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-‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’가…-
<대법원 2016.2.18. 선고 2014두35706 판결>
백제흠 변호사(김&장 법률사무소)

-‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’가 부가가치세법상 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부-

 

I. 대상판결의 개요

 

1. 사실관계의 요지와 이 사건 부과처분의 경위

원고는 물류서비스업 등을 영위하는 내국법인으로서 물류센터 신축공사를 위하여 2011.7.6. 건설회사와 사이에 공사기간은 2011.7.7.부터 2012.1.31.까지, 공사대금은 10,150,000,000원으로 정하여 공사도급계약을 체결하였는데, 공사대금 지급방법은 완성도기준지급조건부로서 매월 기성고에 따라 지급하되, 선급금 3,000,000,000원은 2011. 10. 31.까지 지급하는 것이었다.

원고는 2011.10.18. 위 선급금에 관하여 건설회사로부터 3,000,000,000원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)를 발급받고 이를 증빙자료로 첨부하여 은행으로부터 대출을 받아 그 지급기일인 2011.10.31. 건설회사에 선급금 3,000,000,000원을 지급하였다.

위 물류센터의 신축공사와 관련하여 원고는 위 선급금 외에 2011년 8월부터 2011년 12월까지 건설회사에게 수차례에 걸쳐 공사대금을 지급하였고, 각 공사대금에 관하여 건설회사로부터 세금계산서를 발급받았다.

피고는 원고에 대하여 세무조사를 실시한 후 이 사건 세금계산서 및 2011.11.4.자 공급가액 2,390,400,000원의 세금계산서는 용역의 공급시기 이전에 발급되어 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 위 합계 5,390,400,000원에 대한 매입세액을 불공제하여 2012.6.1. 원고에 대하여 2011년 제2기분 부가가치세 663,827,760원의 부과처분을 하였다.

원고는 위 부과처분에 불복하여 2012.7.31. 조세심판청구를 하였고 조세심판원은 2013.2.19. 이 사건 세금계산서의 공급가액 중 694,400,000원에 대한 매입세액과 위 2011.11.4.자 세금계산서의 공급가액 2,390,400,000원에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 세액을 경정하고, 나머지 청구를 기각하는 결정을 하였다.

피고는 위 조세심판원의 결정에 따라 2013.3.5. 3,084,800,000원(= 694,400,000원 + 2,390,400,000원)에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2011년 제2기분 부가가치세를 663,827,760원에서 285,387,168원으로 감액‧경정하였고(이하, 위 부과처분 중 잔존세액 부분을 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다) 원고는 피고를 상대로 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였다.

2. 대상판결의 요지

대법원은 이 사건 세금계산서는 다음과 같은 이유에서 부가가치세법상 사실과 다른 세금계산서의 예외사유에 해당하므로 이 사건 세금계산서의 매입세액은 전부 공제되어야 한다고 판단하였다.

구 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법’1)이라고 한다) 제17조제1항에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계 사업자가 거래징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여, 부가가치세법 제17조제2항제2호 본문(이하 ‘쟁점 매입세액 불공제조항’이라고 한다)은 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 의한 매입세액의 공제를 제한함으로써 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 제재장치를 마련하고 있다. 그러나 한편, 같은 호 단서에서는 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서이더라도 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치지 않는 것으로 볼 수 있는 경우에는 매입세액의 공제를 허용하는 것이 부가가치세제의 기본원리에 부합하는 점을 고려하여, 이에 해당하는 경우를 시행령으로 정하도록 위임하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법 시행령’이라고 한다) 제60조제2항제2호(이하 제2항을 ‘쟁점 예외조항’, 제2호를 ‘쟁점 일반 예외조항’이라고 한다)는 매입세액의 공제가 허용되는 경우의 하나로 ‘법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우’를 규정하고 있다.

이들 규정의 문언 내용과 체계 및 취지 등에 비추어 보면, 사업자가 부가가치세를 부담하지 아니한 채 매입세액을 조기에 환급받을 의도로 공급시기 전에 미리 세금계산서를 발급 받는 등의 특별한 사정이 없는 한, ‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’이더라도 발급일이 속하는 과세기간 내에 공급시기가 도래하고 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실도 진정한 것으로 확인되는 경우에는 쟁점 일반 예외조항에 의하여 그 거래에 대한 매입세액은 공제되어야 할 것이다(대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 참조). 한편, 부가가치세법 제9조제3항, 부가가치세법 시행령 제54조제2항, 제3항 등(이하 ‘쟁점 공급시기 특례조항’이라고 한다)은 ‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’의 발급일을 공급시기로 의제하거나 부가가치세법 제16조제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 의제하는 경우에 관하여 규정하고 있는데, 이는 ‘필요적 기재사항이 사실과 같은 세금계산서’로 보는 경우에 관한 규정이므로, 이들 규정으로 인하여 ‘필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서’에 관한 쟁점 일반 예외조항의 적용 대상이나 범위가 당연히 제한된다고 보기 어렵다.

원심은 원고가 건설회사에 물류센터 신축공사를 완성도기준지급조건부로 도급하고 2011.10.18. 건설회사로부터 공사대금 30억원에 대한 이 사건 세금계산서를 발급받은 후 그 지급기일인 2011.10.31. 위 돈을 지급한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 세금계산서는 용역의 공급시기 전에 발급된 세금계산서로서 필요적 기재사항인 ‘작성 연월일’이 사실과 다른 세금계산서에 해당하지만, 원고가 이 사건 세금계산서를 증빙자료로 첨부하여 은행으로부터 대출을 받아 위 공사대금을 지급하기 위하여 그 지급기일 전에 위 세금계산서를 발급받은 점, 원고는 동일한 과세기간인 2011년 제2기에 이 사건 세금계산서의 대금을 지급하고 그에 대한 용역을 제공받은 다음 위 세금계산서의 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고‧납부하였을 뿐 부당하게 세액을 환급받지 아니한 점 등에 비추어, 이 사건 세금계산서에 대한 매입세액은 쟁점 일반 예외조항에 의하여 전부 공제되어야 한다는 이유로, 이와 달리 이 사건 세금계산서의 일부 공급가액에 대한 매입세액의 공제가 허용되지 아니함을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다고 판단하였는 바, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고 거기에 사실과 다른 세금계산서에 관한 쟁점 매입세액 불공제조항과 쟁점 일반 예외조항의 해석‧적용에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.

II. 대상판결의 평석

1. 이 사건 쟁점과 문제의 소재

세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우 그 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 우리나라의 부가가치세 과세방법인 전단계세액공제 제도는 사업자의 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부세액을 산출하는데, 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위하여는 과세기간별로 거래단계에서 사업자가 거래징수 당한 매입세액과 거래징수한 매출세액을 상호‧검증하는 것이 필수적이다. 따라서 이러한 기능을 수행하는 세금계산서의 진정성을 담보하는 것이 중요하므로 부가가치세법은 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서의 매입세액을 불공제하고 있다.

그러나 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서라도 그 매입세액을 무조건 불공제하는 것은 사업자에게 지나치게 과중한 부담을 주고 매입세액 공제를 허용하는 부가가치세법의 기본 구조에 반하는 것이므로, 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하지 않는다면 사실과 다른 세금계산서라도 그 매입세액의 공제를 허용할 필요가 있다. 이에 쟁점 일반 예외조항은 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 기재되어 있으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 납세자가 매입세액 공제를 받을 수 있도록 그 예외를 인정해 주고 있다.

세금계산서는 부가가치세법에서 정하는 공급시기에 발급되어야 하므로 공급시기에 발급되지 않은 세금계산서는 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 원칙적으로 공제되지 않는다. 재화나 용역의 공급시기에 관하여는 부가가치세법이 자세하게 규정하고 있으나, 특정의 재화나 용역의 공급거래의 구체적인 사안에서 공급시기를 판정하는 것이 쉽지 않을 뿐만 아니라 현실적으로 용역대가가 지급되었으나 여러 사정으로 세금계산서가 제때 교부되지 못하는 경우가 빈번하게 발생한다. 그러한 경우 공급시기에 발급되지 않은 세금계산서를 모두 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액의 공제를 부인한다면 전단계세액공제 제도를 근간으로 하는 부가가치세제의 적정한 운영은 어려울 것이다. 이러한 문제를 해결하기 위하여 부가가치세법은 공급시기보다 먼저 발급되는 선(先)발행 세금계산서와 그 이후에 발급되는 후(後)발행 세금계산서에 대해서 일정한 요건 하에 매입세액 공제가 허용될 수 있도록 하는 별도의 규정을 두고 있다.

후발행 세금계산서에 대해서는 부가가치세법 제17조제2항제2호 단서, 부가가치세법 시행령 제60조제2항제3호(이하 제3호를 ‘쟁점 과세기간 예외조항’이라고 한다)에서 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우에는 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 매입세액 공제를 허용한다. 즉, 후발행 세금계산서 중 그 세금계산서가 동일 과세기간 내에 발급된 경우에는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지만 그 예외를 인정하여 매입세액 불공제를 하지 않는 것이다. 반면, 선발행 세금계산서에 대해서는 재화와 용역의 공급시기 전에 재화나 용역의 대가의 일부 또는 전부를 받고 세금계산서를 발급하는 경우 쟁점 공급시기 특례조항에 의하여 재화나 용역의 공급시기를 세금계산서의 발급시기로 보아 문제를 해결하고 있다. 즉, 선발행 세금계산서는 쟁점 공급시기 특례조항에 의하여 그 발급시기가 공급시기가 되므로 사실과 다른 세금계산서 자체에도 해당하지 않는다는 점에서, 사실과 다른 세금계산서에는 해당하나 쟁점 과세기간 예외조항에 의하여 매입세액이 공제되는 후발행 세금계산서와 차이가 있다. 

통상 공급시기가 지난 시점에 뒤늦게 세금계산서가 발급되는 경우 그러한 후발행 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지가 주로 문제가 되었고, 이 사건의 경우와 같이 공급대가의 수수 전에 발급되는 선발행 세금계산서의 매입세액 공제 여부가 문제되는 사례는 많지 않았다. 이 사건 세금계산서의 경우 선발행 세금계산서이지만 쟁점 공급시기 특례조항의 적용을 받지 못하여 사실과 다른 세금계산서에 해당하게 되는데, 이를 쟁점 일반 예외조항에 의하여 당해 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실이 확인된다는 이유로 그 매입세액을 공제하여 줄 것인지가 이 사건의 쟁점이 된다. 부연하면, 후발행 세금계산서에 대하여는 매입세액 공제를 허용하는 쟁점 과세기간 예외조항이 있으나 선발행 세금계산서에 대해서는 그러한 예외조항을 두지 않고 쟁점 공급시기 특례조항에 의하여 매입세액 공제가 가능하도록 하고 있는데, 쟁점 공급시기 특례조항에 해당하지 않는 선발행 세금계산서에 대해서 추가로 쟁점 일반 예외조항을 적용하여 그 매입세액의 공제를 허용할 것인지의 문제이기도 하다.

결국 세 가지의 조항의 해석론과 맞물려 있는 이 사건 쟁점에 대한 대상판결의 의미를 판단하기 위해서는 사실과 다른 세금계산서에 관한 쟁점 일반 예외조항 및 선발행 세금계산서에 관한 쟁점 공급시기 특례조항과 후발행 세금계산서에 관한 쟁점 공급시기 예외조항의 의미와 그 연혁 등을 종합적으로 파악하는 것이 무엇보다도 중요하다. 이하에서는 사실과 다른 세금계산서에 관한 쟁점 매입세액 불공제조항과 쟁점 일반 예외조항 및 쟁점 과세기간 예외조항에 대해서 우선 살펴 보고, 세금계산서의 발급시기와 쟁점 공급시기 특례조항의 의미에 대해서 검토한다. 이어서 쟁점 일반 예외조항과 쟁점 과세기간 예외조항 및 쟁점 공급시기 특례조항의 적용 관계에 비추어 이 사건 세금계산서가 쟁점 일반 예외조항의 적용에 따라 매입세액이 공제되는 경우에 해당하는지 여부에 대하여 논의한 후 대상판결의 의미와 평가에 대한 의견을 개진하고자 한다.

2. 사실과 다른 세금계산서에 관한 쟁점 매입세액 불공제 조항과 쟁점 예외조항

가. 부가가치세의 기본구조와 세금계산서

다단계 일반소비세인 부가가치세는 재화나 용역의 각 거래단계에서 창출되는 부가가치를 과세표준으로 하는 조세로서, 그 세액을 계산‧징수하는 방법은 국가마다 차이가 있다. 우리나라 부가가치세법은 사업자가 공급한 재화나 용역의 매출세액에서 그가 다른 사업자로부터 공급받은 재화나 용역에 대한 매입세액을 공제하여 납부세액을 신고‧납부하게 하는 전단계세액공제 방식을 채택하고 있다.2) 따라서 공급받는 자인 사업자는 매입세액을 공제받기 위해서 매입세금계산서를 교부받아야 하므로 공급자에게 세금계산서의 교부를 요구하게 되고 그 과정에서 공급자의 거래가 노출‧양성화된다.

이와 같이 부가가치세법이 전단계세액공제 방식을 선택하고 있어 납세자간 상호감시의 효과로 세무행정의 효율성이 제고되고, 거래징수사실을 증명하기 위하여 세금계산서의 수수가 필수적이 된다. 부가가치세법 제16조제1항은 세금계산서의 기재사항을 필요적 기재사항과 임의적 기재사항으로 구분하여 구체적으로 규정하고 있다. 필요적 기재사항은 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일이다.3) 임의적 기재사항은 공급하는 자의 주소, 공급받는 자의 상호‧성명‧주소, 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목, 공급품목, 단가와 수량, 공급연월일, 거래의 종류, 사업자단위과세사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호이다.4)

나. 쟁점 매입세액 불공제조항의 사실과 다른 세금계산서

부가가치세법은 세금계산서의 정확한 수수를 위하여 쟁점 매입세액 불공제조항에서 부가가치세법 제16조제1항‧제2항‧제4항 및 제5항의 규정에 의한 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되어 있지 아니하거나 그 내용이 사실과 다르게 기재된 경우에는 원칙적으로 매입세액의 공제를 허용하지 않는다고 규정하고 있다.5) 따라서 세금계산서의 매입세액을 공제받기 위해서는 발급된 세금계산서의 4가지 필요적 기재사항 모두를 실제 거래와 일치하도록 기재하여야 한다. 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 대해서는 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담한다.6)

쟁점 매입세액 불공제조항의 적용과 관련하여 세금계산서의 기재내용이 ‘사실과 다르다’는 것의 의미를 파악하는 것이 중요하다. 이에 대해 대법원은 “과세대상이 되는 소득‧수익‧계산‧행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니한 경우를 가리키는 것이다”라고 판시하였다.7)

세금계산서의 필요적 기재사항 중 작성 연월일과 관련하여 사실과 다른 세금계산서의 해당 여부가 문제되는 경우는 세금계산서에 작성 연월일이 기재되어 있지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우이다. 세금계산서의 작성 연월일이란 세금계산서를 실제로 작성하여 발급한 날이므로8) 작성 연월일이 사실과 다르게 기재되었다는 것은 세금계산서의 작성‧발급일이 실제 거래일과 다른 경우를 말한다. 실제 거래일이란 재화나 용역의 공급시기를 의미하므로 세금계산서를 작성하여 발급한 날이 재화나 용역의 공급시기와 다르면 사실과 다른 세금계산서가 되어 그 매입세액을 공제하지 않는다.

통상 세금계산서의 작성 연월일은 날짜까지 특정되므로 실제 공급시기에 해당하는 날짜에 세금계산서가 발급되면 그 세금계산서는 사실과 같은 세금계산서가 될 것이다. 만일 세금계산서의 발급일자가 재화나 용역의 공급시기와 하루라도 차이가 있다면 작성 연월일이 사실과 다른 세금계산서로 보아야 하는지에 대해서는 의문이 있을 수 있다. ‘사실과 다르다’는 것이 구체적으로 어떠한 의미를 가지는지에 대해서는 다양한 생각이 가능한 바,9) 부가가치세법은 기간 과세를 채택하고 있고 매입세액 공제는 하나의 과세기간을 단위로 이루어지게 되므로 여기서 의미가 있는 것은 과세기간이고 특정의 시점은 아니라는 전제에서 매입세액 공제와 관련된 사실에 대해서는 어떠한 폭 또는 범위를 설정할 여지가 있다는 견해를 상정해 볼 수 있다.

그러나 판례가 작성 연월일을 세금계산서의 작성‧발급일로 보면서 그 날이 공급시기와 다른 경우 사실과 다른 세금계산서로 파악하고 있고 쟁점 과세기간 예외조항에 의하여 그 공급시기가 속하는 과세기간 내에 수수된 경우에는 매입세액의 공제를 허용하는 부가가치세법의 체계에 비추어 보면, 작성 연월일의 폭 내지 범위를 설정하여 사실과 다른 세금계산서 여부를 판단하는 것은 어렵다고 할 것이다. 

다. 쟁점 예외조항의 사실과 다른 세금계산서의 매입세액 공제

(1) 개요
세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 사실과 다른 경우를 지나치게 엄격하게 해석하여 그 구체적인 발생경위나 사유 등을 고려하지 않은 채 단순히 사실과 달리 기재된 모든 세금계산서의 매입세액 공제를 허용하지 않는다면 납세자에게 지나치게 무거운 부담을 주고 매입세액 공제라는 부가가치세법의 기본구조에도 반하는 결과가 초래될 수 있다. 이에 부가가치세법은 사실과 다른 세금계산서에 해당하더라도 일정한 요건을 구비하면 그 매입세액을 공제하는 쟁점 예외조항을 두고 있다.

쟁점 예외조항은 쟁점 일반 예외조항과 쟁점 공급시기 예외조항 외에 제1호에서 사업자등록을 신청한 사업자가 사업자등록증발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 세금계산서를 발급받은 경우 매입세액 공제를 허용한다는 규정을 두고 있다. 제1호는 고유의 사실과 다른 세금계산서라기보다는 사업자등록 전 매입세액 공제를 허용하기 위한 특례규정으로 보인다. 쟁점 일반 예외조항은 모든 유형의 사실과 다른 세금계산서에 적용되는 일반적 구제조항이고, 쟁점 과세기간 예외조항은 일정한 요건을 갖춘 후발행 세금계산서에 대한 매입세액을 허용하는 개별적 구제조항에 해당한다.

(2) 쟁점 일반 예외조항의 의미
쟁점 일반 예외조항은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액을 공제할 수 있다고 규정하고 있다.

위 기재사항의 착오의 해석과 관련하여 쟁점 일반 예외조항은 ‘일부의 착오 기재’의 경우에만 적용되고 ‘착오가 없는 일부의 기재 누락’의 경우에는 적용되지 않는 것인지 여부가 문제된다. 쟁점 일반 예외조항에는 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 다른 필요적 기재사항 등에 의하여 거래사실이 확인되는 경우라는 추가 문구가 있어, 마치 착오 기재가 있는 경우만을 구제하는 조항이라고 해석될 여지가 있다. 법 문언에 명확하게 ‘착오 기재’의 경우라고 규정하고 있으므로 매입세액 공제는 착오의 경우에 국한되어야 하고 착오가 아닌 고의의 경우까지 매입세액 공제를 허용해 주는 것은 문언의 범위를 넘어서는 해석이며 세금계산서의 진실성을 담보하기 위해서도 사실과 다른 세금계산서의 매입세액 공제 예외사유는 제한적으로 보아야 한다는 점을 근거로 들 수 있다. 그와 같은 입장에서는 동기의 착오를 착오로 볼 것인지 등 착오 기재의 범위를 어디까지 인정할 것인지가 중요하다.10)

그러나 쟁점 일반 예외조항은 실제로는 사실과 다른 세금계산서에 해당함에도 일반적으로 매입세액 공제를 허용하는 규정으로 보는 것이 타당하다. 만일 공급받는 자의 등록번호를 단순 착오로 잘못 기재하였다면 그것은 단순 오기일 뿐 사실과 다른 세금계산서로 보기 어려워 위 조항이 없더라도 매입세액 불공제를 할 수 없다고 할 것이므로 위 조항이 의미를 가지기 위해서는 단순 착오 기재의 경우를 구제하기 위한 것이 아니라 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 부가가치세의 운영의 기초가 되는 세금계산서의 정확성과 진실성을 해치지 않는다면 거래당사자가 실제로 부담한 매입세액의 공제를 허용하기 위하여 이를 규정한 것이라고 할 것이다.11) 위 조항과 대등한 지위에 있는 쟁점 과세기간 예외조항이 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우라고 규정하여 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 매입세액 공제를 허용한 점에 비추어 보더라도 쟁점 일반 예외조항을 단순 착오 기재의 구제를 넘어서는 의미 있는 조항으로 해석하는 것이 합리적이다. 따라서 위 조항의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었다는 부분은 필요적 기재사항 중 일부가 사실과 달리 기재되었다는 정도의 의미를 가진 것으로 해석하는 것이 정당하다.

쟁점 일반 예외조항에서 ‘거래사실이 확인되는 경우’란 거래당사자인 공급자와 공급받는 자의 등록번호, 작성 연월일, 공급가액과 부가가치세액 등 필요적 기재사항이 확인되는 경우를 말한다. 그리고 쟁점 일반 예외조항에는 그 문언상 ‘거래사실이 확인되는 때’라고만 되어 있어, 그 거래사실이 확인되면 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 폭넓은 매입세액 공제의 여지가 있다고 보인다.

(3) 쟁점 과세기간 예외조항의 의미
쟁점 과세기간 예외조항은 재회 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우에는 매입세액 불공제에서 제외된다. 후발행 세금계산서로서 공급시기 후에 작성‧발급되어 필요적 기재사항인 작성 연월일이 사실과 다른 세금계산서이지만 공급시기와 동일 과세기간 내에 교부되었다면 매입세액 공제를 허용하는 것이다.

공급시기 이후에 세금계산서를 작성‧교부하여 세금계산서의 작성 연월일이 사실과 다르게 되는 경우는 첫째, 세금계산서에 공급시기 이후인 실제 작성일을 그대로 기재한 경우와 둘째, 세금계산서의 작성일자를 실제 공급시기로 소급하여 작성한 경우를 들 수 있다.

후자에 대해서 종전 판례는 “공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성‧교부하였더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제되어야 한다”고 보아 매입세액 공제가 전면 허용되는 것으로 판단하였다.12) 반면 전자에 대해서는 “세금계산서 작성일이 사실상의 거래시기와 다르게 되어 있을 뿐 그 거래사실은 그 세금계산서 기재대로 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하는 것이지만 이는 어디까지나 세금계산서 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한하는 것이다”고 보아 제한적으로 매입세액 공제가 가능하다고 판시하였다.13) 이에 의하면 동일한 거래에 대하여 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하는 경우에는 매입세액 공제가 모두 허용되는 반면, 소급하지 않고 실제 작성일자로 기재하는 경우에는 같은 과세기간 내에서만 제한적으로 매입세액 공제가 허용되게 되었다.

그러던 중 1999.12.31. 대통령령 제16661호로 부가가치세법 시행령이 개정되어, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서라도 이를 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우에는 매입세액이 공제될 수 있다는 쟁점 과세기간 예외규정이 도입되었다. 그러나 위 규정의 문언상 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받은 경우에만 매입세액이 공제될 수 있는 것으로 제한되어 있으므로, 당해 공급시기가 속하는 과세기간이 지난 후에 작성 연월일을 공급시기로 소급하여 세금계산서를 교부받은 경우에는 매입세액 공제가 가능한 것인지에 대하여는 여전히 논란의 소지가 있었다.14)

이에 대하여 대법원은 ‘쟁점 매입세액 불공제조항의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는 ‘세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 작성 연월일이 사실과 다르게 기재된 경우’라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 쟁점 일반 예외조항에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다’고 판시하였다.15) 위 대법원 판결은 매입세액 공제에 있어서 세금계산서의 작성일자를 실제 공급시기로 소급하여 작성하든, 실제 작성일자로 하든 실제 작성일이 거래시기와 동일한 과세기간이어야 한다는 것으로 전자와 후자의 경우 모두 같은 과세기간 내에만 제한적으로 매입세액 공제가 허용되는 것으로 통일되었다. 이로써 후발행 세금계산서의 매입세액 공제 여부가 대법원에서 세금계산서의 소급 작성 여부와 무관하게 동일 과세기간 내에 작성‧교부되는 경우에 한하여 허용되는 것으로 정리되었다는 점에서 의미가 있다. 

3. 세금계산서의 발급시기와 쟁점 공급시기 특례조항

가. 세금계산서의 발급시기

세금계산서의 발급은 공급자가 재화나 용역을 공급하고 그 공급사실에 대하여 공급내용을 기재한 세금계산서를 작성하고 이를 공급자에게 교부하는 것을 말한다. 세금계산서를 작성하였으나 발급하지 않은 상태에서는 세금계산서로서의 효력은 없다. 이러한 세금계산서는 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기에 발급해야 하는데, 일반적으로 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때, 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용 가능하게 되는 때, 그 밖의 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때가 재화의 공급시기이고, 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화‧시설물 또는 권리가 사용되는 때이다.16) 부가가치세법 시행령은 재화와 용역의 공급시기에 관하여는 할부 또는 조건부로 재화나 용역을 공급하는 경우 등에 관하여 거래형태별로 자세한 규정을 두고 있다.17) 각 거래형태별 해당 공급시기가 세금계산서의 발급시기가 된다.

나. 쟁점 공급시기 특례조항의 의미

(1) 내용
부가가치세법상 공급시기 판정에는 어려움이 있을 뿐만 아니라, 현실에서는 다양한 거래 형태 등으로 인하여 공급시기가 도래하기 전 또는 그 후에 세금계산서가 발행되는 경우가 생기게 된다. 그와 같은 경우 단지 세금계산서가 제때 발급되지 않았다는 이유로 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 공제를 인정하지 않는다면 납세자에게 지나치게 큰 부담을 주는 결과가 초래된다. 따라서 부가가치세법은 일정한 선발행 세금계산서에 대해서는 쟁점 공급시기 특례조항에 의하여 세금계산서 발급시기 그 자체를 공급시기로 의제하여 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않도록 하고 있다.

쟁점 공급시기 특례조항에 의하면 부가가치세법 제9조 제1항, 제2항의 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 재화 또는 용역의 대가의 전부 또는 일부를 받고 이와 동시에 그 받은 대가에 대한 세금계산서 또는 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. 나아가 다음의 두 경우도 쟁점 공급시기 특례조항의 적용대상이 된다. 첫째, 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일로부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 공급시기에 세금계산서를 발급한 것으로 본다. 둘째, 앞의 경우에 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 거래당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금청구시기와 지급시기가 별도로 기재될 것, 대금청구시기에 세금계산서를 발급받고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할 것, 대금청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것의 요건을 모두 충족하면 공급하는 사업자가 재화나 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일로부터 7일 경과후 대가를 지급받더라도 공급시기에 세금계산서를 발급한 것으로 본다.18)

(2) 연혁
쟁점 공급시기 특례조항은 부가가치세법이 1976.12.22. 법률 제2934호로 제정되면서 도입되었는데 그 당시에는 당해 거래의 실제성 여부에 관계 없이 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전이라도 일단 세금계산서가 발행되면 당해 거래가 적법하게 이루어진 것으로 보아 세금계산서상의 매입세액을 공제하였다. 그 결과 공급받는 자는 부가가치세를 거래징수당하지 아니한 상태에서 매입세액을 부당하게 환급받는 사례가 발생하였다. 이에 2003.12.30. 법률 제7007호로 부가기치세법을 일부 개정하면서 쟁점 공급시기 특례조항은 공급대가의 일부 또는 전부를 받고 세금계산서 또는 영수증을 발급하는 경우에만 그 발급하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 보도록 규정하였다. 이는 선발행 세금계산서의 매입세액 공제의 범위를 좁히는 개정이었다.

2007.2.28. 대통령령 제19892호로 부가가치세법 시행령이 일부개정되면서 제54조제2항 및 제3항이 신설되어, 세금계산서 교부후 7일 이내에 대금지급이 이루어지거나 대금지급이 7일이상 지연되더라도 일정 요건을 충족하는 경우 선발행 세금계산서를 적법한 세금계산서로 인정하도록 하였다. 이는 매입세액 공제의 범위를 넓히는 개정이었다.

4. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서의 쟁점 일반 예외조항에 해당하는지 여부

가. 논점의 정리

앞서 본 바와 같이 이 사건 세금계산서는 공급시기 전에 발행된 선발행 세금계산서로서, 쟁점 공급시기 특례조항의 요건을 구비하지 못하여 그 발급일이 공급시기로 의제되지 못하므로, 세금계산서의 작성‧교부가 공급시기 전에 이루어진 것이 되어 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 따라서 그 매입세액을 공제 받기 위해서는 사실과 다른 세금계산서의 쟁점 일반 예외조항에 해당하여야 하는 바, 이 사건에서는 쟁점 공급시기 특례조항의 요건을 갖추지 못한 선발행 세금계산서도 사실과 다른 세금계산서의 매입세액 공제를 허용하는 쟁점 일반 예외조항의 적용을 여전히 받을 수 있는지가 다투어졌다.

한편, 후발행 세금계산서에 대해서는 쟁점 과세기간 예외조항에 의하여 공급시기 이후에 세금계산서를 발급받더라도 그 발급시점이 해당 공급시기가 속하는 과세기간 내이면 매입세액 공제를 허용해 주고 있는 반면, 해당 공급시기가 속한 과세기간 내에 교부된 선발행 세금계산서에 대하여는 쟁점 과세기간 예외조항과 같이 매입세액 공제를 허용해 주는 규정이 없는 바, 그럼에도 불구하고 쟁점 일반 예외조항에 의하여 매입세액 공제를 허용할 것인지의 문제이기도 하다.

이상의 쟁점 공급시기 특례조항과 쟁점 과세기간 예외조항의 요지를 정리하면, 매입세액의 공제를 받기 위해서는 선발행 세금계산서의 경우에는 공급시기 이전에 대가를 받으면 되고 그 대가의 수수가 동일 과세기간 이내일 필요는 없는 반면, 후발행 세금계산서에 대해서는 공급시기가 속하는 과세기간에 수수되어야 한다는 요건만 있을 뿐 별도로 대가의 수수는 요구하고 있지 않다. 그런데, 쟁점 일반 예외조항은 ‘착오 기재’와 ‘거래사실이 확인되는 경우’라는 문언만 두고 있지 매입세액 공제를 받기 위하여 쟁점 공급시기 특례조항이나 쟁점 과세기간 예외조항과 같이 별도의 구체적인 요건을 규정하고 있지 않은 바, 쟁점 공급시기 특례조항과 쟁점 과세기간 예외조항에 해당하지 않는 이 사건 세금계산서가 쟁점 일반 예외조항의 적용을 받는다면 우회적으로 매입세액 공제가 허용되는 셈이 되므로 쟁점 일반 예외조항의 적용 여부에 대한 판단을 위해서는 쟁점 공급시기 특례조항과 쟁점 과세기간 예외조항의 관계를 어떻게 보아야 하는지가 무엇보다도 중요하고 그에 따라 결론이 달리질 것이다. 만일 적용이 되더라도 쟁점 공급시기 특례조항과 쟁점 가세기간 예외조항과의 관계에 비추어 어떠한 제한을 전제로 적용되는 것은 아닌지도 문제된다. 이에 대해서는 두 가지의 견해가 대립된다.

나. 제1설


제1설은 이 사건 세금계산서는 작성 연월일이 사실과 다른 세금계산서이고, 쟁점 일반 예외조항에도 해당하지 않으므로 그 매입세액은 불공제된다는 견해로서 쟁점 일반 예외조항에 해당하지 않는다는 점에 대하여 다음과 같은 사유가 그 근거로 제시된다. 제1심19)의 견해이기도 하다.

첫째, 쟁점 일반 예외조항은 필요적 기재사항의 일부가 착오로 기재되었으나 다른 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우라야 하는데 이 사건 세금계산서는 공급받는 자가 은행 대출을 받기 위한 사전의 증빙자료로 필요하여 공급시기 전이라는 점을 스스로 인지하고 발급된 것이고, 공급시기 등에 대한 착오가 원인이 되어 작성‧발급된 것은 아니므로 쟁점 일반 예외조항의 문언상의 착오 기재의 요건을 구비하였다고 볼 수 없다.

둘째, 부가가치세법은 선발행 세금계산서 중 쟁점 공급시기 특례조항의 요건을 충족하는 경우에 한하여 예외적으로 그 매입세액 공제를 인정하고 있으므로 이 사건 세금계산서와 같이 이러한 요건을 충족하지 못하고 공급시기 전에 발행된 세금계산서는 공급시기가 잘못 기재된 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 매입세액 공제를 받을 수 없다. 또한, 쟁점 공급시기 특례조항의 반대해석상 그 규정의 요건이 충족되지 않으면 매입세액을 공제할 수 없다고 해석하는 것이 타당하다. 쟁점 공급시기 특례조항은 수 차례 개정을 통하여 그 적용 대상과 범위를 달리 규정해 왔는데, 그 요건에 해당하지 않아 공급시기가 의제되지 않는 선발행 세금계산서에 대해서도 쟁점 일반 예외조항의 적용에 의하여 매입세액 공제를 허용한다면 쟁점 공급시기 특례조항을 사문화시키는 것과 마찬가지가 된다.

셋째, 후발행 세금계산서는 비록 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 쟁점 과세기간 예외조항에 의하여 공급시기가 속한 과세기간 내에 교부받으면 매입세액 공제가 가능하다는 규정을 두고 있지만 이 사건 세금계산서와 같이 선발행 세금계산서에 대해서는 과세기간 내에 발급되더라도 매입세액 공제를 허용해 주는 별도의 규정이 없다. 그러한 예외규정이 없는 선발행 세금계산서에 대해서 매입세액 공제를 허용한다면 후발행 세금계산서에 대해서 매입세액 공제를 허용하는 쟁점 과세기간 예외조항은 별다른 독자적인 의미를 가지지 않게 된다는 점에서도 이 사건 세금계산서에 대해서는 쟁점 일반 예외조항이 적용되는 것으로 보아서는 안 된다.

넷째, 선발행 세금계산서와 후발행 세금계산서는 서로 다르므로 매입세액 공제의 허용에 있어서 차이를 둘 필요가 있다. 후발행 세금계산서에 대해서 매입세액 공제를 허용하더라도 대부분 그 시점에는 거래대금이 수수되었을 것이므로 공급받은 자가 거래대금과 같이 지급한 매입세액을 사후적으로 환급받은 것이 되어 특별히 부당하지 않다. 그러나 선발행 세금계산서는 공급하는 자가 재화 또는 용역을 공급하기 전에 대금도 지급받지 아니한 상태에서 세금계산서를 발급해 준 것으로 선발행 세금계산서의 매입세액의 공제를 제한 없이 허용할 경우 공급받는 자는 실제 공급대가를 지급하지 않은 상태에서 세금계산서를 교부받아 국가로부터 세액을 환급받는 부당한 이익을 누릴 수도 있다. 이 점에서도 쟁점 공급시기 특례조항의 요건을 충족한 선발행 세금계산서에 한하여 예외적으로 매입세액 공제를 허용하는 것이 타당하다. 하급심에서도 쟁점 공급시기 특례조항의 요건을 충족하지 못한 선발행 세금계산서에 대해서는 그 매입세액 공제를 허용하지 않는 것이 타당하다고 판단한 바 있다.20)

다. 제2설

제2설은 이 사건 세금계산서는 공급시기가 사실과 다르게 적힌 세금계산서이지만 쟁점 일반 예외조항이 적용되므로 그 매입세액은 공제될 수 있다는 견해이다. 다음과 같은 점을 근거로 들고 있는데, 제2심21)의 견해이기도 하다.

첫째, 쟁점 일반 예외조항의 착오 기재란 예시적인 의미로서 세금계산서의 다른 기재내용에 의하여 거래사실이 확인되면 그 적용을 받을 수 있는 것이다. 대법원도 쟁점 일반 예외조항의 매입세액 공제가 부인되는 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 작성 연월일이 사실과 다르게 기재된 경우라 함은 세금계산서의 실제 작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고 그러한 경우에도 쟁점 일반 예외조항에 따라 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 그 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 한다고 판단하였다.22) 실제 공급시기와 다르게 작성‧교부된 세금계산서는 원칙적으로는 매입세액의 공제가 부인되나, 당사자간 거래 노출로 세원 포착 및 상호검증 기능 등 세금계산서의 본질적 기능을 해하지 않는 한도 내에서는 매입세액 공제를 허용하여 납세의무자의 피해를 구제해 줄 필요가 있고 그러한 차원에서 쟁점 일반 예외조항이 폭넓게 기능하는 것이다.

둘째, 선발행 세금계산서에 관한 쟁점 공급시기 특례조항은 일정한 요건을 갖춘 선발행 세금계산서의 발급시기를 공급시기로 의제하여 사실과 같은 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 공제시켜 주기 위한 것으로 여기에서 정한 요건에 해당하지 않았다는 이유로 자동적으로 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하는 것은 쟁점 공급시기 특례조항의 입법취지에 반한다. 납세자를 추가적으로 구제하기 위하여 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않도록 도입된 쟁점 공급시기 특례조항의 요건에 해당하지 않는다는 이유로 사실과 다른 세금계산서라도 일정한 요건에 해당하면 매입세액 공제를 허용하는 쟁점 일반 예외규정의 적용 여지를 박탈하는 해석은 타당하지 않다. 두 조항의 규정 맥락과 적용 차원이 다르다는 점을 고려하면 이와 같은 양립적 해석이 충분히 가능하다.

셋째, 대법원은 후발행 세금계산서에 대해서는 쟁점 과세기간 예외조항이 신설되기 전에도 해당 공급시기가 속한 과세기간 내에 세금계산서를 교부받은 경우에는 작성 연월일이 착오로 기재되었는지 여부에 관계없이 쟁점 일반 예외조항을 적용하여 매입세액 공제를 허용하여 왔다.23) 이러한 법리는 세금계산서를 공급시기 전에 작성한 선발행 세금계산서의 경우에도 동일하게 적용될 수 있는 것이고, 후발행 세금계산서에 관한 쟁점 과세기간 예외조항이 도입되었다고 하더라도 이를 달리 볼 이유는 없다.

넷째, 선발행 세금계산서와 후발행 세금계산서가 대금 수수에서 차이가 있고 이 사건 세금계산서와 같이 대가를 실제 지급하기 전에 교부받은 세금계산서의 매입세액 공제를 허용하면 자칫 부당하게 매입세액을 환급받는 문제가 발생할 우려도 없지 않으나 동일한 과세기간에 공급시기가 도래한 경우로 제한한다면 부당한 이익을 누릴 가능성은 높지 않다. 선발행 세금계산서를 발급받은 공급받는 자라고 하더라도 과세기간 중으로는 거래대금을 지급하면서 부가가치세를 부담한 다음 과세기간 종료 후에 매입세액을 환급받는 것이 일반적이므로 공급시기 전에 세금계산서를 발급하였다고 하여 무조건 납세자가 부담세액을 먼저 환급받게 되는 것은 아니다.

라. 소결

제1설은 쟁점 공급시기 특례조항과 쟁점 과세기간 예외조항의 적용을 받을 수 없어 매입세액이 공제되지 않는 선발행 세금계산서에 대해서 쟁점 일반 예외조항에 의하여 그 매입세액 공제를 허용하는 것은 부당하다는 것으로 부가가치세법의 문리해석에 충실한 견해로서 합리적인 측면이 있으나, 다음과 같은 추가적인 논거를 고려해 볼 때 제2설의 견해가 보다 타당하다고 사료된다.

첫째, 세금계산서의 상호 검증기능은 부가가치세 과세기간별로 행하여지고 있고, 부가가치세의 신고도 과세기간별로 이루어지고 있는바, 그러한 상호 검증기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성‧교부가 공급시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지면 되는 것이고 만일 원칙적으로 선발행 세금계산서와 후발행 세금계산서가 공히 사실과 다른 세금계산서이지만 공급시기와 세금계산서의 발급시점이 순서를 달리 한다는 이유로 매입세액 공제의 허용에 있어서 근본적인 차이를 두는 것은 합리적으로 설명될 수 없다.

둘째, 부가가치세의 매입세액 공제는 부가가치세 기본구조의 핵심적인 사항으로, 매출세액이 존재함에도 매입세액의 공제를 허용하지 않는 경우는 납세자에게 지나치게 과중한 불이익을 초래한다. 이러한 사정 때문에 세금계산서상 공급하는 자와 실제 공급하는 자가 다른 명의위장 거래에 있어서 그 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지만 판례는 오래 전부터 공급받는 자가 공급자의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없는 경우에는 선의의 납세자 보호를 위하여 그 매입세액을 공제받을 수 있다는 일관된 입장을 취하고 있다.24) 위 판례들은 매입세액 공제를 허용하는 특별한 근거조항을 제시하고 있다고 보이지는 않지만 명의위장 거래라고 하더라도 거래사실이 확인되었다는 이유로 매입세액 공제를 허용하는 것이므로 쟁점 일반 예외조항을 그 근거로 볼 여지가 있다. 그러한 논리에서 보면 쟁점 일반 예외조항의 성격은 거래사실이 확인되는 경우에는 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 제반 사정을 고려하여 일정한 제한25) 하에 매입세액 공제를 허용하는 규정으로 볼 수 있는 바, 이 사건은 동일 과세기간 내에 있는 공급시기 전에 세금계산서를 발급한 경우로서 명의위장 거래에 비하여 부가가치세의 근간을 이루는 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적인 기능을 해친다고도 볼 수 없으므로 일정한 제한 하에 그 매입세액을 공제하는 것이 합리적이다.

셋째, 일정한 요건을 갖춘 선발행 세금계산서의 공급시기를 의제하는 쟁점 공급시기 특례조항과 무관하게 쟁점 일반 예외조항에 의하여 매입세액 공제를 허용하더라도 그 세금계산서는 여전히 작성 연월일이 사실과 다른 세금계산서가 되어 부가가치세법상 가산세26) 등의 적용을 받게 되므로 쟁점 공급시기 특례조항이 사문화되는 것은 아니다.

5. 대상판결에 대한 평가와 전망

대상판결은 쟁점 공급시기 특례조항의 요건을 구비하지 않은 선발행 세금계산서의 경우에, 후발행 세금계산서에 대하여 매입세액 공제를 허용하는 쟁점 과세기간 예외조항이 적용되지 않음에도 불구하고, 쟁점 일반 예외조항에 의하여 매입세액이 공제될 수 있음을 최초로 밝힌 판례로서 의미가 크다.

나아가 쟁점 일반 예외조항에서는 필요적 기재사항의 착오가 있으나 당해 세금계산서의 다른 기재사항으로 거래사실이 확인되면 매입세액 공제가 허용된다고 규정하고 있는데, 대상판결은 쟁점 일반 예외조항의 요건으로 기재된 착오 기재의 의미를 열거적인 성격으로 파악하면서, 선발행 세금계산서의 매입세액 공제를 받기 위한 적극적 요건으로 공급시기 전에 발급된 세금계산서라고 하더라도 발급일이 속하는 과세기간 내에 공급시기가 도래하여야 한다는 점과, 소극적 요건으로 사업자가 부가가치세를 부담하지 아니한 채 매입세액을 조기에 환급받을 의도로 공급시기 전에 미리 세금계산서를 발급받는 등의 특별한 사정이 없어야 한다는 점을 제시하였다는 점에서 쟁점 일반 예외조항의 적용 기준을 설정한 것으로 의의가 있다. 대상판결의 이러한 판시는 쟁점 과세기간 예외조항과 쟁점 공급시기 특례조항과의 관계를 고려하여 두 조항의 적용 대상이 되지 않는 선발행 세금계산서에 대하여 일정한 요건과 제한을 설정하여 매입세액 공제를 허용한 것으로서 그러한 제한이 없는 두 개별 조항의 별도의 독자성과 존재의의를 인정하였다고도 볼 수 있다. 이는 명의위장거래에 있어서 공급받는 자의 매입세액 공제를 허용하면서도 그 공제를 받기 위해서는 선의와 무과실의 요건을 갖추어야 한다는 종전 대법원의 판례와도 일맥 상통하는 측면이 있다.

대상판결의 판시는 일반적인 조세법률주의상의 엄격해석의 원칙과는 다소 차이가 있으나, 어느 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지만 세금계산서가 가지는 상호검증 등의 기능을 방해하지 않고 조세탈루의 목적이나 의도가 없다면 매입세액을 공제하지 않는 불이익을 주지 않는 것이 바람직하다는 차원에서 쟁점 일반 예외조항의 적용범위를 넓게 보면서도 조세회피 의도의 부재와 동일 공급기간의 제한을 설정하여 조세회피 가능성을 차단하였다는 점에서도 주목되는 판결이다. 대상판결의 논거와 결론에 찬동한다. 

- 각주 -

1) 이하에서는 위 구 부가가치세법의 규정을 중심으로 논의하되 그 이전‧이후의 부가가치세법규정을 언급하는 경우 별도로 그 개정시기와 개정법률을 특정하기로 한다.
2) 다만 수입되는 재화에 대하여는 부가가치세법 제16조제5항에 의하여 세관장이 수입세금계산서를 교부한다.
3) 부가가치세법 제16조제1항제1 내지 4호.
4) 부가가치세법 제16조제1항제5호, 부가가치세법 시행령 제53조제1항제1 내지 7호.
5) 부가가치세법 제17조제2항제2호.
6) 대법원 2009.6.23. 선고 2008두13446 판결 등.
7) 대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결 등.
8) 대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 참조. 위 판례에 따르면 작성 연월일이 실제로 작성‧발급한 날과 다르다고 하여 작성 연월일이 사실과 다른 세금계산서에 되는 것은 아니다.
9) 강성모, “2016년 부가가치세법 판례회고”, 조세법연구 제23-1집, 2017. 4., 299면.
10) 만일 착오 기재의 범위를 폭넓게 인정한다면 그 문언에 의한 매입세액 공제 제한의 의미는 크지 않다고 하겠다.
11) 하태흥, “공급자가 사실과 다른 세금계산서와 명의위장사실에 대한 선의‧무과실의 판단요소”, 대법원 판례해설 제98호, 2014, 56면.
12) 대법원 1988.2.9. 선고 87누964 판결 등.
13) 대법원 1997.3.14. 선고 96다42550 판결 등.
14) 하태흥, 전게논문, 60면.
15) 대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 전원합의체판결.
16) 부가가치세법 제9조제1항, 제2항.
17) 부가가치세법 시행령 제21조, 제22조.
18) 부가가치세법 제9조제3항, 부가가치세법 시행령 제54조제2항, 제3항제1 내지 3호.
19) 부산지방법원 2013.9.26. 2013구합1684 판결.
20) 서울고등법원 2009.1.20. 선고 2008누19316 판결.
21) 부산고등법원 2014.1.24. 선고 2013누20516 판결.
22) 대법원 1990.2.27. 선고 89누7528 판결 등.
23) 대법원 1986.9.9. 선고 86누79 판결, 대법원 1991.4.26. 선고 90누9933 판결, 대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 등.
24) 대법원 1987.9.22. 선고 87누252 판결, 대법원 1989.7.25. 선고 89누749 판결, 대법원 1985.7.9. 선고 85누211 판결 등.
25) 위 판례들에서는 명의위장거래의 매입세액 공제에 대해서는 선의와 무과실을 제한사유로 삼았다고 볼 수 있다.
26) 부가가치세법 제22조제5항제1호, 부가가치세법 시행령 제70조의3제7항.

- 백제흠(白濟欽) 변호사 약력 -


■ 자격취득
‧ 대한민국, 미국 뉴욕주 변호사
‧ 미국 일리노이주 공인회계사

■ 학력
‧ 서울대학교 (법학사, 법학석사, 법학박사)
‧ 연세대학교 (경영학석사)
‧ Harvard Law School (International Tax Program )
‧ NYU School of Law (LL.M. in Taxation)
‧ Columbia Law School(Visiting Researcher)

■ 경력
‧ 육군, 법무관
‧ 서울지방법원,  인천지방법원, 창원지방법원,판사
‧ 국세청 자체평가위원회, 위원
‧ 중부지방국세청 과세전적부심사위원회 및 이의신청심의위원회, 위원
‧ 기획재정부 세제실, 고문변호사
‧ 기획재정부 국세예규심사위원회, 세제발전심의위원회, 위원
‧ 서울지방변호사회 조세연수원, 원장
‧ 김‧장 법률사무소, 변호사


세정신문  

입력 : 2017-07-14 16:45:47

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