중앙관세분석소는 지난 '61.10월 재무부 감정분석소에서부터 출발했으나 '63.12월 부산세관 감정국 분석과로 통합됐다.

이어 '80.6.14에는 관세청 소속 독립분석기관으로 분리돼 현재의 관세중앙분석소로 신설됐으며 현재의 중앙관세분석소라는 명칭은 '96.7월부터 사용하게 된다.
'80년 분석소 신설당시에는 부산세관 청사에서 1과 4분석관에 22명의 인원으로 출발했으나 현재에는 구 관세청 청사로 이전, 1분석관이 축소된 1과 3분석관의 조직과 30명의 인원으로 운영되고 있다.

세관 분석실은 현재 서울·부산·인천·김포세관 등에 설치돼 있으며 대구세관은 납세심사과에 간이분석실을 설치해 운영하고 있다.

특히 화공·물리직렬의 전문 분석직 공무원은 중앙관세분석소의 22명을 포함해 전국세관 분석실 등에 80명이 배치돼 있다.
이들은 주로 세관 분석실에서 분석업무를 담당하고 있으나 일부 공무원은 수출입물품 통관담당부서에서 신속통관 지원과 불법 및 부정수입물품 적출업무를 담당하고 있다.