중소기업을 영위하는 대표자가 거래업체의 세무조사과정에서 매출누락한 사실이 적발됐다면, 이후 수정신고를 하더라도 중소기업 특별세액감면에서 배제되는 것이 합당하다는 심판결정이 내려졌다.

조세심판원은 중소기업 A사의 수정신고가 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에 해당된다고 보아 특별세액감면 적용을 배제한 과세관청의 처분은 잘못이 없다는 심판결정문을 최근 공개했다.

조세심판원에 따르면, 과세관청은 2013년 8월 A사의 관계회사인 B사에 대한 세무조사과정에서 A사가 2008년부터 2012년동안 수입금액을 누락한 사실을 적발했으며, A사의 대표이사로부터 매출누락에 대한 확인서를 받았다.

A사는 2013년 11월 전체수입금액에 대한 일반과소신고가산세 적용 및 2012사업연도분을 제외한 수익금액에 대해, 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용해 법인세 수정신고를 했으나, 2014년 10월 전체수입금액에 대한 부당과소신고가산세를 적용해 법인세 수정신고를 했다.

반면 과세관청은 A사의 수정신고가 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에 해당된다고 보아, 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제한 법인세를 경정·고지했다.

A사는 이에 반발, 국세기본법시행령 제29조의 ‘경정할 것을 미리할고 제출한 경우’란 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 제출한 경우와 관할세무서장으로부터 과세자료 해명통지를 받고 제출한 경우임을 제시했다.

A사는 최초 수정신고서 제출시 처분청으로부터 아무런 통보도 받은바 없이 자기시정해 수정신고서를 제출한 것에 불과하다며, 중소기업특별세액감면 적용을 배제한 것은 부당하다고 조세심판원의 문을 두드렸다.

조세심판원은 그러나 B사의 세무조사시 A사의 대표이사가 법인의 신고누락매출액에 대한 확인서를 제출한 점에 비춰볼 때, A사의 수정신고는 세무공무원이 조사에 착수할 것을 알고 한 행위에 해당한다며, 과세관청의 처분은 정당하다고 판단했다.