세법을 집행하는 국세청이 무려 10년 동안 '중소기업 특별세액감면' 안내를 잘못해 어떤 납세자는 감면을 받았고 어떤 납세자는 감면신청을 하지 않은 어이없는 일이 벌어졌다.

감사원이 23일 공개한 국세청 본청 기관운영감사 결과보고서에 따르면, 2006년12월30일 소득세법 개정으로 복식부기의무자가 대차대조표 등 서류를 첨부하지 않은 채 종합소득 과세표준을 신고한 경우에는 중소기업 특별세액감면 적용대상이 아닌데, 신고안내 책자에 이같은 내용을 반영하지 않은 실수를 저질렀다.

국세청은 2010년 귀속 신고안내 책자 중 중소기업에 대한 특별세액감면 부분의 감면요건에 ‘조특법에서 정하는 중기업 또는 소기업을 경영하는 사업자가 제조업 등 감면업종을 경영하고 발생한 소득에 대한 일정비율을 소득세에 적용해 계산한 세액상당액을 감면한다’고 기재하고, 같은 중소기업에 대한 특별세액감면 부분의 기타 참고사항에 ‘추계신고 시에도 적용 가능’이라고 기재했다. 복식부기의무자가 종합소득 과세표준을 추계 신고하더라도 중소기업 특별세액감면을 적용받을 수 있는 것으로 오인하게 한 것이다.

심지어 국세청은 2016년 귀속 신고안내 책자를 제대로 발간하기 전까지 10년간 신고안내 책자를 매년 수정·발간하면서도 소득세법 개정내용과 다르게 기술된 ‘중소기업에 대한 특별세액 감면’ 부분을 수정하지 않고 내버려 뒀다.

그 결과 감사원이 2013 사업연도부터 2016 사업연도까지 종합소득을 추계신고한 복식부기의무자 1만1천212명의 신고내역을 분석한 결과, 6천522명은 소득세법에 따라 중소기업 특별세액감면을 신청하지 않은 반면, 4천690명은 감면을 신청해 감면받았다. 이들 중 1천만원 이상 중소기업 특별세액 감면을 받은 복식부기의무자도 1천117명(감면액 248억여원)에 달했다.

게다가 국세청은 지난 2016년 보령세무서의 '종소세 추계신고자 중소기업 특별세액 감면 배재 조세불복 사건'에 대응하면서 관련자료 제출도 못하고 "특별하게 관련세액을 추징한 사례가 없다"고만 소극적으로 대응했다.

결국 조세심판원도 비과세 관행이라며 세금을 취소 결정했다. 

감사원은 2013 사업연도부터 2016 사업연도까지 종합소득을 추계신고한 복식부기의무자 1만1천212명 중 1천117명은 소득세법 등 관련법령과 달리 248억여원에 달하는 중소기업 특별세액감면을 적용받았는데도 조세심판원의 ‘비과세 관행 성립’ 결정으로 추징이 불가능한 반면, 소득세법 등 관련법령을 제대로 준수해 중소기업 특별세액감면을 신청하지 않은 6천522명은 상대적으로 불이익을 받는 과세형평성이 저해되는 결과를 초래했다고 지적했다.

감사원은 이에 대해 신고안내와 세원관리, 심판청구 대응업무를 철저히 하라며 주의 조치를 내렸다.