농어업경영체등록확인서 미제출로 법인세 감면 못받자 행정소송…대법 '감면 합당'

대법 판례 불구 영농법인 2천700여곳 부과제척기간 경과로 국세청 미환급

권익위, 등록확인서는 협력의무 불과…국세청, 의견 수용해 부과처분 취소키로

농어업경영체등록확인서를 제출하지 않아 법인세를 감면받지 못한 2천700여개에 달하는 영농조합법인이 이미 납부한 법인세 약 170억원을 돌려받을 수 있게 됐다.

앞서 대법원은 등록확인서 미제출에 따라 법인세를 부과받은 영농법인이라도 감면이 합당하다는 판결를 내렸으며, 국세청은 대법원 판결에 따라 기존에 추징한 법인세를 직권으로 환급했다.

다만, 국세청은 세법상 부과제척기간이 경과한 경우에는 소송 당사자가 아니면 부과처분을 취소할 수 없다는 이유를 들어 2017년 이전 법인세를 추징한 2천700여개 영농조합법인에 대해서는 환급하지 않았다.

국민권익위원회는 세법상 부과제척기간이 지났더라도 영농조합법인의 식량작물재배업소득에 대한 감면을 적용해 법인세를 환급해 줘야 함을 국세청에 의견표명했다고 21일 밝혔다.

권익위의 의견표명에 따라 법인세를 환급받게 된 A영농조합법인은 2016년과 2017년 귀속분 법인세를 신고하면서 식량작물재배업소득에 대해서 법인세 감면을 적용해 국세청에 신고했다.

국세청은 조세특례제한법 시행령에 따라 농어업경영체등록확인서를 제출해야만 법인세 감면대상에 해당한다고 보고 이를 제출하지 않은 A법인을 대상으로 감면받은 세액을 추징했으며, A법인은 불복 신청을 하지 않고 법인세를 자진납부했다.

반면, 동일한 이유로 법인세를 부과받은 B법인은 이에 불복해 법원에 행정소송을 제기했다.

대법원은 지난해 3월 조세특례제한법 시행령상 농어업경영체등록확인서를 제출하도록 한 규정은 조세특례제한법의 위임을 벗어난 것으로, 농어업경영체등록확인서 제출이 법인세 감면을 위한 필수적인 요건은 아니라고 판결함으로써 B법인이 최종 승소했다.

국세청 또한 대법원 판결에 따라 감면을 적용하지 않고 추징한 법인세를 직권으로 취소하고 환급했으나, 세법상 부과제척기간이 경과한 경우에는 소송 당사자가 아니면 부과처분을 취소할 수 없다는 이유로 2017년 이전 분에 대해서는 환급해 주지 못하고 있었다.

이에 반발한 A법인은 이미 납부한 법인세를 환급해 달라며 국민권익위에 고충민원을 신청했다.

권익위는 A법인과 동일한 내용으로 법인세를 부과받은 조합법인이 더 있을 것으로 보고 국세청의 협조를 받아 전체적인 실태를 파악한 결과, 법인세를 부과받은 영농조합법인이 전국적으로 총 2천700여 곳, 법인세 총액은 약 170억원에 달하는 것으로 나타났다.

권익위는 고충민원 심리를 통해 구(舊)조세특례제한법 제66조에서 영농조합법인을 법인세 면제요건으로 하고 있으며, A법인은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 점, 대법원도 농어업경영체등록확인서 제출은 협력의무에 불과하고 법인세 감면요건에 해당하지 않는다고 판시한 점 등을 종합적으로 고려했다.

이에 따라 비록 세법상 부과제척기간이 지났더라도 A법인에게 법인세 감면을 적용해 환급하고 이와 동일한 내용으로 법인세를 부과받은 나머지 2천700여 영농조합법인의 약 170억원에 대해서도 법인세 감면을 적용해 환급하는 것이 타당하다고 결정했다.

한편, 국세청은 국민권익위의 결정을 받아들여 부과제척기간이 경과한 영농조합법인에 대해서도 조속한 시일 내에 법인세 부과처분을 취소하기로 했다.

또한 지난해 세법개정으로 올해 1월1일 이후 과세연도부터는 농어업경영체정보를 등록해야만 법인세를 감면받을 수 있다는 사실을 영농조합법인들에게 적극 안내할 예정이라고 밝혔다.