지방세가 36조원으로 급증하고 있음에도 불구하고 부과 및 체납 관리에 대한 행정자치부의 지도·감독 시스템이 체계적이지 못해 수십억원에 달하는 세금을 누락시킨 것으로 나타났다.

감사원은 지난해 6월부터 9월초까지 총 34명의 감사요원이 고양시 등 14개 기초지자체를 10일간 조사하고 행자부에 대해서도 8월부터 10일간 감사한 결과를 이와 같이 확정한 후 최근 발표했다.

감사원에 따르면, 지방세 부과시 행자부에서 관세청 등 관련 기관의 과세자료 공유 시스템을 구축하지 않아 수입담배 수입·통관한 후 담배소비세를 지자체에 신고하지 않아 약 50억원의 부과금이 누락된 것으로 나타났다.

또한 근로복지공단의 산업재해보상보험료 납부자료에는 ‘종업원할사업소세’ 과세 자료인 종업원 급여 내용이 있으나 이를 활용하지 못해 대부분의 지자체에서 누락해 29개 표본조사한 시에서 385개 업체에 걸쳐 약 20억원이 부과 누락됐다.

지방세 부과 제도의 운영에 있어서도 지목 변경 토지에 대한 취득세 과세표준액 산정 기준이 미흡한 것으로도 나타났다.

정부에서는 토지의 지목변경에 대한 취득세 과세 표준은 지목 변경 전후의 개별공시지가와의 차액을 하도록 하면서, 지목변경 후의 개별공시지가가 결정되지 않은 때에는 건설교통부에서 매년 시달하는 ‘토지가격비준표’를 사용해 산정하고, 공시 후에는 당해연도 표준지의 개별공시지가를 사용하도록 했다.

하지만 많은 지자체에서는 전년도 표준지를 기준으로 해 지가상승분이 반영되지 않았고, 광양시 등에서는 담당자가 임의대로 인접 토지의 개별공시지가를 사용했다.

또 지가산정에 대한 전문성이 없는 세무부서에서 토지의 시가표준액을 산정하면서 고저·형사 등 토지의 변경된 특성을 잘못반영하는 등 시가표준액을 잘못 산정했다.

개인이 신축한 건물의 과세표준을 잘못 적용해 취득세 등 부과가 누락된 경우도 있어 101억여원의 취득세가 과소 징수되고 있었으나 행자부에서는 명확한 과세표준 적용 기준을 시달하지 않고 있었다.

자동차세의 경우엔 자치단체 내 부서끼리도 정보를 공유·관리하지 않아 고양시 등 33개 기초단체에서 약 9억여원의 세금이 누락됐다. 예를 들어 자동차 매매업 등록업무 담당 부서(교통행정과 등)에서 세무부서에 자동차 매매업 폐업 또는 등록 취소 자료를 통보하고 있었지만 세무부서에서는 이를 면허세 부과 관련 자료로만 활용하고 자동차세 감면액 추징 자료로는 미활용되고 있었다.

지방세 감면 요건을 위반한 자에 대한 지방세 미추징도 있었다. 서울 금천구 등 6개 기초자치단체에서 취득세 감면 요건을 위반한 76건의 아파트형 공장에 대해 취득세 등 계 11억여 원을 미징수 했고, 서산시에서는 임대아파트에 대한 취득세 1억여원, 파주시에서는 농지 취득자 98명에 대한 취득세 1억여원이 미징수된 것으로 나타났다.

감사원에서는 이러한 결과에 대해 행자부에 종합적인 방안 마련할 것을 통보했다고 밝혔다.