②증자소득공제가 가능한 출자자의 범위와 자금원천 종류
현실적으로 증권시장과 자본시장이 보다 발전할수록 일반 개인투자자보다는 기관투자자의 비중이 더 커지는 것이 선진자본주의 국가의 경향인데, 개인이나 일반법인은 자기의 판단에 따라 주식투자 활동을 하기보다는 투자신탁이나 금융기관 등의 투자전문회사에 자금을 위탁해 투자함이 투자경험이나 정보탐색시간 및 비용 등을 따져봐 더 유리하기 때문이다.

그런데 증자소득공제가 가능한 출자자의 범위를 보면 출자자가 일반 내국법인이면 증자소득공제가 불가능한 반면, 기관투자자법인이거나 기관투자자를 경유한 자금이면 증자소득공제가 가능했었다. 즉 자금의 실제 소유주는 일반 내국법인이라도 기관투자자를 통해 증자에 참여하는 경우라면 자금의 꼬리표가 파악되지 않으므로 기업 경영주 입장에서 모든 자금이 기관투자자를 통한 증자라고 봐 증자소득공제가 가능한 증자금액이 됐던 것이다.

내국법인이 조달한 자기자본금에 대해 증자소득공제를 적용받으려면 기관투자자로부터 증자참여된 자금이라도 지분권을 행사할 수 있는 자금이 아니어야 했다.(특수관계자를 포함한 10%초과 기관투자자 제외)

나. 조세지원 취지 및 내용
'투자소득 공제제도'는 종전의 '증자소득공제제도'를 원용한 것이며 증자소득공제제도는 당해 법인의 과세소득에서 공제받는 제도인 반면, 투자소득공제제도는 당해 법인의 대주주(기타주주 포함)의 종합소득에서 공제받는 제도인 점에 차이가 있다.

투자소득공제제도는 주 5일 근무제도로 인해 중소기업이 입게 될 다음과 같은 자금난을 해소시켜 주되 사업자 본인에게 직접 혜택이 돌아가게 하고자 하는 것이다. 왜냐하면 중소기업의 경우는 실질적으로 사업주 본인의 개인사업인 성격이 강하며 자금조달도 사업주 자신의 자기자본인 경우가 대부분이기 때문이다.

①주 5일 근무제에 따라 예상되는 소비 증가로 인한 저축 감소로 자금조달기회 축소(경기위축에 따른 저축감소 포함)
② 근무시간 단축에 따른 인건비 부담 증가
③ 사업주 자신의 소득감소에 따른 직접금융기회 축소

투자소득공제제도의 내용은 다음과 같다.(신설)

① 중소기업이 내국법인 이외의 자(국가, 지방자치단체, 상호출자법인 등)로부터 직접 자본을 조달받아 증자하는 경우 증가된 자본금액의 일정비율(예:10%)을 일정기간(예:증자가 이뤄지는 당해 과세연도 및 그 다음 과세연도)동안 증자에 참여하는 자의 과세소득(개인:종합소득, 법인:사업소득)에서 공제하도록 한다.

투자소득공제제도는 종전의 증자소득공제제도와 마찬가지로 법인의 차입금 이자는 법인의 손금으로 인정되는 반면, 자기자본은 그 배당금이나 기회비용이 손금으로 인정되지 않는 불공평성을 시정하고자 하는 측면도 있다.

②이때 증자 참여자 중 법인은 외국법인과 기관투자자(특수관계자 지분을 포함한 지분율이 일정한도, 예컨대 10%이하인 경우)로 제한된다. 이는 기관투자자나 외국법인으로 하여금 중소기업으로의 자금유입 촉진동기를 부여해 주고자 하는 것이다.

(3)'외부감사 세액공제' 신설
가. 배경
중소기업의 경영투명성(분식회계문제 등)은 대기업에 가려져 있어 그동안 논의된 적이 적다. 그러나 그 정도는 더 크다고 인식되고 있고 이로 인한 신뢰성 결여는 대외적인 영업이나 자금조달 측면, 기업 이미지 측면에서 어려움이 되고 있다.

'외부감사 세액공제'규정 신설의 배경은 중소기업의 경영 투명성 문제를 국가적인 차원에서 해결해 줘야 한다는 시각을 반영한다. 즉 중소기업은 자체적인 역량으로 이러한 상황을 벗어나기 어려우므로(뿐만 아니라 이러한 상황에서 벗어나고자 하는 동기도 약하다) 일종의 사회간접자본투자로 인식해 중소기업 경영의 인프라를 조성해 줘야 하는 것이다.

나. 세제지원 취지 및 내용
현행 주식회사의외부감사에관한법률에서는 직전 사업연도말의 자산총액이 70억원이상인 주식회사의 경우 외부감사인에 의한 회계감사를 받도록 규정하고 있다. 그러나 직전 사업연도말의 자산 총액이 70억원미만의 중소기업이더라도 자발적으로 감사인으로부터 회계감사를 받고 감사인의 감사보고서상 적정의견이 표명된 경우 그 중소기업에 대해서는 경영 투명성 제고에 대한 인센티브 차원에서 일정한 기준에 의해 산정한 외부감사비용에 상당하는 '외부감사 세액공제'를 허용(실질적인 혜택을 제공하기 위해 최저한세적용을 배제하는 방안도 고려돼야 한다)하는 방안을 고려해볼 수 있을 것이다. 이러한 조세지원은 직전사업연도말의 자산총액이 70억원미만인 중소기업들도 외부감사를 받도록 하는 유인을 제공함으로써 경영의 투명성을 제고할 수 있을 것이다.