하는 새로운 보유세 과세표준으로, 2009. 2. 6. 법률 제9422호로 개정된 지방세법 제187조 제1항은 공정시장가액비율은 주택의 경우 공시가격의 40~80%, 토지와 건축물의 경우에는 50~90% 범위에서 탄력적으로 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 금액으로 한다고 규정하고, 그 위임을 받아 2009. 5. 21. 대통령령 제21496호로 개정된 동법 시행령 제138조는 토지 및 건축물의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로, 주택의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 60으로 각각 정하였다.

 

또한, 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법 제8조 제1항 본문, 제13조 제1항, 제2항은 주택 등의 종합부동산세 과세표준을 공시가격 합산액에서 과세기준금액을 공제한 금액에 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다고 규정하고, 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 동법 시행령 제2조의4 제1항은 주택 및 종합합산과세대상인 토지의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 80으로, 제2항은 별도합산과세대상인 토지에 대하여 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대한 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로 각각 정하였다.

 

공정시장가액비율이 도입된 이후 부동산 보유세제는 공시가격 내지 공시가격에서 과세기준금액을 공제한 금액에 공정시장가액비율을 곱한 금액을 과세표준으로 하고 여기에 세율을 곱하여 세액을 산정하는 체계를 갖추게 되었다. 

 

3. 종합부동산세액에서 공제하는 재산세액의 산정 방법에 관한 두 가지의 견해
 

가. 견해 대립의 배경
 

앞서 본 바와 같이, 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 하나의 과세대상에 대하여 두 가지 조세를 과세하는 셈이 되어 납세자의 재산권을 본질적으로 침해하거나 헌법상의 조세법률주의에서 파생된 실질과세원칙에 위배될 가능성이 있다. 종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하는 방법으로 이중과세를 조정하였고, 그 공제대상 재산세액의 구체적인 계산방법을 시행령에 위임하였다.

 

연도별 적용비율이 적용되던 구 종합부동산세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제되는 재산세액을 ‘주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식, 즉 종전 시행령 산식에 따라 산정하도록 규정하였다.

 

연도별 적용비율 제도가 폐지되고 공정시장가액비율제도가 도입되면서 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에서는 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법을 이 사건 시행령 산식, 즉 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 의하도록 변경하였다.

 

연도별 적용비율제도가 적용되던 2008년까지는 종전 시행령 산식에 ‘“과세기준금액을 초과하는 분”에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이라고 규정되어 있어 공제대상 재산세액을 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 재산세율 × 연도별 적용비율’의 산식으로 계산함에 이견이 없었다.

 

그런데 공정시장가액비율이 적용되는 2009년부터는 이 사건 시행령 산식에서 ‘과세표준에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이라고 규정하였는데, ‘과세표준’에 공정시장가액비율 개념이 포함 되다 보니, ‘과세표준에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’을 의미하는지(제1설), 아니면 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’을 의미하는지(제2설) 견해가 대립하게 되었다.

 

나. 제1설: 재산세 공정시장가액비율만 적용해야 한다는 견해
 

제1설은 연도별 적용비율을 적용하던 때에는 과세표준이 ‘공시가격 – 과세기준금액’이고 연도별 적용비율은 그와 같이 산정된 과세표준에 세율을 곱한 후에 적용되는 반면에, 공정시장가액비율이 적용되면서부터는 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 공정시장가액비율’이 과세표준이 되었다는 점에 착안하여, 종전 시행령 산식과 같이 ‘주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이라고 규정하면 공정시장가액비율이 적용되지 아니하고 곧바로 ‘공시가격 × 세율’로 계산하게 될 우려가 있어 이를 명확하게 하기 위하여 이 사건 시행령 산식이 ‘주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이라고 규정하였다고 보아 ‘[(공시가격 – 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세율’의 산식으로 산정하여야 한다는 입장이다.

 

이 견해는 연도별 적용비율이 ‘법률’에 규정되어 있어 탄력적으로 운용할 수 있도록 ‘시행령’으로 정하는 공정시장가액비율이 도입되었으므로, 연도별 적용비율과 공정시장가액비율이 본질적으로 동일하고, 따라서 2009년 개정을 전·후로 공제대상 재산세액에도 변동이 없어야 한다고 본다.

 

토지초과이득세가 양도소득세와 중복 과세되어 위헌인지 여부에 관한 헌법재판소 1994. 7. 29. 선고 92헌바49 결정은 “토지초과이득세는 양도소득세와 같은 수득세의 일종으로서 그 과세대상 또한 양도소득세 과세대상의 일부와 완전히 중복되고 양세의 목적 또한 유사하며 어느 의미에서는 토지초과이득세가 양도소득세의 예납적 성격을 가지고 있다고 봄이 상당한데도 토지초과이득세법이 토지초과이득세 “전액”을 양도소득세에서 공제하지 않도록 규정한 것은 조세법률주의원칙상의 실질과세원칙에 반한다.”고 판단하였는바, 동일한 과세대상인 종합부동산세와 재산세 사이에서 발생하는 이중과세 부분 전액을 공제하지 못하는 제2설은 헌법에 위반된다는 것이다.

 

추가적인 보론으로서 제1설은 재정경제부가 2003. 9. 3. 설명자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되므로 이중으로 과세하는 것은 위헌의 소지가 없다고 밝혔는바, 이는 재산세액 전액 공제에 대한 책임있는 행정청의 공적인 견해표명으로서 신뢰보호원칙이 적용되어야 한다는 본다.

 

다. 제2설: 재산세 공정시장가액비율과 종합부동산세 공정시장가액비율 모두 적용해야 한다는 견해
 

제2설은 이중과세의 문제는 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세의 이중과세를 조정해 주면 된다는 전제에서 종전 시행령 산식의 종합부동산세 과세표준이 이 사건 시행령 산식의 과세표준으로 변경되었고, 재산세 공정시장 가액비율과 종합부동산세 공정시장 가액비율을 적용하여 공제대상 재산세액을 산정하더라도 변경된 종합부동산세 과세표준에 대한 이중과세가 조정된다는 견해이다. 즉, 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항은 종합부동산세 과세대상 부동산분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 부동산분 재산세로 부과된 세액은 종합부동산세액에서 이를 공제한다고 규정하고 있고, 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항은 부동산 과세표준에 대하여 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액이 공제되는 것으로 규정하고 있어 종합부동산세와 재산세의 이중과세 조정은 종합부동산세 과세표준에 해당하는 재산세액을 공제해 주면 되는 것인데 종합부동산세법의 개정에 따라 종합부동산세의 과세표준이 종전에는 종전 시행령 산식상의 (공시가격 – 과세기준금액)에서 이 사건 시행령 산식상의 [(공시가격 – 과세기준금액) × 공정시장가액비율]로 변경되었으므로 그 부분 재산세액을 공제해 주면 되는 것이다. 요컨대, 공정시장가액비율의 도입에 따라 종합부종산세의 과세표준 자체가 줄어들었기 때문에 그에 상응하는 비율로 이중과세 조정금액도 줄어들어야 한다는 것이다.

 

이 견해에서는 연도별 적용비율은 부동산 과세표준을 시가로 전환하는 과정에서 그 도입 초기에 세부담의 충격을 줄이기 위하여 시가표준액의 50% 또는 55% 비율부터 시작하여 매년 5% 포인트씩 단계적으로 인상하여 종국에는 시가표준액의 100%, 즉 공시가격 자체가 과세표준이 될 수 있도록 하기 위한 경과조치였던 반면에, 공정시장가액비율은 과세표준 자체를 줄이기 위한 비율이므로 이중과세 조정금액도 그만큼 줄어 들어야 한다고 본다.

 

연도별 적용비율제도는 어차피 그 비율을 100%에 이르게 하는 것이 목표였으므로, 공제세액 계산에 있어서는 비록 100%에 이르기 전이지만 입법자의 재량으로 100%를 적용하기로 하여 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 100%’, 즉 ‘과세기준금액을 초과하는 분’이라고 규정하였는데, 공정시장가액비율이 도입되면서 위 부분에 해당하는 것이 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 공정시장가액비율’임을 명확히 하기 위하여 ‘과세표준’으로 개정하였다는 것이다.

 

이 견해에서는 법적 근거로서 구 종합부동산세법 시행규칙 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성방법]을 든다. 구 종합부동산세법 시행규칙 제5조 제2항에 의한 별지 제3호 서식은 종합부동산세 신고서로, 동 서식 부표(2)는 이중과세 조정을 위하여 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 계산하기 위한 서식이다. 별지 제3호 서식 부표(2)의 ‘작성방법’의 제7항은 ‘과세표준 표준세율 재산세액’을, 2009. 9. 23. 구 종합부동산세법 시행규칙 개정 전에는 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’로 규정하고 있었는데, 위 개정으로 ‘(공시가격 – 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’로 변경하였다. 시행령에 명시적인 위임 규정이 없지만, 구 종합부동산세법 시행규칙의 서식에서 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하게 한 것은 시행령에서 과세표준에 공정시장가액비율을 포함시킨 취지를 설명한 것으로서 위임을 받아야 할 성격이 아니므로, 시행령에서 위임하지 않은 내용을 시행규칙에 규정하였다는 위임입법의 한계를 일탈하였다는 논란도 없다고 주장한다.  

 

헌법재판소 2008. 11. 13. 선고 2006헌바112 결정은 “종합부동산세법상 종합부동산세의 세액은 과세대상 부동산에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하기 때문에 결국 동일한 과세대상 부동산이라고 할지라도 지방자치단체에서 재산세로 과세되는 부분과 국가에서 종합부동산세로 과세되는 부분이 서로 나뉘어져 재산세를 납부하는 것은 아니므로 종합부동산세와 재산세 사이의 이중과세의 문제는 발생하지 아니한다.”고 판시하였는바, 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세액만을 공제하면 이중과세문제는 발생하지 않는 것이다.

 

또한, 이중과세가 발생하더라도 반드시 이중과세되는 부분을 모두 제거해 주지 않더라도 이중과세 문제가 해결되는 것으로 본다. 이론상 이중과세 부분은 100% 제거되어야 할 것으로 보이지만, 사실 이중과세 조정제도의 하나인 배당소득에 있어서의 법인주주의 수입배당금 익금불산입제도와 개인주주의 배당가산(Gross-up)제도는 이중과세 부분 중에서 일부만을 제거해 주고 있을 뿐이다. 외국의 사례를 보더라도 이중과세 조정의 범위는 각국의 조세정책에 따라 달리 정하고 있다.

 

토지초과이득세에 관한 헌법재판소 2006. 3. 30. 선고 2003헌가11 결정에서는 “만약 양도소득세를 부과할 때 이미 납부한 토지초과이득세를 전액 세액공제하여야 한다는 어떤 헌법적 명령이 입법자에게 부여되었다면 이를 준수하지 아니하고 세액공제의 폭을 제한한 이 사건 법률조항이 납세자의 재산권을 제한한다고 볼 소지가 있다 할 것이나, 헌법의 명문이나 해석상 그러한 의무를 도출해 낼 수 없다. 혹시, 세액을 조정하는 장치를 충분히 마련하지 아니하여 납세자에게 과도한 재산상의 부담을 주었다는 점이 넓은 의미에서 재산권의 침해가 아닌가 하는 견해가 있을 수도 있으나, 앞에서 살펴 본 바와 같이 이 사건 법률조항의 입법목적은 정당하고 그 수단도 적정하다고 할 것이다. 법익형량의 면에서 보더라도 토지초과이득이 불로소득이라는 점 등에 비추어 이 사건 법률조항으로 인하여 얻게 되는 공익이 납세자가 잃게 되는 사익에 비하여 크다고 할 것이어서 과잉금지의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없다.”고 하여 이를 뒷받침하고 있다.

 

3. 두 가지 견해와 대상판결에 대한 평가
 

이상에서 살펴 본 바와 같이 제2설은 이중과세의 문제는 과세표준을 기준으로 판단하여야 한다는 전제에서 그 논리를 전개하고 있으나 이는 타당하지 않다고 사료된다. 강학상으로도 이중과세는 동일한 과세기간에 동일한 과세대상에 대하여 두 개의 동일 또는 유사한 조세가 부과되는 것을 말하는바, 이중과세 여부는 담세력의 기초인 과세물건 즉 과세대상을 기준으로 판단하는 것이고 과세표준에 의하는 것은 아니다. 과세물건이란 과세대상으로 되는 물건ㆍ행위 또는 사실로서 납세의무가 성립하기 위한 물적 기초로서, 이 사건에서는 토지 및 주택의 보유가 재산세와 종합부동산세의 과세물건이 된다. 반면, 과세표준은 과세물건 내지 과세대상으로부터 구체적인 세액을 산출하기 위하여 이를 금액 내지 가액으로 나타내는 것으로서 세액 산출을 위한 과정적, 도구적 개념이다. 따라서 이 사건의 경우 이중과세 여부는 과세물건 내지 과세대상에 해당하는 토지 및 주택의 보유에 대하여 중복하여 과세가 이루어지는지의 여부에 따라 판단되어야 하는바, 동일한 부동산의 보유에 대하여 종합부동산세와 재산세가 중복하여 부과되면 이중과세가 되는 것이고 종합부동산세를 부과하면서 재산세를 공제하지 않는다면 이중과세 문제가 발생하게 되는 것이다.

 

제2설은 과세표준에 대한 이중과세조정의 법적 근거로서 구 종합부동산세법 시행규칙 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성방법], 즉 이 사건 시행규칙 산식을 들고 있지만 이중과세의 문제가 과세표준에 관한 것이라고 가정하고 위임입법의 필요성이 급격히 증가하는 상황이라고 하더라도 단지 시행규칙에 규정되어 있다고 하여 그에 따른 부과처분이 당연히 적법하게 되는 것은 아니다. 특히 조세의 종목과 세율은 법률에 정하도록 한 조세법률주의의 원칙상 반드시 상위 법령에 위임의 근거가 있어야만 하위 법령이 조세법규로서 국민에 대하여 법적 구속력을 가질 수 있다. 조세 법규라는 특성상 그와 같은 위임입법의 한계가 더욱 엄격하게 관철되어야 함을 감안하면, 이 사건 시행규칙 산식은 그에 시행령의 취지가 포함되어 있다고 하더라도 명시적인 위임 근거가 없는 이상 처분의 적법 여부를 판단하는 기준이 되는 법규명령이라고 할 수 없다. 대법원은 부령인 공기업ㆍ준정부기관 계약사무규칙 제15조 제3항과 자동차운수사업법시행규칙 중 협의에 관한 규정 등에 대하여 같은 취지에서 법규성이 없다고 판단한바 있다(대법원 9. 12. 선고 2011두10584 판결, 대법원 1992. 3. 31. 선고 91누4928 판결).

 

제2설은 이중과세가 발생하더라도 중복하여 부과되는 세액을 전액 공제해 주는 것을 아니라고 하면서 그 논거로서 헌법재판소 2006. 3. 30. 선고 2003헌가11 결정에서는 이중과세되는 세액을 전액 공제하여야 할 헌법적인 의무는 없고 입법자의 재량에 따라 공제 부분을 제한할 수 있다고 하였으며 실제로 현재 운용되고 있는 이중과세 조정제도가 ‘전액’ 공제 원칙을 채택하고 있다고 볼 수도 없다는 점에서 입법(이 사건 시행규칙 산식)에 의해서 공제대상 부분을 제한하였다는 점을 들고 있다.

 

그러나 이 사건의 경우에는 이중과세를 조정하기 위하여 부동산세액에서 공제되는 재산세액에 관한 입법자의 의사의 변경이 있는지가 문제되는 것으로서 대상판결의 설시와 같이, 2009년에 연도별 적용비율을 폐지하고 공정시장가액비율을 도입하였다고 하더라도 여전히 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 변화가 없고 개정 경위에 비추어 보면 그 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소∙변경하려는 것이었다고 보기도 어렵다.

 

또한 위 헌법재판소 결정은 토지초과이득세 결정일로부터 상당 기간이 경과한 후에 유휴토지를 양도하는 경우 양도소득세에서 토지초과이득세를 전액 공제해 주지 않더라도 헌법에 위반되지 않는다고 판단한 것으로 당초의 과세시점과 이중과세의 조정시점에 상당한 시차가 있는 반면 이 사건과 같이 당시 동일한 시점에 동일한 과세대상에 대하여 이중과세가 분명하게 발생하는 경우와 차이가 있으므로 위 결정의 판시만으로는 이 사건과 같이 명백하게 이중과세에 해당하는데도 그 공제를 제한하는 합리적인 근거로 삼기에는 부족하다. 또한, 개인주주의 배당가산제도에서 이중과세의 일부만 제거해 주고 법인세법이 법인주주가 수령한 수입배당금의 익금불산입 범위를 제한하고 있기는 하나 이는 세법이 개인과 법인을 별도의 납세의무의 주체로 파악하고 있어 경제적 측면에서의 이중과세를 조정해 주는 경우이고 이 사건은 단일의 납세의무자의 단일의 과세대상에 대해서 법률적인 이중과세가 발생하는 경우로서 질적인 차이가 있을 뿐만 아니라 법인의 재산이 사업과 무관한 계열회사 주식 취득에 사용되어 재무구조가 부실화될 것을 방지한다는 정책적 목적도 수반된다는 점 등에서 대비된다. 오히려 특수관계에 해당되는 개인 간의 저가양도거래에 있어 양도자에게는 양도소득세를, 양수자에게는 증여세를 부과하는 것이 타당하다는 대법원 2012.09.13선고 2012두10932판결3)과 같이 납세의무자가 다른 경우에는 이중과세라고 보기 어렵다는 입장의 연장선에 있는 것으로 보인다.

 

대상판결은 제1설의 입장에서 비록 종합부동산세의 법령의 문언이 이중과세의 조정의 문제를 과세표준에 의한다는 것으로 규정하고 있었음에도 그와 같은 법령의 외형상의 문언에 구애 받지 않고 과세물건 내지 과세대상에 관한 것으로 파악하여 실질적으로 그 과세물건에 대하여 이중과세가 발생하는 부분이 얼마인지를 따져 중복과세가 발생하지 않도록 하였을 뿐만 아니라 형식적인 면에서도 과세당국의 공제세액 산정에 법적 근거가 없다는 점을 지적하였다는 점에서 의미가 있다. 대상판결이 선고된 후 과세당국은 보도자료를 통해 2009년 법 개정을 통해 적용방법을 변경하였고 동 개정 법에 따라 공제하고 과세하였다고 하면서 대상판결은 재산세가 과다하게 공제되는 결과를 초래하고, 개정법령의 입법취지와 문언에도 부합하지 않으므로 향후 파기환송심에서 관련부처와 협의해 적극 대응할 예정이라고 밝혔고, 나아가 2015. 11. 30. 종합부동산세법 시행령 제5조의3 제1항을 개정하여 이 사건 시행규칙 산식의 법규명령 해당여부에 대한 논란이 제기되지 않도록 하기 위하여 이 사건 시행규칙 산식을 시행령에 위치시켰다.

 

그러나 대상판결과 동일 쟁점의 선행사건의 파기환송심에서는 대상판결의 취지가 그대로 유지되었고(서울고등법원 2015. 11. 25. 선고 2015누1368 판결). 개정 시행령 조항에 대해서도 비록 이 사건 시행규칙 산식의 법규성에 대한 논란의 여지는 줄였다고 보이지만 여전히 동일한 과세대상에 대하여 발생하는 이중과세의 문제는 불식시키지 못하였다는 지적이 가능하다. 향후 판례의 추이를 살펴볼 필요가 있다.

 

 -각주-

 

1 농어촌특별세법 제5조 제1항에 의하여 종합부동산세 결정세액의 20%가 농어촌특별세로 부과된다.

2 이 사건에서는 다른 쟁점도 다투어졌으나 본 판례평석에서는 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액 부분에 한정하여 논의한다.

3 특수관계자간 재산의 저가양도시 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도인에게 양도소득세를 부과하고, 상속세 및 증여세법상 의제조항에 의하여 양수인에게 증여세를 부과하는 것이 동일한 담세력의 원천에 대하여 중복 과세하는 결과를 가져온다 하더라도 이중과세금지원칙에 위배되지 아니한다.

 

-백제흠(白濟欽) 변호사 약력 -

■ 자격취득
‧ 변호사, 대한민국(1991)
‧ 변호사, 미국 뉴욕주(2004)
‧ 공인회계사, 미국 일리노이주(2004)

■ 학력
‧ 서울대학교 법과대학 (법학사 1988)
‧ 연세대학교 경영대학원 (경영학석사 1994)
‧ Harvard Law School (International Tax Program 2002)
‧ NYU School of Law (LL.M. in Taxation 2003)
‧ 서울대학교 대학원 (법학박사 2005)

■ 경력
‧ 서울지방법원 등, 판사(1994-2001)
‧ 국세청 자체평가위원회, 위원(2006-2010)
‧ 중부지방국세청 과세전적부심사위원회 및 이의신청심의위원회, 위원(2007- 2009)
‧ 기획재정부 세제실, 고문변호사(2012- )
‧ 기획재정부 세제발전심의위원회, 위원(2013 - )
‧ 기획재정부 국세예규심사위원회, 위원(2013 - )
‧ 서울지방변호사회 조세연수원, 원장(2014 - )
‧ 김‧장 법률사무소, 변호사(2004- )



세정신문  

입력 : 2016-02-11 09:11:23

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