은행 대출 담보 목적으로 부동산 소유권이 신탁사에 등기 이전된 경우와 대출 변제가 완료돼 다시 부동산 소유권이 원 소유자에게 등기 이전된 경우라도 이를 형식적인 등기로 보아 소유권 이전에 따른 등록세는 부과되지 않는다. 그러나 이 과정에서 은행 대출 담보시 '우선 수익자'가 해당 은행으로 돼 있다는 것을 근거로 해당 처분청이 등록세를 부과했고 심사 청구에서 이 등록세가 취소된 사례가 최근 발생했다.

A씨는 B은행에서 55억9천만원을 대출받으면서 갖고 있던 아파트 3채를 담보로 하면서 부동산담보신탁계약을 작성했다. 이 계약서에는 위탁자 겸 수익자가 A씨로, 우선수익자가 B은행으로, 수탁자는 C신탁(주)로, 채무자는 D, E, F 씨로 했다.

이 계약을 작성하고 A씨는 소유한 부동산을 2006년 9월에 C신탁(주)에 소유권이전 등기를 했다. 이후 D, E, F씨가 B은행에 대위변제하도록 한 후 아파트 3채를 각각 2006년 10월, 12월, 2007년 1월에 B은행의 동의를 받아 부동산담보신탁계약을 해지하고 다시 그 부동산을 A씨 소유로 이전 등기했다.

그러나 처분청은 신탁계약상 부동산의 '원본 수익자가 A씨와 B은행이 공동으로 돼 있다는 이유로 형식적인 등기에 해당되지 않는다고 보아 약 7천8백여만원의 등록세 등을 부과고지했다. A씨는 지방세법 제128조제1호나목에 나와 있는 원본 수익자가 당연히 A씨만 해당된다며 부과고지에 반발하고 행자부에 심사청구를 했다.

행자부는 이 사건의 소유권이전 등기는 담보를 목적으로 하는 신탁계약을 원인으로 이뤄진 것으로 대출에 대해 모두 변제가 됐다면 B은행의 우선수익자 지위가 상실된다고 봤다.

따라서 신탁이 종료된 경우에는 위탁자인 A씨만이 신탁재산 원본인 이 사건 부동산이 귀속될 수익자라고 봐야 하고 이 과정에서 일어난 소유권이전등기는 지방세법 제128조제1호나목에 나와 있는 등기에 해당된다며 처분청의 부과는 잘못된 것이라고 지적했다.

이 사건이 핵심 법조문인 지방세법 제128조(형식적인 소유권의 취득등기등에 대한 비과세)제1호나목에는 "위탁자만이 신탁재산의 원본의 수익자가 된 신탁재산을 수탁자가 수익자에게 이전할 경우의 재산권 취득의 등기 또는 등록"은 등록세를 비과세 한다로 돼 있다. 다만, "위탁자의 상속인에게 신탁재산을 이전하는 경우에는 이를 상속으로 인한 재산권 취득의 등기 또는 등록으로 보아 등록세를 부과한다"로 규정돼 있다.