'98.12.31 법인세법시행령 개정시 그동안 명시적인 규정이 없어 적용상 혼란이 있었던 불공정합병·불균등증자 또는 불균등감자 등 자본거래를 통한 이익의 분여행위에 대한 부당행위계산 부인방법을 명확히 함으로써 동일거래에 대한 개인주주의 증여세 과세와 형평을 유지하게 됨.

1. 자본거래의 부당행위계산 유형

○다음과 같은 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우 부당행위계산의 유형에 해당됨.
①불공정합병:특수관계자인 법인간의 합병(분할합병 포함)에 있어서 주식 등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우
②불균등증자:법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나(포기한 신주가 증권거래법 제2조제3항의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외), 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우
③불균등감자:법인의 감자에 있어서 주주 등의 소유주식 등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주 등의 주식 등을 소각하는 경우(법인세법시행령 제88조제1항제8호)

2 . 불공정 합병

○특수관계자인 법인간의 합병(분할합병을 포함)에 있어서 주식을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병함으로써 합병당사법인(합병·피합병법인)의 법인주주가 특수관계있는 다른 주주에게 이익을 분여한 경우 부당행위계산의 유형에 해당됨.(법인세법시행령 제88조제1항제8호가목)

(1)적용대상
□ 특수관계자인 법인간의 합병
○법인세법시행령 제87조의 특수관계있는 법인간의 합병에 대하여 적용
-특수관계에 있는 법인의 판정 기준:합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 개시일*부터 합병등기일까지의 기간에 의함.(법인세법시행령 제88조제2항)
  *) 그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말함.

□ 불공정한 비율에 의한 합병
○상속세및증여세법시행령 제28조제3항 내지 제7항에 의하여 판정함.

다음 ①에서 ②를 차감한 가액이
①의 가액의 30%이상 차이가 있는 경우→(①-②/① 30%)
불공정 비율에 의한 합병에 해당함.(상속세및증여세법시행령 제28조제3항)

①합병후 신설·존속하는 법인의 1주당 평가액
②주가가 과대평가된 합병당사법인의 1주당 평가가액×(주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병전 주식수/주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병후 주식수)

※상속세및증여세법상 불공정합병에 의한 증여의제
①-②×해당주주의 합병후 주식수에 상당하는 금액이 3억원이상인 경우('99.12.31이전에 합병등기하는 경우 1억원이상)
위 비율이 30%에 미달하는 경우에도 합병시 증여의제로 보나 법인세법상 부당행위계산의 부인은 30%의 요건만 적용함.

＊합병후 신설·존속하는 법인의 1주당 평가액(상속세및증여세법시행령 제28조제5항)

1. 2000.1.1이후 합병후 신설 또는 존속법인이 주권상장법인·협회등록법인인 경우:상속세및증여세법 제63조제1항제1호가목 및 나목의 규정에 의하여 평가한 가액*에 의함.

* 평가한 가액:합병등기일 이전·이후 각 2월간의 증권거래소 최종시세가액의 평균액

2. 그 이외의 법인의 경우:주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병 직전 주식가액과 주가가 과소평가된 합병당사법인의 합병 직전 주식가액의 합계액을 합병후 신설 또는 존속하는 법인의 주식수로 나눈가액으로 함.

＊주가가 과대평가된 합병당사법인의 1주당 평가가액
＊합병당사법인의 합병 직전 주식가액

-상속세및증여세법 제63조의 규정에 의하여 평가한 가액에 의하되,

1. 주권상장법인과 협회등록법인의 경우:동법 제63조제1항제1호다목(비상장주식 평가방법)에 의하여 평가한 ①-②의 차액이 가목 및 나목의 평가방법에 의한 평가가액의 차액보다 적은 경우는 같은호 다목의 방법에 의하여 평가할 수 있음.(상속세및증여세법시행령 제28조제6항)
2. 합병등기일까지 계속하여 3년이상 부동산업(비거주용 건축물 자영건설업을 제외) 또는 소비성서비스업 외의 사업을 영위하는 내국법인간에 상속세및증여세법 제28조제7항 각 호의 요건을 갖추어 2000.12.31이전에 합병하는 경우:증권거래법 제190조의2 및 시행령 제84조의7의 규정에 의한 가액에 의할 수 있음.

→증권거래법 제190조의2(합병 등), 시행령 제84조의7(합병의 요건·절차 등), 시행규칙 제36조의12(합병가액의 산정방법)

3. 분할합병을 위하여 분할하는 법인의 분할 사업부문에 대한 합병직전 주식가액은 다음 산식에 의함.
분할법인의 분할직전 주식가액×분할사업부문의 순자산가액/분할법인의 순자산가액

합병 피합병법인의 주주 : 특수관계자에 해당되어야 함.

이익을 분여하는 주주와 그 상대방 주주가 합병등기일 현재 법인세법시행령 제87조의 규정에 의한 특수관계에 해당되어야 함.
→합병당사법인의 특수관계 여부 판정시기와 다름.

(2)부당행위계산 부인금액의 계산
○이익분여액=(①-②)×특수관계자인 주주의 합병후 주식수×이익을 분여한 당해 법인의 합병전 지분율
①합병후 신설·존속하는 법인의 1주당 평가액
②주가가 과대평가된 합병당사법인의 1주당 평가가액×(주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병전 주식수/주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병후 주식수)
→상속세및증여세법시행령 제28조제4항의 규정을 준용하여 계산함.

(3)부당행위계산의 부인금액의 소득처분 등
①이익을 분여한 법인주주:익금산입·소득처분
-분여한 이익액을 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고 이익을 분여받은 특수관계자에게 소득처분함.
→익금산입 금액의 귀속자에게 상속세및증여세법에 의한 증여세가 과세되는 금액은 `기타사외유출'로 처분함.(시행령 제106조제1항제3호자목)
②이익을 분여받은 주주
-법인주주:분여받은 이익을 익금산입하고 주식의 가액에 가산함.
  →그 분여받은 이익을 법인세법시행령 제11조제9호에 의거 익금산입하되 이익을 분여받은 주주가 피합병법인의 법인주주인 경우:합병신주의 취득가액을 종전의 장부가액에 분여받은 이익을 가산한 가액으로 함.(법인세법시행령 제72조제1항제4호)
  →이익을 분여받은 주주가 합병법인의 법인주주인 경우:보유주식의 취득가액을 그만큼 증가시킴.(시행령 제72조제4항제3호)
-개인주주:상속세및증여세법의 규정에 따라 증여세가 과세됨.

(4)'98.12.31이전 불공정합병의 처리
○주주간에 특수관계가 있는 경우:부당행위부인 적용 아니함.
-합병법인·피합병법인에 출자한 법인의 합병계약 승인행위에 대하여는 구 법인세법시행령('98.12.31 개정전) 제46조제2항의 부당행위계산 부인의 규정이 적용되지 아니함.(재경부 법인 46012-14, '98.1.26)
○주주간에 특수관계가 없는 경우:익금산입·기부금 적용 아니함.
-합병법인과 피합병법인의 주식을 상속세및증여세법에 의한 평가액과 달리 평가한 가액 비율로 합병함으로써 합병 및 피합병법인의 주주인 법인 A에게 피합병법인의 다른 주주인 법인(A법인과 특수관계가 없음)으로부터 이익이 분여된 것이 있는 경우, 그 이익분여에 대하여는 법인세법시행령('98.12.31 개정전) 제12조제1항제6호 및 제40조제1항제1호의 규정을 적용 아니함.(재경부 법인 46012-69, '99.5.14)

3. 불균등 증자

법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나(포기한 신주가 증권거래법 제2 조제3 항의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외), 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우 부당행위계산의 유형에 해당됨.(법인세법시행령 제8 8 제1 항제8 호나목)

가. 증자시 발생한 실권주를 다시 배정하는 경우

(1)신주인수가액이 시가에 미달하는 경우
□ 적용대상
○법인주주가 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기함으로써 발생한 실권주를 특수관계있는 주주가 재배정 받은 경우 실권한 법인주주가 실권주를 배정받은 특수관계있는 주주에게 이익을 분여한 것으로 봄.
＊특수관계 여부는 법인세법시행령 제87조의 규정에 의하며 실권주를 증권거래법 제2조제3항의 유가증권의 모집방법으로 배정하는 경우 부당행위계산의 부인 적용을 제외함.
□ 부당행위계산의 부인금액 계산
○실권주를 배정받은 각 특수관계 주주에 대하여 상속세및증여세법시행령 제29조제2항의 규정을 준용하여 계산한 금액의 총합계액을 실권한 법인이 분여한 이익으로 보아 부당행위계산 부인의 규정을 적용함.
◇각 주주별 이익의 분여액=(①-②)×③
①{(증자전의 1주당 평가가액×증자전의 발행주식 총수)+(신주 1주당 인수가액×증자에 의하여 증가한 주식수)}/(증자전의 발행주식 총수+증자에 의하여 증가한 주식수)
②신주 1주당 인수가액
③균등한 조건에 의하여 배정받을 신주수를 초과하여 배정받은 신주수×특수관계있는 법인주주의 실권 주식수/총 실권 주식수
□ 부당행위계산의 부인금액 처분 등
①이익을 분여한 법인주주(실권한 법인주주):익금산입, 소득처분
-분여한 이익액을 주금납입일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고 이익을 분여받은 특수관계자에게 소득처분함.
＊이 경우 익금에 산입한 금액의 귀속자에게 상속세및증여세법에 의한 증여세가 과세되는 금액은 `기타사외유출'로 함.(법인세법시행령 제106조제1항제3호자목)
②이익을 분여받은 주주
-법인주주:그 분여받은 이익을 익금에 산입하고(법인세법시행령 제11조제9호), 신주의 취득가액에 포함함.(법인세법시행규칙 제37조제1항)→익금산입·주식가액에 가산
-개인주주:상속세및증여세법의 규정에 따라 증여세가 과세됨.

(2)신주인수가액이 시가를 초과하는 경우
□ 적용대상
○특수관계에 있는 주주가 포기한 실권주를 법인주주가 재배정 받은 경우:실권주를 배정받은 법인주주가 실권한 특수관계있는 주주에게 이익을 분여한 것으로 봄.
＊특수관계 여부는 법인세법시행령 제87조의 규정에 의함.
□ 부당행위계산의 부인금액 계산
○특수관계에 있는 각 실권주주에 대하여 상속세및증여세법시행령 제31조의4제1항의 제1호의 규정을 준용하여 계산한 금액의 총합계액을 실권주를 배정받은 법인주주가 분여한 이익으로 보아 부당행위계산 부인의 규정을 적용함.
◇각 주주별 이익의 분여액=(①-②)×③
①신주 1주당 인수가액
②{(증자전의 1주당 평가가액×증자전의 발행주식 총수)+(신주 1주당 인수가액×증자에 의하여 증가한 주식수)}/(증자전의 발행주식 총수+증자에 의하여 증가한 주식수)
③신주 인수를 포기한 주주의 실권주수×특수관계있는 법인주주가 인수한 실권주수/총 실권 주식수
□ 부당행위계산의 부인금액의 처분 등
①이익을 분여한 법인주주(실권주 인수법인):익금산입, 소득처분
-분여한 이익액을 주금납입일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고 이익을 분여받은 특수관계자에게 소득처분함.
→익금에 산입한 금액의 귀속자에게 상속세및증여세법에 의한 증여세가 과세되는 금액은 `기타사외유출'로 함.(법인세법시행령 제106조제1항제3호자목)
-인수법인의 실권주 취득가액은 그 인수가액과 기타 부대비용이므로 위 분여이익을 취득가액에서 차감하지 아니함.

②이익을 분여받은 주주
-법인주주:그 분여받은 이익을 익금에 산입하고(법인세법시행령 제11조제9호), 보유주식의 취득가액에 포함함.(법인세법시행규칙 제37조제1항)→익금산입·주식가액에 가산
-개인주주:상속세및증여세법의 규정에 따라 증여세가 과세됨.

나. 실권주를 재배정하지 않는 경우
(1)신주인수가액이 시가에 미달하는 경우
□ 적용대상
○다음의 1·2의 요건을 모두 충족한 경우에 적용함.
→실권한 법인주주가 신주를 인수한 주주에게 이익을 분여한 것으로 봄.
1. 법인주주가 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하고 특수관계있는 주주는 증자에 참여하여 신주를 인수한 경우
＊특수관계 여부는 법인세법시행령 제87조의 규정에 의함.
2. 아래 ①에서 ②를 차감한 가액이 ①의 가액의 30%이상 차이가 있는(①-②/①≥30%) 경우(상속세및증여세법시행령 제29조제3항)
①{(증자전의 1주당 평가가액×증자전의 발행주식 총수)+(신주 1주당 인수가액×증자전의 비율대로 균등하게 증자한 경우의 증가 주식수)}/(증자전의 발행주식 총수+증자전의 지분비율대로 균등하게 증자한 경우의 증가 주식수)
②신주 1주당 인수가액
-상속세및증여세법시행령에서는 (①-②)×실권주식수에 상당하는 금액이 1억원이상인 경우(비율이 30%에 미달하는 경우에도 증여의제에 해당):법인세법상 부당행위계산의 부인에 있어서는 30%의 요건만 적용함.

□ 부당행위계산의 부인금액 계산
○실권주를 인수한 각 특수관계 주주에 대하여 상속세및증여세법시행령 제29조제3항의 규정을 준용하여 계산한 금액의 총합계액을 실권한 법인이 분여한 이익으로 보아 부당행위계산 부인의 규정을 적용함.
○각 주주별 이익의 분여액:(①-②)×실권주수
-실권주수(상속세및증여세법시행령 제29조제3항제3호)
→실권주 총수×증자후 신주인수자의 지분비율×신주인수자와 특수관계에 있는 법인주주의 실권주수/실권주 총수

□ 부당행위계산의 부인금액의 처분 등
①이익을 분여한 법인주주(실권한 법인주주):익금산입, 소득처분
-분여한 이익액을 주금납입일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고 이익을 분여받은 특수관계자에게 소득처분함.
→익금에 산입한 금액의 귀속자에게 상속세및증여세법에 의한 증여세가 과세되는 금액은 `기타사외유출'로 함.(법인세법시행령 제106조제1항제3호자목)
②이익을 분여받은 주주
-법인주주:그 분여받은 이익을 익금에 산입하고(법인세법시행령 제11조제9호), 신주의 취득가액에 포함함.(법인세법시행규칙 제37조제1항)→분여받은 이익을 익금에 산입하고 주식의 가액에 가산함.
-개인주주:상속세및증여세법의 규정에 따라 증여세가 과세됨.

(2)신주인수가액이 시가를 초과하는 경우
□ 적용대상
○다음의 1·2의 요건을 모두 충족한 경우에 적용함.
→신주를 인수한 법인주주가 실권한 특수관계있는 주주에게 이익을 분여한 것으로 봄.
1. 특수관계에 있는 주주는 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하고, 법인주주가 증자에 참여하여 신주를 인수한 경우
＊특수관계는 법인세법시행령 제87조의 규정에 의함.
2. 아래 ①에서 ②를 차감한 가액이 ②의 가액의 30%이상 차이가 있는(①-②/②≥30%) 경우(상속세및증여세법시행령 제31조의4제1항제2호)
①신주 1주당 인수가액
②{(증자전의 1주당 평가가액×증자전의 발행주식 총수)+(신주 1주당 인수가액×증자에 의하여 증가한 주식수)}/(증자전의 발행주식 총수+증자에 의하여 증가한 주식수)
-상속세및증여세법시행령 제31조의4제1항제2호의 산식에 의하여 계산한 금액이 1억원이상인 경우(비율이 30%에 미달하는 경우에도 증여의제에 해당):법인세법상 부당행위계산의 부인에 있어서는 30%의 요건만 적용함.

□ 부당행위계산의 부인금액 계산
○특수관계에 있는 각 실권주주에 대하여 상속세및증여세법시행령 제31조의4제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액의 총합계액을 실권주를 인수한 법인주주가 분여한 이익으로 보아 부당행위계산 부인의 규정을 적용함.
○각 주주별 이익의 분여액:(①-②)×신주인수를 포기한 주주의 실권주수×신주인수를 포기한 주주와 특수관계있는 법인주주가 인수한 신주수/증자전 비율대로 균등하게 증자한 경우의 증자주식 총수

□ 부당행위계산의 부인금액의 처분 등
①이익을 분여한 법인주주(실권주 인수법인)
-분여한 이익액을 주금납입일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고 이익을 분여받은 특수관계자에게 소득처분함.
→익금산입한 금액의 귀속자에게 상속세및증여세법에 의한 증여세가 과세되는 금액은 `기타사외유출'로 함.→증여세 우선 과세(법인세법시행령 제106조제1항제3호자목)
＊인수법인의 실권주 취득가액은 그 인수가액과 기타 부대비용으로 하므로 위 분여이익을 취득가액에서 차감하지 아니함.
②이익을 분여받은 주주
-법인주주:그 분여받은 이익을 익금산입하고(법인세법시행령 제11조제9호), 보유주식의 취득가액에 포함함.(법인세법시행규칙 제37조제1항)→익금산입, 주식의 가액에 가산함.
-개인주주:상속세및증여세법의 규정에 따라 증여세가 과세됨.

다. 신주를 제3자 등에게 직접 배정한 경우
(1)신주인수가액이 시가에 미달하는 경우
□ 적용대상
○법인주주와 특수관계있는 제3자가 신주를직접 배정받거나 특수관계있는 주주가 지분율을 초과하여 직접 배정받은 경우
→법인주주가 신주를 직접 배정받은 특수관계있는 제3자 등에게 이익을 분여한 것으로 봄.

□ 부당행위계산의 부인금액 계산
○신주를 직접 배정받은 각 특수관계 주주에 대하여 상속세및증여세법시행령 제31조의4제1항제3호의 규정을 준용하여 계산한 금액*의 총합계액을 법인주주가 분여한 이익으로 보아 부당행위계산 부인의 규정을 적용함.

*) 계산한 금액:같은법시행령 제29조제2항의 규정에 의하여 계산한 금액
◇각 주주별 이익의 분여액=(①-②)×③
①{(증자전의 1주당 평가가액×증자전의 발행주식 총수)+(신주 1주당 인수가액×증자에 의하여 증가한 주식수)}/(증자전의 발행주식 총수+증자에 의하여 증가한 주식수)
②신주 1주당 인수가액
③기존주주가 아니면서 직접 배정받거나 균등한 조건에 의하여 배정받을 신주수를 초과하여 배정받은 신주수

□ 부당행위계산의 부인금액의 처분 등
①이익을 분여한 법인주주:익금산입, 소득처분
-분여한 이익액을 주금납입일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고 이익을 분여받은 특수관계자에게 소득처분함.
→익금산입한 금액의 귀속자에게 상속세및증여세법에 의한 증여세가 과세되는 금액은 `기타사외유출'로 함.-증여세 우선 과세(법인세법시행령 제106조제1항제3호자목)
②이익을 분여받은 주주
-법인주주:그 분여받은 이익을 익금에 산입하고(법인세법시행령 제11조제9호), 신주의 취득가액에 포함함.(법인세법시행규칙 제37조제1항)
→익금산입·주식가액에 가산
-개인주주:상속세및증여세법의 규정에 따라 증여세가 과세됨.

(2)신주인수가액이 시가를 초과하는 경우
□ 적용대상
○특수관계자가 주주로 있는 법인의 증자시 제3자인 법인이 신주를 직접 배정받거나 법인주주가 지분율을 초과하여 배정받은 경우:신주를 직접 배정받거나 지분율을 초과하여 배정받은 법인주주가 특수관계있는 기존주주에게 이익을 분여한 것으로 봄.
□ 부당행위계산의 부인금액 계산
○특수관계에 있는 각 기존주주에 대하여 상속세및증여세법시행령 제31조의4제1항의제4호의 규정을 준용하여 계산한 금액의 총합계액을 기존주주가 아니면서 신주를 직접 배당받거나 지분율을 초과하여 배정받은  법인주주가 분여한 이익으로 보아 부당행위계산 부인의 규정을 적용함.
◇각 주주별 이익의 분여액=(①-②)×③
①신주 1주당 인수가액

②{(증자전의 1주당 평가가액×증자전의 발행주식 총수)+(신주 1주당 인수가액×증자에 의하여 증가한 주식수)}/(증자전의 발행주식 총수+증자에 의하여 증가한 주식수)
③신주를 배정받지 아니하거나 균등한 조건에 의하여 배정받을 신주수에 미달되게 신주를 배정받은 주주의 배정받지 아니하거나 그 미달되게 배정받은 부분의 신주수×신주를 배정받지 아니하거나 미달되게 배정받은 주주와 특수관계있는 법인주주가 인수한 신주수/주주가 아닌 자에게 배정된 신주 및 당해 법인의 주주가 균등한 조건에 의하여 배정받을 신주수를 초과하여 인수한 신주의 총수

□ 부당행위계산의 부인금액의 처분 등
①이익을 분여한 법인주주(신주를 직접 배정받은 A법인)
-분여한 이익액을 주금납입일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고 이익을 분여받은 특수관계자에게 소득처분함.
→익금산입한 금액의 귀속자에게 상속세및증여세법에 의한 증여세가 과세되는 금액은 `기타사외유출'로 함.-증여세 우선 과세(법인세법시행령 제106조제1항제3호자목)
＊직접 배정받은 A법인의 신주 취득가액은 그 인수가액과 기타 부대비용으로 하므로 위 분여이익을 취득가액에서 차감하지 아니함.

②이익을 분여받은 주주
-법인주주:그 분여받은 이익을 익금에 산입하고(법인세법시행령 제11조제9호), 보유주식의 취득가액에 포함함.(법인세법시행규칙 제37조제1항)
→익금산입, 주식가액에 가산
-개인주주:상속세및증여세법의 규정에 따라 증여세가 과세됨.

라. '98.12.31이전 불균등 증자의 처리
(1)신주인수가액이 시가를 초과하는 경우:부당행위계산의 부인규정 적용
○법인이 기존주주가 포기한 신주인수권을 인수하여 다른 법인의 유상증자에 참여함에 있어서 당해 주식의 시가가 발행가액에 미달함으로써 특수관계에 있는 기존주주에게 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 부당행위계산 부인의 규정이 적용됨.(법인 46012-1595, '98.6.17)
○기존주주가 아닌 법인이 주식의 시가가 증자가액보다 낮은 다른 법인의 유상증자에 참여함으로써 특수관계있는 기존주주에게 이익을 분여하였다고 인정되는 경우에는 부당행위계산 부인의 규정을 적용함.(법인 46012-3182, '94.11.25)

(2)신주인수가액이 시가에 미달하는 경우
□ 신주 인수를 포기한 주주:신주인수권의 무상양도에 해당하는 경우만 부당행위부인 적용
○신주인수권 포기행위에 대하여는 법인세법시행령 제46조제2항의 부당행위계산 부인규정이 적용되지 아니함.(재무부 법인 46012-217, '93.12.27)
○신주인수권을 특수관계자에게 무상으로 양도함으로써 법인의 소득에 대한 조세를 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 부당행위계산 부인의 규정을 적용함.(법인 46012-3479, '94.12.20)

□ 실권주를 재배정 받은 주주:신주인수권을 무상취득한 경우 익금산입
○유상증자시 기존주주가 신주인수를 포기함에 따라 발생한 실권주를 증자법인의 이사회 결의에 의하여 증자법인으로부터 배정받은 경우 납입금액과 시가와의 차이로 생긴 경제적이익은 익금에 산입하지 아니함.
○기존주주로부터 신주인수권을 무상으로 교부받아 증자에 참여한 경우 당해 신주인수권의 가액은 법인세법시행령 제12조제1항제6호의 `무상으로 받은 자산의 가액'에 해당함.(법인 46012-3479, '94.12.20)

※묵시적 합의에 의한 신주인수권 무상 양도·수
-신주인수권을 포기한 것과 추가로 배정받은 것이 상법상 절차에 따른 신주인수권 양수·도가 아니라 하더라도 특수관계자간의 묵시적 합의에 의한 실질적인 신주인수권의 무상 양도에 해당하는 경우 신주인수권 가액을 무상으로 받은 것으로 봄.(대법원 98두14303 판결, 2000.2.11 선고)

4. 불균등 감자

법인이 감자를 함에 있어서 소유주식 비율에 의하지 아니하고 일부 주주의 주식만을 소각함으로써 법인주주가 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우 부당행위계산의 유형에 해당됨.(법인세법시행령 제8 8 조제1 항제8 호다목)

(1)일반적인 감자
□ 적용대상
○다음의 1·2의 요건을 모두 충족한 경우에 적용함.
→주식을 소각한 법인주주가 소각하지 아니한 특수관계있는 주주에게 이익을 분여한 것으로 봄.
1. 법인주주의 주식은 그 소유주식 비율을 초과하여 소각되고 특수관계에 있는 다른 주주의 주식은 소유주식 비율에 미달하게 소각된 경우
2. 다음 ①에서 ②를 차감한 가액이 ①의 가액의 30%이상 차이가 있는(①-②/①≥30%) 경우(상속세및증여세법시행령 제29조제4항)
①감자한 주식 1주당 평가액
②주식소각시 지급한 1주당 금액
-상속세및증여세법은 시행령 제29조제4항의 산식에 의하여 계산한 금액이 1억원이상인 경우(비율이 30%에 미달하는 경우에도 증여의제에 해당) 법인세법상 부당행위계산의 부인은 30%의 요건만 적용함.

□ 부당행위계산의 부인금액 계산
○주식을 소각당하지 아니한 각 특수관계 주주에 대하여 상속세및증여세법시행령 제29조제4항의 규정을 준용하여 계산한 금액의총합계액을 주식을 소각당한 법인주주가 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산 부인의 규정을 적용함.
◇각 주주별 이익의 분여액:(①-②)×③
①감자한 주식 1주당 평가액
②주식소각시 지급한 1주당 금액
③감자주식수×특수관계있는 주주의 감자후 지분비율×특수관계있는 법인주주의 감자주식수/총 감자 주식수

□ 부당행위계산의 부인금액의 처분 등
①이익을 분여한 법인주주(주식소각):익금산입, 소득처분
-분여한 이익액을 감자를 위한 주주총회 결의일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고 이익을 분여받은 특수관계자에게 소득처분함.
→익금산입한 금액의 귀속자에게 상속세및증여세법에 의한 증여세가 과세되는 금액은 `기타사외유출'로 함.-증여세 우선 과세(법인세법시행령 제106조제1항제3호자목)

②이익을 분여받은 주주
-법인주주:그 분여받은 이익을 익금에 산입하고(법인세법시행령 제11조제9호), 보유주식의 장부가액에 가산함.(법인세법시행규칙 제37조제1항)
→익금산입, 주식가액에 가산
-개인주주:상속세및증여세법의 규정에 따라 증여세가 과세됨.

(2)자기주식의 소각:익금·손금 불산입
○자기주식을 취득하여 소각함으로써 생긴 손익은 각 사업연도 소득금액계산상 익금 또는 손금에 산입하지 아니하나 매각함으로써 생긴 매각차손익은 익금 또는 손금으로 함. 다만, 고가매입 또는 저가양도액은 예외로 함.(법인세법 기본통칙 2-2-14…19)

(3)'98.12.31이전 불균등 감자의 처리
○법인이 자본을 감소함에 있어 동일 종류의 주식을 소유주식에 비례하여 소각하지 아니하고, 법인소유지분만 소각하기로 당해 법인 주주가 주주총회에서 동의함으로써 특수관계에 있는 다른 주주에게 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 부당행위계산 부인의 규정을 적용