각 사업연도에 특수관계자와의 거래가 있는 법인은 각 사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액의 신고와 함께 그 거래내역을 툭수관계자간의 거래명세서를 작성하여 제출하여야 하며(법인세법시행령 제90조), 결합재무제표 작성회사는 기업집단 손익계산서 등의 서류를 각 사업연도 종료일로부터 6월이내에 제출하여야 함.

1. 제출대상 법인 및 제출서류 등

가. 특수관계자간 거래명세서 제출대상 법인
○각 사업연도에 법인세법시행령 제87조에서 규정하는 특수관계자와 거래가 있는 모든 법인
□ 제출대상 거래
1. 매출·매입거래:자산·용역·금전대부 등의 거래
2. 자본거래:증자·감자, 합병·분할 등의 자본거래
-제출서식:법인세법시행규칙 별지 제52호
-제출기한:각 사업연도에 대한 법인세 과세표준 신고시
□ 제출제외 대상 거래
1. 결합재무제표 작성회사가 납세지관할 세무서장에게 제출하여야 하는 명세서에 포함된 거래
2. 국제조세조정에관한법률 제11조의 규정에 의하여 납세지관할 세무서장에게 제출한 국제거래

나. 결합재무제표 제출대상 법인
○주식회사의외부회계감사에관한법률에 의한 결합재무제표 작성회사
□ 제출서류
1. 기업집단 결합대차대조표
2. 기업집단 결합손익계산서
3. 내부거래상계명세서(시행규칙 별지 제53호 서식)
＊계열회사간 거래의 법인별·유형별 총액을 기재
4. 기업회계기준을 준용하여 작성한 계열회사 상호간 다음 각 호의 거래현황 등에 관한 명세서
(1)자금대차관계 현황
(2)매출·매입거래 현황
(3)고정자산 매매거래 내역
(4)손익거래에 관한 명세서
(5)자본의 증자·감자를 한 계열회사의 주식 등의 변동 내역
  →증권선물위원회에 제출한 감사보고서 및 부속명세서에 위 내역이 기재된 경우 그 서류로 제출
○제출기한:각 사업연도 종료일로부터 6월내
＊'99사업연도의 경우 7월내 제출
□ 미제출시 가산세 부과
○위 제출서류 중 `1~3'을 제출하지 아니하는 경우
-결합재무제표 작성회사의 산출세액의 2%와 수입금액의 8/100,000 중 큰 금액

2 . 특수관계자간 거래명세서 등의 활용

가. 전산입력·분석:누적관리
○`특수관계자간 거래명세서' 및 결합재무제표 작성회사의 `내부거래상계명세서'는 전산입력한 후 계열법인간 상호 대사하여 부당거래 혐의가 있는 경우 서면분석 및 조사자료로 활용

나. 보정 요구
○제출된 특수관계자간 거래명세서 등의 내용을 확인하기 위하여 필요한 때에는 그 거래에 관한 시가의 산정 및 계산근거, 개별법인간의 거래내역 등 구체적 내용을 서면으로 보정요구할 수 있음.