앞으로 법인사업자의 정기조사대상은 전산에 의한 성실도 평가결과와 미조사연도수 등 국세청장이 별도로 정하는 선정기준에 따라 공정하고 객관적으로 선정하게 된다.

이에따라 조사대상자 선정시 국세청 직원들의 자의성이 배제될 전망이다.

국세청은 9일 이같은 내용을 담은 ‘법인세 사무처리규정 개정(안)’을 의견수렴 절차를 거쳐 이달 27일부터는 시행하기로 했다.

개정(안)에 따르면 ‘조사대상 선정’은 지방국세청장(세원분석국장) 또는 세무서장(법인세과장)은 법인의 자율적인 성실신고를 담보하기 위해 ‘국세기본법 제81조의6(세무조사 대상자 선정)제1항’에 따라 정기적으로 조사대상 법인을 선정하도록 했다.

법인 정기조사대상은 전산에 의한 성실도 평가결과와 미조사연도수 등 국세청장이 별도로 정하는 선정기준에 따라 공정하고 객관적으로 선정해야 하며, 종사직원의 자의성을 배제하도록 했다.

지방국세청장 또는 세무서장은 국세기본법, 법인세법, 조세특례제한법 등 세법에서 별도로 규정하는 경우에는 조사대상으로 선정하지 않을 수 있도록 했다.

다만, 객관적인 증빙자료 등에 의해 과소신고한 것이 명백한 경우에는 제외키로 했다.

지방국세청장 또는 세무서장은 법인 조사대상 선정에 있어서 국세기본법 제81조의3 및 제81조의4에 따라 납세자의 권리에 관한 세무공무원의 의무를 준수하도록 했다.

조사대상 선정기준은 정기조사 대상 선정시 연간 수입금액 3,000억원 이상의 법인은 국세기본법 제81조의6 제1항 제2호에 따라 5년 주기 순환조사를 원칙으로 선정하도록 했다.

다만, 연간 수입금액 50억원 미만의 신고성실도 하위그룹 법인은 국세기본법 제81조의6 제1항 제3호에 따라 무작위추출방식에 의한 선정을 병행할 수 있도로 했다.

장기간 세무조사를 받지않아 성실신고 여부 검증이 필요한 일정 규모이상의 법인은 신고성실도 평가결과와 관계없이 국세기본법 시행령 제63조의4에 따라 정기조사 대상으로 선정할 수 있도록 했다.

‘조사대상 선정관할’은 법인 정기조사 대상 선정은 법인의 성격, 사업규모 및 업무량 등을 감안해 국세청장이 별도로 정하는 기준에 따라 지방국세청장 또는 세무서장이 담당도록 했다.

지방국세청장은 세금탈루 규모, 조사의 난이도 등을 고려해 제1항에 따른 선정관할을 변경한 경우, 선정관할 변경내역을 관할 세무서장에게 조속히 통지토록 했다.

‘선정할 법인수’는 법인의 성실신고를 담보하기 위해 매년 적정수준의 법인수를 정기조사 대상으로 선정하도록 했다.

조사대상 선정법인은 지방청별·세무서별로 각 관할지역에 소재하는 법인의 전체 수입금액 규모, 법인수, 조사인력 등을 감안해 합리적이고 균형있게 배분하도록 했다.

‘정기조사 선정법인 전산입력 및 인계’는 지방국세청장(세원분석국장) 및 세무서장(법인세과장)은 정기조사대상법인을 확정한 경우, 지체없이 전산에 조사세목, 조사유형, 조사종류, 선정사유, 조사대상기간 등을 입력하도록 했다.

지방국세청장(세원분석국장) 및 세무서장(법인세과장)은 전산에 입력한 정기조사 대상법인에 대한 세원관리부서 담당자를 조사집행부서 담당자로 변경처리하도록 개선했다.

‘정기조사 대상 선정결과 보고’는 지방국세청장 또는 세무서장은 조사대상 선정 통계 등을 국세청장이 별도로 정한 보고서식에 따라 정기조사 대상 선정 확정일부터 7일 이내에 국세청장 또는 지방국세청장에게 보고하도록 했다.

국세청 관계자는 “법인의 납세관리에 필요한 기본적이고 공통적인 사항과 사무처리절차를 규정해 체계적이고 효율적인 납세관리와 사무처리에 기여하기 위해 일부 개선할 계획”이라면서 “의견수렴을 거쳐 이달 27일부터 시행에 들어가게되고 2015년3월11일까지 효력을 가지게 된다.”고 전했다.