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국세청이 R&D 비용 세액공제 사전심사한다
조세특례제한법 시행령

투자세액공제율이 상향되는 고용위기지역의 범위가 고용노동부 장관이 지정한 지역으로 규정되며, 해당 지역에 대해서는 세액공제율이 중소기업의 경우 3%에서 10%로, 중견기업은 1~2%에서 5%로 상향되고, 적용기한도 오는 2021년까지 연장된다.

둘 이상의 서로 다른 사업을 영위하고 있는 중견기업에 대한 주요 업종을 판단할 때 중소기업과 동일하게 수입금액이 큰 사업으로 명확히 규정된다.

청년창업중소기업의 범위가 개인의 경우 손익배분율이 가장 크거나 같은 대표자가 창업 당시 15~34세로 명확해지며, 개인사업자에 대한 사후관리 규정이 신설돼 대표자가 창업 후 손익분배비율이 가장 크거나 사업자가 달라지면 일반 창업기업과 같은 감면율이 적용된다.

정부출연금 등으로 지급한 인력개발비는 R&D 비용 세액공제대상에서 제외된다. 콘텐츠 관련 R&D비용에서 콘텐츠·시스템 등 제작에 관련된 활동이 제외되는 반면, 콘텐츠 분야에 사용되는 서체·음원·이미지·창작용SW 등 대여·구입비 등은 세액공제된다.

납세자 부담을 경감시키기 위해 납부불성실가산세율과 동일하게 이자상당가산액도 1일 10만분의 25로 조정된다. 연구개발비 가운데 시스템 개발비 비용으로 △전사적 기업자원 관리설비 △판매시점 정보관리 설비 등 기업의 사업운영·관리·지원 활동과 관련된 시스템을 개발을 위한 위탁비용은 위탁 R&D 비용에서 제외된다.

신성장기술 R&D 비용 세액공제 범위에 견본품과 원재료비 등이 포함되며, 일반 R&D 전담부서 등의 선성장분야 전담 연구인력 인건비도 추가된다.

반면 R&D 비용 세액공제 사후관리가 한층 강화돼, 연구계획서·보고서·연구노트 등을 작성·보관해야 하며, R&D비용 세액공제 신청시 해당 서류를 반드시 제출해야 한다.

신성장동력·원천기술심의위원회가 종전 산업통상자원부에서 기획재정부로 이관되며, 국세청의 R&D비용 세액공제 사전심사제도가 신설된다.

국세청은 일반·신성장 R&D비용과 관련된 사항을 사전에 심의하며, 운영방법은 국세청장이 훈령으로 지정한다.

안전설비 투자세액공제 대상설비에 영유아보육시설 내 간이스프링쿨로 등 ‘소방시설법’상 강화된 설치의무가 소급적용되는 소방시설까지 추가되며, 지역특구 감면한도 계산방법이 새롭게 규정돼 상시근로자 가운데 15~29세인 근로자가 청년상시근로자로 간주된다.

중소기업의 성과공유문화 확산을 위해 경영성과급 세액공제 세부사항이 규정돼,  ‘근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자’가 상시근로자의 범위로 인정된다. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자, 단시간 근로자, 임원, 최대주주 및 총급여 7천만원 이상인 근로자는 제외된다.

세액공제대상 경영성과급은 중소기업과 근로자가 경영목표 설정 및 그 목표 달성에 따른 성과급 지급에 관한 사항을 사전에 서면으로 약정하고 이에 따라 근로자에게 지급하는 성과급만 해당된다.

초연결 네트워크(5G) 투자에 대한 세액공제가 신설돼, 5G 기술이 적용된 ‘전파법 시행령’ 상 기지국 장비 구입비용이 공제대상이 되며, 과세표준신고와 함께 세액공제신청서를 제출하면 된다.

신성장기술 사업화시설에 대한 투자세액공제는 신설기업에 대해서도 적용이 가능해진다.

육아휴직 복귀자에 대한 세액공제가 중소기업은 10%, 중견기업은 5%로 신설된 가운데, 세액공제 대상 인건비 범위가 근로의 대가로 지급하는 비용으로서 퇴직소득과 퇴직급여충당금을 제외한 인건비로 규정된다.

고용증대세제 적용시 국가보훈대상자 우대대상자에 5.18민주화운동 부상자와, 고엽제후유의증 환자로서 장애등급 판정을 받은 자도 포함된다. 중소기업 취업자 소득세 감면대상에도 동일하게 적용된다.

농공단지 입주기업에 대해서도 다른 지역특구 감면제도에 준하는 감면혜택이 부여되며, 소형주택 임대사업자 세액감면시 임대료 연 증가율이 5% 이하라는 감면요건이 신설된다.

위기지역 창업기업에 대한 법인세·소득세가 5년간 100% 감면되는 가운데, 적용규정이 다른 지역특구 감면 제도에 준해서 운영된다.

전자신고 세액공제액이 축소·조정돼, 소득세의 경우 건당 1만원, 법인세 건당 2만원, 부가세 건당 1만원이 적용된다.

낙후지역 등에 창업한 기업을 대상으로 세액감면이 법인세·소득세가 3년간 100%, 이후 2년간 50% 감면되는 가운데, 각종 감면요건이 재설계되고 특히 고용여건에 대한 범위가 새롭게 신설됐다.

연구개발비 가운데 인건비의 범위로 성과급 등은 제외되며, 디자인 관련 R&D 비용의 경우 디자인 전담부서에서 지출된 비용만 세제지원된다.

신성장기술 범위가 확대돼, 11대 분야 157개 기술을 비롯해 △시스템반도체 제조기술 △메모비반도체 제조기술 △5G 스위치 기술 △극한성능 액정섬유 등 제조기술과 함께, 전기차용 초고속·고효율 무선충전 시스템 기술 등과 같은 16개 기술도 포함된다.

기업의 투자활성화를 유도하기 위해 설비투자 가속상각 특례요건이 규정돼, 중견기업의 경우 직전 3개 과세연도 매출액의 평균금액이 3천억원 미만인 기업으로, 사업용 고정자산, 혁신성장 투자자산에 대해 손금산입이 가능하며, 손금산입방법은 기준내용연수의 100의 50을 더하거나 뺀 범위에서 기업이 선택해 신고한 내용연수를 적용한다.


윤형하 기자   windy@taxtimes.co.kr

입력 : 2019-01-07 13:11:13

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