주택 취득과정에서 누락된 부수 토지를 후 순위로 취득한 경우, 취득 순서와 무관하게 토지 보유기간은 동일하게 보아야 한다는 심판결정이 내려졌다.

조세심판원은 1세대 1주택 비과세 적용시 주택 부수토지 보유기간에 대한 납세자와 과세관청 간의 다툼에서, 지적상의 잘못으로 인해 후순위로 취득한 점을 감안해 비과세 요건에 합당하다는 요지의 심판결정문을 최근 공개했다.

조세심판원에 따르면, A 씨는 토지 및 건물이 합산된 쟁점주택을 취득했으나, 주택 부수토지 가운데 일부인 쟁점토지가 B 씨의 소유로 확인돼 2015년 2월 쟁점토지를 추가로 취득한 후 지번을 통합했다.

이후 A 씨는 쟁점주택과 쟁점토지를 매도하는 과정에서 주택은 1세대 1주택에 따른 비과세로, 쟁점토지는 2년미만 보유자산으로 보아 양도소득세를 신고했다.

A 씨는 이후 쟁점토지에 대해 1세대 1주택 비과세가 적용된다고 보아 양도소득세 환급을 경정청구했으나, 과세관청은 A 씨가 쟁점토지를 2년 이상 보유하지 않았다는 이유로 경정청구를 거부했다.

이에 반발한 A 씨는 쟁점주택 취득 당시 쟁점토지가 B 씨 소유인 사실을 알지 못하다 지자체의 공문을 받은 이후에야 인지했으며, 측량을 통해 실제로 쟁점주택 일부가 쟁점토지 위에 건축됐음을 확인했다고 주장했다.

A 씨는 쟁점토지를 매수하기 위해 B 씨와 매매를 체결했으나, 관할 지자체로부터 쟁점토지가 B 씨의 소유로 판단하기 어렵다는 이유로 등기가 거절됐다.

B 씨는 관할 법원을 통해 2~3년간 소송을 진행한 끝에 쟁점토지의 소유자로 확인받았으며, 이후 A 씨와 B 씨는 다시금 매매계약을 통해 쟁점토지의 소유권이 A 씨로 변경됐다.

A 씨는 쟁점토지를 매수하기 위한 이같은 일련의 과정을 설명하며, “2012년에 쟁점토지를 취득하기 위해 모든 절차를 이행했으나, 법원과 구청의 행정착오로 소유권 이전등기 절차만이 지연된 것으로, 쟁점토지를 1세대 1주택의 부수토지로 보아야 한다”고 심판청구를 구했다.

반면, 과세관청은 “2012년에는 쟁점토지에 대한 일부 계약금이 지급되는데 그쳤을 뿐 쟁점토지의 소유권은 확인소송이 끝난 이후로 보아야 한다”며, 쟁점토지는 2년이상 보유요건을 충족하지 못했음을 주장했다.

이와관련, 현행 소득세법 제 98조 및 같은법 시행령 제 162조에서는 ‘실제 매매대금을 청산한 날이 분명한 경우에는 그 대금이 지급된 날을 취득시기로 본다’고 규정하고 있다.

조세심판원은 사실관계 확인을 통해 “청구인은 쟁점토지가  B 씨 소유인 사실을 알지 못한채 주택을 취득했으며, 이후 B 씨 소유인 사실을 확인한 후 이를 취득하기 위해 적극적인 노력을 기울인 사실이 인정된다”고 적시했다.

또한 “취득과정에서 법원과 구청의 행정상의 착오로 인해 부득이하게 쟁점토지 취득 절차가 미뤄진 사정이 있다”며, “1세대 1주택 양도에 대한 소득세 비부과 취지에 비춰볼 때 쟁점토지를 2년 이상 보유한 것으로 보는 것이 타당하다”고 과세관청의 경정청구 거부 처분은 잘못이라고 심판결정했다.