○○클럽은 국내에 체류하는 외국상공인들을 위한 비영리사단법인으로 주 수입원이 회원에 대한 음식물 판매, 수영장 등 시설이용료 및 회비이다. 회원 수입을 부가가치세 면세로 처리해 오던 중 세무당국으로부터 회비수익도 부가가치세 과세대상이라는 이유로 세금을 추징당한 후 소송을 제기하여 패소했다. 그러나 당해 법인은 회비에 포함된 외교관의 회비는 영세율이 적용돼야 한다며 그만큼 환급해줄 것을 요구했다.

이 민원은 어떤 거래가 부가가치세법상 과세인지 면세인지 다투는 재판에서 과세로 판정됐다면 그 과세범위에 포함된 영세율에 대해 발생한 부가가치세 환급금은 당연히 납세자에게 돌려줘야 한다는 것이었다. 이때, 영세율이란 부가가치세 세율이 0%라는 뜻으로 여기서는 외교관면세점인 ○○클럽에 주한 외국대사들이 음식값으로 낸 회비를 말한다.

이에 대해 해당과 의견은 '89.2기부터 '94.1기까지의 과세기간에 대해서는 국세기본법 제26조의2제1항 규정에 의한 부과제척기간이 지났고 재판과정에 영세율 적용부분을 별도로 주장하지 않았으므로 환급이 불가하다는 것이었다. 당연히 당해 법인의 경정청구 접수를 거절했다.

○○클럽 직원은 실의에 빠져 회사로 돌아가던 길에 납세자보호담당관이 있음을 알리는 안내판을 보고 실낱같은 희망을 안고 찾아 왔다.

비록 위 세금이 오래전에 부과된 것이라 사실관계 파악이 어렵다는 생각이 들었지만 민원인의 주장에도 일리가 있는 것같아 여러 가지 자료를 검토하기 시작했다.

마침내 당해 법인이 '85.4.21 구 방산세무서로부터 외화획득 사업자로 지정된 사실을 발견함과 동시에 영세율 첨부서류를 제출하지 않는 경우에도 당해 거래가 영세율 적용대상임이 확인되는 때는 영세율을 적용해야 한다는 예규를 발견했다. 이에 덧붙여 여러 고문변호사의 자문을 구해 다음과 같은 결론을 얻었다.

`쟁송절차가 길어져 대법원 판결이 '99.7.9에 확정됐다. 그 바람에 판결의 효력이 세금을 부과할 수 있는 기간은 지났지만 이런 경우를 방지하기 위해 만들어진 세법상 특례규정에 비춰 당초 세금을 부과할 때 잘못 부과된 영세율 부분을 적극적으로 바로잡아야 한다. 만약 세금부과기간이 지났다 하여 환급을 거절한다면 납세자는 민법상 부당이득금 반환청구소송을 내야 하므로 엄청난 시간적·경제적 낭비를 초래하게 된다'

납세자보호담당관은 이런 의견을 고충처리위원회에서 적극적으로 개진하여 위원들의 시정결정 동의를 받아 부가가치세를 환급받을 수 있게 했다.