1. 세법의 이해 부족으로 인한 조세저항

주주의 분류는 경제적으로는 대주주 소주주 투자주주 투기주주 기업가주주로 분류되고, 법률적으로는 보통주주 우선주주 혼합주주 상환주주 의결권없는 주주 등으로 분류된다. 과점주주라는 용어는 국세와 지방세에서 제2차 납세의무를 지우기 위하여 사용하고 있으며 지방세  중 취득세를 과세하면서 사용하고 있다.

취득세는 경제적인 측면에서는 유통세이고 법률적인 측면에서는 행위세에 속한다. 과점주주에 대한 과세는 거래행위에 대한 과세도 아니고 유통에 대한 과세도 아니다. 주식거래의 유통이 이루어져도 과세하지 아니한다. 51%이상의 주식을 보유하는 과점주주가 됨으로써 취득세를 과세하고 있어 대부분의 납세의무자들은 과점주주에 대한 취득세 과세제도를 이해하지 못하고 있으며 지방세 업무를 담당하고 있는 세무공무원도 경력이 일천하거나 취득세 업무를 담당하지 아니한 때에는 과점주주에 대한 취득세 과세제도를 이해하지 못하고 있다.

과점주주에 대한 취득세 과세는 경우에 따라서는 수천만원에서 억대가 넘는 거액의 세금이 과세되어 과점주주 제도를 이해하지 못한 주주들로부터 거센 조세저항을 받고 있다.

2. 단서 조항 해석의 문제점

지방세법 제105조제6항의 단서 `이 법 및 기타 법령의 규정에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다' 즉, 과세하지 않는다는 규정이다.
지방세법상 과점주주로서 비과세 감면을 받기 위해서는 주식발행 법인을 기준으로 판단하는 것이 아니라 주식을 취득하는 자를 기준으로 판단하여야 한다.

예를 들면 창업중소기업이 창업일로부터 2년이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 1백%감면받더라도 그 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 되는 경우에는 감면이 되지 않는다.
다른 견해는 기업부설연구소가 취득세 면제대상이면 과점주주에게도 취득세를 과세하지 않는다는 것이다. 만약 이 단서조항이 없다면 법인이 취득한 부동산 등 본래 과세대상물건에는 비과세 내지 감면이 되는 데 반해 과세대상물건을 의제 취득한 것으로 보는 과점주주에게는 과세하는 모순이 발생한다는 주장이다.

또 다른 견해는 과점주주의 납세의무가 성립되는 시점에 당해 법인에서 이미 비과세 감면한 부동산에 대하여는 과점주주에게도 비과세 감면될 수 있다고 해석하고 있다. 이 경우 산업단지에 입주한 법인이 감면받은 부동산만을 소유하고 있다면 이 법인의 과점주주에게는 영원히 취득세를 과세할 수 없다. 이와 같이 본 단서 규정은 해석상 많은 문제가 있다.

3. 통칙조항 적용상의 문제점

통칙 105-3 제2호 `과점주주의 성립당시 법인이 소유하고 있는 사치성 과세대상물건에 대하여는 중과세율을 적용한 납세의무가 있다'라고 규정하고 있는 바 지방세법시행령 제84조의3('98.12.31 개정전의 것)의 개정으로 `사치성 재산'이라는 용어는 지방세법상 없어진 용어임에도 사치성 과세대상으로 규정하고 있어 적용상의 문제점이 있다.

취득세의 중과세율은 법인의 불건전한 경제활동을 억제하고 비업무용토지의 매각을 촉진하여 사장된 자금의 생산 자본화로 기업 자금운영의 적정화를 도모하는 데 있고, 개인의 경우는 별장 등을 소유하는 경우에 중과세율을 적용하도록 하는 정책적인 세율이다. 법인이 비업무용 토지를 소유하거나 별장 등을 소유하는 경우 법인에게 중과세율을 적용함은 타당하나 과점주주는 과세물건에 대한 소유권이 없음에도 취득으로 간주하는 간주취득을 중과세함은 문제가 있다.