연결납세제도 도입의 타당성은 제도 도입의 긍정적 요인과 부정적 요인의 평가에 의해 이뤄져야 할 것이다.

우선 이우택 교수는 다음과 같은 이유로 연결납세제도의 도입에 대해 부정적인 의견을 제시하고 있다.

첫째, 연결납세제도의 도입·실행은 경영과 소유를 분리하면서 균형있게 그 책임과 권한관계를 정하고 있는 주식회사제도가 제대로 작동돼야 가능한데 우리 나라의 주식회사는 소유와 경영이 분리돼 있지 않고 사실상 대부분이 가족회사에 불과하다.

둘째, 그룹내 기업간의 지분관계가 명확해야 연결납세제도의 도입·실행이 가능한데 우리 나라 그룹내 기업들은 사실상 지배종속관계를 유지하고 있으면서도 형식적으로는 독립관계에 있는 것처럼 지분율을 축소·왜곡시키고 있으므로 부정적이다.

셋째, 연결납세제도의 도입·실행은 지주회사제도가 발달돼 있어야 가능한데 우리 나라는 지주회사가 발전돼 있지 않다.

넷째, 연결납세제도의 도입·실행은 조세입법과 기업과세관련 행정에 전문성이 필요한데 입법부나 행정부의 전문성이 부족하다.

그러나 이러한 부정적인 견해에 대해 정규언 교수는 다음과 같은 반론을 들었다.

첫째, 소유와 경영이 분리돼 있지 않아도 연결납세제도의 도입이 가능하다. 연결납세제도의 근본적인 취지는 납세자의 입장에서는 기업조직의 형태(예를 들어 단일기업으로 경영하는 경우와 지주회사로 묶은 여러 기업의 기업군으로 경영하는 경우)에 따라 납세의 유·불리를 없게 해 기업조직 형태의 탄력성을 높이자는 것이다. 즉, 조세제도의 중립성을 높여 기업이 경영에 가장 효율적인 조직구조를 조세제도의 제약없이 선택할 수 있도록 하겠다는 것이다. 그리고 정부의 입장에서는 조세회피의 가능성이 있는 관련회사간 거래의 영향을 제거한다는 점에서 연결납세제도의 이점이 있다. 이러한 조세중립성 제고문제나 조세회피의 가능성이 있는 관련회사간 거래의 영향을 제거하는 문제는 소유와 경영의 분리문제와 직접적인 관련성이 없다고 생각된다. 소유와 경영이 분리돼 있지 아니한 경우에도 연결납세제도의 도입으로 인한 조세중립성 제고나 조세회피의 가능성이 있는 관련회사간 거래의 영향을 제거하는 이점은 우리 경제에 도움이 줄 수 있다.

둘째, 우리 나라 기업집단의 상호 지분관계가 명확하지 않아 연결납세제도의 도입이 불가능한 것이 아니라, 오히려 연결납세제도를 도입함으로써 상호 지분관계를 실질에 따라 분명히 할 수 있는 동기가 된다.

연결납세제도는 납세자에게 약간의 제약이 있기는 하지만 그보다도 더 큰 혜택인 기업간 결손금의 이체로 인한 세액감소가 가능한 제도다. 따라서 실질적으로 우리 나라 그룹기업의 종속회사에 대한 지분율이 축소·왜곡돼 있다고 하더라도 그것이 특정납세자가 연결납세제도를 적용받을 수 없는 불이익은 되지만, 연결납세제도의 도입에 제약이 되지 않는다. 오히려 연결납세제도를 도입하는 경우 이 제도를 이용하기 위해 축소·왜곡 표시된 지분율을 정확하게 표시할 수 있는 동기가 될 수 있다.

셋째, 지주회사제도가 발전하지 아니해 연결납세를 도입할 수 없거나, 도입할 필요가 없는 것이 아니라 연결납세제도의 도입으로 지주회사제도가 더 빨리 발전할 수 있다고 생각한다. 우리 나라의 지주회사제도는 '99년에 허용돼 이제 시작단계이다. 따라서 아직 발달되지 아니한 것은 당연한 결과다. 또한 `독점규제및공정거래에관한법률'에 의한 지주회사에는 해당되지 않지만 지분율이 낮은 사업지주회사 형태의 지주회사는 이미 재벌그룹을 중심으로 많이 이용되고 있는 실정이다. 따라서 연결납세제도의 도입으로 지주회사의 발전을 촉진시킬 필요가 있다.

넷째, 연결납세제도의 도입에 필요한 입법부나 행정부의 전문성 부족으로 연결납세제도의 도입·실행이 부정적이라는 주장에 대해서는 약간의 타당성이 있다. 그러나 기업과세체제가 정비돼 있지 않다는 주장이나 기업과세 관련 통칙 예규가 정비돼 있지 않다는 주장, 그리고 입법부나 행정부의 전문성 부족으로 연결납세제도의 도입·실행이 부정적이라는 주장은 지나치다고 생각된다.