납세자가 직접 전자신고시 세액을 공제하거나 환급세액을 가산해주는 제도에 대한 문제점이 제기되고 있어 이에 대한 개선이 요구되고 있다.

국세청은 전자신고 확대를 위해 납세자가 직접 전자신고를 했을 경우 법인세 2만원, 소득세 2만원, 부가가치세 1만원의 세액을 공제해 주거나 환급해주고 있다.

그러나 세금납부 면제자가 전자신고하고 환급금을 받는 경우가 발생되고 있을 뿐만 아니라 미수령 환급금 발생에 따른 우편발송업무 증가 등 관련업무에 대한 비용 및 행정력이 낭비되는 사례가 늘어 문제가 되고 있다.

비록 전자신고 이용확대방안으로 도입된 납부면제제도는 소규모 영세사업자에 대한 세제상 혜택인데도 불구하고 납부할 세액이 없는 납세자들에게까지 환급해주는 것은 분명 중복혜택으로 세액계산제도 및 조세형평성에도 어긋난다는 여론이다.

특히 세무협력단체들이 전자신고를 대행해 주고 회원들이 지급받게 되는 환급금을 회비로 활용할 소지가 많아 전자신고 세액공제제도가 악용될 가능성이 매우 높다는 지적이다.

대다수가 영세사업 규모인 대전廳의 某협회의 경우  전자신고 세액공제를 받을 수 있는 회원이 약 5∼6천여명에 이르고 있다.

따라서 협회에서 부가가치세 1·2기 확정신고를 전산신고로 대행하게 되면 연간 1억여원이상의 환급금을 변칙으로 회비로 활용할 수 있게 되는 사례가 나타날 수 있어 국민들이 낸 세금으로 협회 운영을 하게 되는 등 당초 제도 도입취지에 크게 벗어날 수 있다는 우려도 제기되고 있다.

현재 세무협력단체들이 회원들에 대한  전자신고협회 차원에서 대행할 수 있는 방안을  검토하고 있는 것으로 알려지고 있다.

대전廳 관계자는 "전자신고를 함으로써 행정비용이 크게 감소되고 납세자가 세무서까지 가서 신고하는 시간과 비용도 감소되는 등 이점이 많아 전자세정이 앞으로 국세행정이 나가야 할 방향인 것은 확실하지만 부가가치세 무실적자 및 납부면제자까지 세액공제를 적용하는 것은 분명 문제다"라며 "부가세 무납부사업자에 대해서는 전자신고 세액공제가 적용되지 않도록 개선이 필요하다"고 주장했다.