입법부나 행정부의 전문성 부족은 연결납세제도를 준비하는 과정에서 보완해야 할 점이지 그로 인해 연결납세제도의 도입을 한동안 원천적으로 불가능하게 만들 요인으로 보기는 어렵다. 연결납세제도의 시행을 위해서는 충분한 논의와 철저한 준비를 해야 한다. 입법부나 행정부의 전문성 부족은 시간을 가지고 준비하는 경우 충분한 대비가 가능한 문제다.

따라서 연결납세제도의 구체적인 도입방안을 검토해 보면,

첫째, 연결납세제도의 유형선택은 연결회계제도를 이용할 수 있는 연결납세형이 더 나을 것으로 판단된다.

둘째, 연결납세대상 子회사의 지분비율은 80%기준을 적용하는 것이 좋을 것으로 생각된다. 추가로 외국 子회사, 비영리법인은 연결납세대상에서 제외하는 것이 좋겠고, 보험회사와 비보험회사의 연결납세는 금지하는 것이 타당할 것이다.

셋째, 연결납세대상이 되는 기업집단의 연결납세 강제성 여부는 임의선택하도록 하는 것이 타당할 것이다. 그러나 연결납세를 선택한 기업집단의 소속 子회사는 모두 연결납세에 가입하도록 강제하는 방안이 바람직하다고 본다.

넷째, 연결납세액을 집단내 회사간에 배분하는 문제는 일정한 배부기준(예:개별소득 비례기준, 개별세액 비례기준, 증가세액 배부기준, 기타 국세청장의 승인을 받은 방법)을 제시하고 그 중 하나를 선택하도록 규정하고, 각 사가 실제로 부담한 세액이 신고한 배부기준에 따라 계산한 금액과 차이가 있는 경우 그 차액을 자본출자(母회사 초과부담 경우) 또는 배당(子회사 초과부담 경우)으로 처리하도록 하는 것이 좋다고 판단된다.

다섯째, 연결납세적용의 계속성 여부는 연결대상 구성회사의 개별적인 탈퇴를 금지하고, 연결납세를 선택한 그룹의 연결정지 및 취소에 대해서도 엄격하게 규제할 필요가 있다고 생각한다. 회계처리기준의 선택은 업종별·자산별·사업장별로 상이한 회계처리기준의 적용을 인정하는 것이 타당할 것이다. 그러나 선택한 회계처리 방법은 정당한 사유가 없는 한 계속적으로 적용하도록 해야 할 것이다.

여섯째, 상계처리되는 결손금의 범위는 연결납세신고전 개별기업에서 발생한 결손금은 원칙적으로 연결후 연결납세 소득에서 상계할 수 없도록 해야 할 것이나, 합병시 허용하는 피합병법인의 이월결손금 승계 공제제도와 같이 특정한 이월결손금은 연결후 당해 회사에서 발생된 과세소득의 범위내에서 상계를 허용하는 것이 합리적이라고 판단된다.

연결전 개별신고연도에 발생한 손실로서 연결이후에 실현된 손실은 연결신고이후 당해 회사에서 발생된 과세소득의 범위내에서만 제한적으로 상계 또는 비용공제를 허용하는 방법을 도입할 필요가 있다고 생각한다.

합병 및 분할 등 기업집단 구성회사의 조직변경이 이뤄진 경우 및 지분양수·도를 통한 대주주 지분의 변동이 있는 경우 결손금의 상계범위를 제한하는 것이 타당할 것이다.

연결납세신고를 하고 있는 기업집단의 구성회사가 연결납세신고에서 임의적으로 탈퇴하는 것은 조세회피를 방지하기 위해 허용하지 않는 것이 좋다고 판단된다. 그러나 지분율의 감소 등 불가피한 사유로 탈퇴하는 경우에는 기업집단에 남아있는 연결이월결손금 중 이탈하는 구성회사에 귀속되는 결손금만큼은 동 구성회사에 배부, 이체시키는 것이 타당하다고 판단된다.

연결납세제도는 시행상의 어려움이 있기는 하겠지만, 시행상의 어려움보다 더 많은 장점을 가지고 있는 제도라고 판단된다. 따라서 그 시행가능성에 대해서는 긍정적으로 판단되며, 구체적인 도입방안의 모색과 도입·실행에 필요한 사항의 준비에 대해 더 많은 연구가 있어야 할 것이다.