연말정산 시즌을 맞아 원천징수의무자인 회사가 근로자로부터 공제신고서를 온라인으로 제출받기 위해서는 근로자의 인적사항과 급여 정보 등을 올해 3월12일까지 국세청 홈택스에 등록해야 한다.

등록해야 하는 근로자의 기초자료들로는 성명, 주민등록번호, 급여(상세항목), 연금보험료(국민연금, 국민연금 외 공적연금), 건강보험료, 고용보험료, 회사에서 일괄징수하는 기부금, 비과세 항목, 감면기간·대상, 기납부한 소득세·지방소득세·농특세 등이다.

연말정산이 자동화된 공무원 및 일부 대기업 근로자는 과거와 같이 연말정산 간소화 자료를 PDF로 내려받아 회사에서 연말정산을 간편하게 할 수 있다.

회사가 연말정산 업무를 세무대리인에게 위임한 경우에는 세무대리인이 회사를 수임납세자로 등록한 후 회사가 위임을 동의해야 세무대리인이 기초자료를 등록할 수 있다.

국세청 관계자는 “회사 또는 세무대리인은 근로자가 ‘편리한 연말정산’을 이용하기 전인 1월 중순 이전에  기초자료를 등록해 줄 것”을 당부했다.

특히 근로자의 개인정보 유출 방지를 위해 회사가 미리 기초자료를 등록한 후 근로자가 공제신고서를 제출할 회사를 확인·선택해야 한다.

또한 근로자 기초자료를 등록한 회사는 근로자가 온라인(On-line)으로 제출한 공제신고서를 활용하여 연말정산을 할 수 있고, 1천 명 이하의 근로자에 대해 홈택스에서 지급명세서를 편리하게 작성할 수 있다.

이와관련, 자체 연말정산 프로그램이 있는 회사도 근로자가 온라인 제출한 공제신고서를 프로그램에 올려 쉽게 지급명세서를 작성할 수 있다.

△연말정산 이후 원천징수의무자가 제출할 서류

원천징수의무자는 18년 2월 급여 등 지급분과 연말정산분에 대해 원천징수한 소득세를 올해  3월 12일까지 금융기관 등에 납부하고 원천징수이행상황신고서를 홈택스로 제출해야 한다.

환급세액이 있는 경우에는 원천징수세액환급신청서를 제출해 환급신청을 하거나 조정환급을 통해 세액을 조정할 수 있다.

또한 원천징수의무자는 원천세 신고서와 함께 17년 귀속 근로소득지급명세서 등을 올해 3월 12일까지 홈택스, 전산매체, 서면으로 원천징수 관할세무서장에게 제출해야 한다.

특히올해부터는 정확한 기부장려금을 확인하기 위해 기부금세액공제를 적용받는 근로자의 기부금명세서를 근로소득지급명세서에 포함하여 홈택스로 제출해야한다.

다만, 의료비지급명세서는 종전과 같이 근로소득지급명세서와 별도로 제출하면 된다.

한편, 근로소득지급명세서를 기한 내 미제출하거나 제출된 지급명세서가 불분명한 경우 그 미제출 금액 또는 불분명한 지급금액의 1%(3개월 이내 지연제출 0.5%)를 가산세로 부담해야 한다. 가산세 한도는 5천만원이며, 중소기업이 아닌 기업은 1억 원까지 납부해야 한다.