2. 비과세 감면부분에 대한 검토
먼저 지방세법 규정을 보면, 법§105조제6항 후단 단서에 `이 법 및 기타 법령의 규정에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다'라고 하고 있다. 따라서 현재까지는 아래 예시와 같이 과점주주 취득세도 일반 취득세와 같이 취득(취득의제)에 대하여 과세하므로 비과세 감면도 일반취득세와 동일하게 취득자(과점주주)와 취득 당시의 과세대상 물건에 따라 적용하여 왔다.
-행정자치부 유권해석(세정13407-197. '99.2.10)
→당해 법인이 아파트형 공장을 취득하여 취득세를 면제받은 후 과점주주가 성립하여도 과점주주에 대한 취득세를 면제받을 수 없다.
-감사원 심사결정(감심제93-21. '93.2.9)
→창업중소기업에서 과점주주가 성립될 때 창업일로부터 2년 이후에 과점주주가 성립하였으므로 과점주주에 대한 취득세를 감면할 수 없다.

그러나 대구고법판례(97구9162, '98.3.26)를 보면 구 지방세법 제110조의3제2항제1호(공장유치지역내 감면)에 의거 취득세를 감면받은 법인이 2년후에 과점주주가 되었을 때 재판부는 취득의제 대상자산이 이미 비과세 또는 감면받았으므로 과점주주에 대해 과세함은 의제과세 본질에 어긋난다는 등의 이유로 과세할 수 없다고 판결하였다.

이와 같이 지방세법상 비과세 감면 규정이 명확하지 않으므로 과세권자와 납세의무자간의 마찰의 소지가 있는가 하면 조세저항으로 이어져 세정의 신뢰성 저하와 행정불신 현상이 일어날 소지가 있으므로 법 또는 시행령에 최대한 상세하고 명확하게 규정해야 할 것이다.

3. 과세자료 수집 불편
현행 지방세법시행령 제85조제2항을 보면 `시장^군수가 법제105조제6항의 규정에 의한 과점주주에 대한 취득세를 부과하기 위하여 관할 세무서장에게 법인세법시행령 제82조제3항의 규정에 의한 법인의 주식이동사항신고자료의 열람을 요청하거나……관할세무서장은……에 응하여야 한다'라고 규정하고 있다.

그러나 일선 부서에서는 현안업무를 처리하다보면 수시로 관할세무서에 자료를 열람하기는 불가능하고 연 1회 열람하거나 법인세무조사시 주식이동상황 명세서를 확인하고 과세하고 있지만 '95년이후부터는 기업의 부담을 덜어주고 경제력을 강화한다는 의미에서 서면조사가 확대되고 있어 자료제출시 조작이 가능하다. 이로 인하여 과세권자 입장에서는 과세지연 및 과세누락이 발생되고 납세자 입장에서는 신고납부 미이행으로 인한 가산세 등을 부담해야 하는 불편이 있다.

그러나 현 지방세법 중 주민세(소득세할 법인세할) 규정 (법§179조의4)을 보면 `정부가 소득세법^법인세법의 규정에 의하여 소득세^법인세를 결정 또는 경정하거나 신고 또는 납부를 받은 때에는 그로부터 1월이내에 납세지를 관할하는 시장^군수에게 대통령령이 정하는 바에 따라 통보하여야 한다'라고 통보를 의무화하도록 규정하고 있다. 따라서 과점주주에 대한 취득세를 보다 더 효율적으로 과세하고 납세자의 불이익을 방지하기 위하여 주식변동상황을 수시로 확인할 수 있도록 주민세와 같이 통보의무 규정을 신설하여 통보를 의무화시키는 방안을 검토해야 할 것이다.