과세특례제도의 폐지는 당초 세무능력이 낮은 영세사업자의 납세편의를 도모하기 위해 부가세 시행 당시부터 도입된 제도이나 실제로 영세하지 않은 사업자들이 세부담 축소 등의 목적으로 과세특례자로 위장하기 위해 과표양성화를 기피하는 등 부작용이 많아 제도를 개선하게 된 것이다.

또한 그동안 과세특례자들은 매입세액에 관계없이 매출액만으로 납부세액을 계산하기 때문에 매입세액 공제를 위해 세금계산서를 수취할 필요성이 적은데다 매출액을 노출시키지 않으려고 세금계산서 수취를 기피하는 등 계산서 수수질서 정상화를 저해하는 문제점 등이 지적돼 왔다.

또 지난 '55년 우리 나라에 도입된 이래 45년간 유지되어 오면서 소득세의 주된 과세수단이었던 `표준소득률제도'도 내년부터 폐지된다. 대신 무기장사업자도 사업실상을 반영해 스스로 자기의 소득을 계산해 신고하는 `기준경비율제도'가 도입된다.

이는 지난 '95년 소득세 과세제도가 신고납세제도로 전환되었음에도 기장제도가 확립되지 않아 소득세 행정이 표준소득률을 중심으로 운영돼 옴으로써 자기부과제도인 신고납부제의 도입취지를 살리기 어렵다는 판단에 따른 것이다.

이와 함께 정부는 금년도에 부당이득세와 자산재평가세도 폐지키로 했다. 부당이득세는 '90년이후 가격자율화 추세에 따라 과세대상 품목이 축소되고 과세실적도 거의 없다는 것이 주이유다.  '74년  최고액인  5억원과 '91년 9천만원이 징수된 것이 전부인 데 따른 것.

자산재평가세는 임의적인 재평가로 인해 기업·회계기간간 재무제표의 비교가능성이 저해되고 기업의 실질적인 구조조정 노력을 소홀하게 하는 문제점이 있는 데 따른 것이다.
이밖에 정부는 음성·탈루소득에 대한 과세강화와 함께 불요불급한 비과세·감면을 축소·폐지하고 신규 감면의 확대도 최대한 억제할 계획이다.

정부는 이러한 차원에서 금년말로 일몰시한이 종료되는 55개 조세지원제도의 시한연장 여부 등을 검토하고 있다.

대상은 자본재산업 현장기술인력 소득공제 등 기술인력지원부문에서 2개, 특정설비·생산성향상 투자세액공제 등 투자지원부문에서 7개, 기업분사에 대한 특별부가세 감면 등 구조조정지원 부문에서 12개 등 모두 55개 조세지원제도를 정비할 계획이다.

여기에는 지원목적이 달성되었다고 판단되는 임시투자세액공제와 경제여건 변화로 더 이상 추가지원이 필요없는 중고설비투자세액공제, 유인수단으로서의 역할을 수행하지 못하고 있는 백화점 POS세액공제도 포함된다.

특히 정부는 특정기업이 장기간 조세감면을 받음으로써 조세지원이 기득권화·항구화되지 않도록 조세감면 졸업제도를 도입할 계획이다.
또한 세제지원의 필요성이 있는 경우에도 감면폭이 국제적 수준에 비해 지나치게 높아 경쟁국 등으로부터 유해 조세지원제도로 분류될 소지가 있는 지원제도도 적정수준으로 축소할 방침이다.

그러나 정부는 농특세와 교통세는 단계적으로 본세에 통합한다는 방침을 세워두고 있으나 부처간의 이해관계가 얽혀 진척을 보지 못하고 있으며 연차적으로 폐지를 추진한다는 방침이다.