관세청은 지난해 자본금 및 설비요건에 따른 경제적 부담 때문에 보세구역의 설영이 어려운 중소기업체를 위해 외국인투자지역 산업단지, 외국인투자기업전용산업단지, 집배송센터 및 유통단지, 기타 외국인투자촉진·수출증대 또는 물류촉진의 효과가 있을 것으로 예상되는 지역을 중앙행정기관의 장, 지방자치단체장의 요청에 의해 종합보세구역으로 지정할 수 있도록 했다.

그러나 종합보세구역 지정을 앞두고 부산을 비롯, 광양만 군산 당진석문공단 등 각 지방자치단체가 이의 지정을 위해 다각적인 노력을 기울이고 있는 것으로 나타났다.

일부 지방자치단체는 종합보세구역을 지정받게 되면 지역경제에 큰 발전이 이루어질 수 있다라는 기대감 등으로 과열현상마저 보여왔다.

따라서 관세청은 입주전망이 희박한 지역까지 요청하는 것을 방지하기 위해 지정기준을 강화하고 구체화했다. 또 종합보세구역으로 지정받고 종합보세기능을 수행하지 않으면 관세청 직권으로 제외시킬 수 있도록 하는 등 지정요건을 강화했다.

그밖에 설영신고를 하지 않은 지역까지 보세구역을 인정하는 모순을 제거하는 등 종합보세구역 지정에 따르는 문제점들이 해소될 것으로 기대하고 있다.