처분청의 도시관리계획이 변경됨에 따라 건축물 착공시기가 토지 취득일로부터 1년 유예기간을 초과할 경우, 1년을 기준으로 무조건 비과세를 취소할 수 없다는 결정이 나와 '유예기간 내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 않는다'라는 조항에 대한 세밀한 분석이 필요한 것으로 나타났다.

행자부는 최근 심사청구에서 처분청이 부과한 농협 취득 토지에 대해 취득세 등을 취소한다는 결정을 내렸다고 밝혔다.

행자부에 따르면 처분청은 해당 지역 농협이 영농지원센터를 신축하기 위해 취득한 토지에 대해 비과세로 인정했다. 그러나 영농지원센터가 1년 1개월째에 착공되자 "유예기간 내에 정당한 사유없이 고유 업무에 직접 사용하지 않은 것"으로 보아 지방세법 제266조제5항에서 규정하고 있는 조항에 따라 약 4천만원의 취·등록세 등을 부과했다.

1년 1개월되던 때에 착공한 이유는 같은 처분청의 도시관리계획의 변경 때문. 이로 인해 2개월 가량 늦어질 수밖에 없었다는 것이 농협 측의 주장이다. 그러나 처분청은 2개월 가량 늦어진 것은 인정되지만 2003년 8월 22일 설계변경 통고를 받고 바로 다음날 설계변경 및 건축허가를 얻었기 때문에 그 후에는 언제든지 착공이 가능했다는 이유를 들어 농협 측의 의견을 묵살했다.

행자부는 예측하지 못한 처분청의 도시관리계획의 변경 결정으로 취락지구 진입도로에 시설물의 일부가 저촉돼 처분청에 이 사건 진입도로의 선형변경에 대한 의견서 제출이나 의견 반영 여부를 통보받는 과정에서 약 2개월 정도 소요된 점이 인정된다고 봤다.

또 "설계변경 및 건축허가를 바로 받았다고 해도 농협은 공익법인으로서 공정한 공개입찰을 통해서 시공사를 선정할 필요성 있다"고 전제한 뒤 "건축 허가 후 약 1개월이 경과할 무렵 입찰 공고를 하고 시공사를 선정해 공사에 착공한 전체적인 과정이 '1년내 착공하지 못한 정당한 사유'에 해당된다"며 농협의 주장을 인정했다.