국가전략기술 부처별 지정기준 제각각

과기부 세부 중점기술 18개, 세액공제 배제

박완주 의원 "심의위에 과기부 장관 참여해야"

국가전략기술에 대한 정부 부처별 기준이 달라 세부 중심기술 18개가 세제 혜택에서 소외됐다는 지적이 나왔다.

과학기술정보통신부가 12개 기술분야를 국가전략기술로 지정한 것과 달리 조세특례제한법은 7개 분야만 국가전략기술로 규정했는데, 도심항공교통(UAM) 등 50개 과기부 세부 중점기술 중 18건이 세액공제 대상에서 제외됐다.

13일 박완주 의원에 따르면 과기부는 국가전략기술로 12개 분야를, 조세제한특례법은 7개 분야를 국가전략기술로 규정했다. 세부 중점기술도 과기부는 50개, 기재부는 62개로 차이가 있었다.

기술 대분류 기준 또한 과기부는 첨단바이오, 조특법은 백신과 바이오의약품으로 상이했다. 특히 두 부처의 세부중점기술도 일치하지 않아 도심항공교통(UAM)처럼 세액공제 대상에서 완전히 배제된 기술도 50건 중 18건에 달했다.

또한 과기부의 12대 국가전략기술군인 미래차, 차세대통신, 항공·우주, 로봇 등 일부 분야는 조특법상 ‘신성장·원천기술’군으로 분류돼 10% 낮은 세액공제를 지원받고 있다.

현행 조세특례제한법에 따르면, 국가전략기술R&D는 중소기업 기준 지출액의 40~50%를, 신성장·원천기술R&D는 30~40%까지 세액공제를 지원받을 수 있다. R&D 외에 사업용 설비와 시설에 대해서는 중소기업 기준 국가전략기술 분야 25%, 신성장·원천기술 분야는 올해까지 투자액의 18%까지 임시 세액공제를 지원 중이다.

박완주 의원실이 기재부에서 제출받은 국가전략기술 세제혜택 실적 자료에 따르면, 지난해 국가전략기술 및 신성장·원천기술 분야의 연구·인력개발비 공제액은 소득세 1천57억원, 법인세 3조6천183억원으로 총 3조7천231억원이었으며 사업화 시설투자에 대한 세액공제도 소득세 810억원, 법인세 2조1천187억원으로 2조1천997억원에 달했다.

12대 국가전략기술과 세제 혜택 대상이 불일치하는 원인은 조특법 시행령이 국가전략기술 지정 여부를 기재부 장관과 산자부 장관이 공동으로 운영하는 연구개발세액공제기술심의위원회에서 심의하도록 규정하고 있어서다.

법인이 세제지원을 받으려면 산자부 산하 한국산업기술진흥원에 신청서를 제출해야 하고, 신청한 기술이 국가전략기술에 해당하는지 여부도 진흥원에서 심의하고 있다.

박완주 의원은 “겉표지는 ‘국가전략기술’로 동일하지만 정작 세제 지원대상은 과기부와 기재부가 선정한 기술분야와 세부중점기술의 기준이 달라 합리적인 지원이 이뤄지지 않고 있다”라며 “산업의 기초가 되는 R&D의 국가기술전략 해당 여부를 산업진흥 주무부처인 산자부 산하기관이 심의하는 것은 타당치 못하다”고 지적했다.

이어 “세제지원을 통해 민간투자 촉진이 필요한 R&D분야는 어느 부처보다 과기부가 제일 잘 파악하고 있다”며 “현재 기재부, 산자부 장관으로 공동운영되는 연구개발세액공제기술심의위원회에 과기부 장관도 참여해 국가전략기술에 대한 합리적인 세제 지원 체계가 마련돼야 한다”라고 주장했다.