국세행정개혁TF 권고대로 비정기 세무조사 대상 선정 및 집행에 대한 심의기능이 외부위원 중심의 납세자보호위원회에 부여된다.
정치적 세무조사 논란이 일 때마다 중심에 섰던 서울지방국세청 조사4국의 인력은 축소된다. 
또한 정부부처, 지자체, 정부출연연구기관이 국세정보를 직접 열람 분석할 수 있도록 지원하기 위해 상반기 중에 '국세통계센터'가 신설된다.
국세청은 31일 세종청사에서 전국세무관서장 등 314명이 참석한 가운데, 2018년도 전국세무관서장회의를 개최해 '국세행정 운영방안'을 확정·발표하고 중점 추진과제의 성공적인 완수를 다짐했다.
국세청은 세무조사 절차의 공정성과 객관성을 제고하고, 사후검증 등 신고검증 절차를 개선하겠다고 밝혔다.
먼저 비정기조사 대상 선정 및 집행의 공정성·객관성을 제고하기 위해 납세자보호위원회에 심의 기능을 부여하고, 위법·부당한 세무조사에 대해서는 위원회 심의로 조사를 중지시키기로 했다.
특히 비정기조사를 주로 실시하는 서울청 조사4국 등의 인력을 축소하고, 비정기조사 비중도 단계적 축소 운영하기로 했다. 총 조사 대비 비정기 조사 비중은 2015년 49%, 2016년 45%, 2017년(잠정) 42% 수준인데 올해 40% 수준으로 줄일 계획이다.
또한 조사대상 선정의 중립성 담보를 위해 외국사례를 감안해 세무조사에 대한 영향력 행사 금지 및 제재방안을 마련키로 했다.
검토되고 있는 것이 미국 내국세입법인데, 미국은 각료급 고위공무원이 국세청 공무원에게 세무조사 실시 또는 중지를 요청할 수 없으며 위반하면 형사처벌(5천불 이하 벌금 또는 5년 이하 징역)하고 있다.
국세청은 적법하고 투명한 교차조사 운영을 위해 사유(요건), 절차(기준), 사후관리 등을 훈령에 명확히 규정키로 했다.
아울러 직원 성과평가 시 조사실적 비중을 축소하고 절차 준수여부, 과세품질 제고 노력도 등 정성평가 비중을 확대하기로 했다.
이같은 세무조사와 관련한 추진방안은 국세행정개혁TF가 29일 권고한 내용이기도 하다.
국세청은 또다른 세무조사로 인식되고 있는 사후검증 등 신고검증 절차를 개선하기로 했다. 이를 위해 사후검증·기획점검 등 명칭을 불문하고 성격에 따라 훈령에 대상과 범위를 명확히 규정하고 절차적 통제도 강화하기로 했다.
대기업 탈세, 역외탈세 등 지능적 탈세에 대해서는 조사역량을 집중할 것임을 다시 한번 강조했다.
대기업·사주일가의 차명재산 운영, 기업자금 유출, 해외현지법인과의 이전가격 조작 등 변칙 탈루행위를 정밀 검증하겠다면서, 특히 대기업 계열 공익법인 탈세혐의를 집중 검증하고 불공정 하도급거래의 탈세 관련성도 철저히 점검할 것임을 밝혔다.
아울러 대재산가의 변칙 증여행위에 대한 유형별 검증을 강화하고, 편법 상속·증여 차단을 위해 일감몰아주기 증여세 회피 및 차명주식도 철저히 검증해 나가기로 했다.
한편으로는 납세자의 권익을 한층 두텁게 보호하기 위해 납세자가 재심청구를 할 수 있는 납세자보호위원회를 본청에 신설하고, 세무조사 기간연장.범위확대 승인여부를 납세자보호담당관이 엄격 심사하는 한편 납세자보호위원회의 심의대상도 확대하기로 했다.
국민 눈높이에 맞춰 국세정보 공개범위를 획기적으로 확대하는 방안도 내놨다. 정책 수립·집행, 의정활동을 위해 관련기관과 국회에서 과세정보 요청 시 적법한 범위 내에서 최대한 제공하기로 했다.
국민적 관심이 크고 국민 실생활에 도움이 되는 창업·고용·공익법인·사업자현황 및 조사실적 관련 국세통계는 공개를 확대하기로 했다.
국민 눈높이에 맞도록 국세정보 제공대상자, 제공범위 등을 획기적으로 확대하는 방안을 단계적으로 시행키로 하고, 우선 1단계로 정부·정부출연연구기관 등이 통계자료를 직접 열람·분석·반출하도록 지원하는 '국세통계센터'를 상반기 중에 세종에 설치할 계획이다.
보안성이 상대적으로 낮은 자료(예: 사업자등록 현황, 휴폐업 자료 등)에 대해서는 온라인 서비스 제공을 추진하고, 수요를 감안해 권역별 국세통계센터를 추가 설치하고 제공대상자도 학계, 일반연구기관까지 확대하는 것을 검토키로 했다.
국세공무원의 청렴성 제고를 위해 일반납세자.시민단체.교수를 '시민감사관'으로 위촉해 청렴도를 상시 모니터링하고, 민원업무를 제외한 모든 업무로 사적관계 신고제를 확대하는 한편, 세무사회 등과 MOU를 체결해 비위방지에 나선다는 계획도 내놨다.
이와 함께 국세청은 2019년 빅데이터 시스템 구축을 계기로, 빅데이터를 활용한 맞춤형 신고안내 등 서비스 품질을 제고하고 조사선정.세원동향.탈세분석 고도화 등을 통해 자발적인 성실납세체계를 정립해 나가기로 했다.
