일선 국세공무원들의 중요한 과세기준으로 이용되고 있는 예규 및 기본통칙 등이 대법원의 판례나 국세심판원의 결정례와 어긋나 납세자의 권리침해 요소로 작용되고 있는 것으로 지적됐다.

실제로 부당해고 손해배상금에 기타소득세가 붙는지의 여부에 대해 국세청 예규와 기본통칙은 손해배상금은 기타소득에 해당돼 소득세를 내야 하는 것으로 규정하고 있으나, 대법원 판례는 기타소득으로 보는 손해배상금은 재산권에 관련된 계약위반에 따른 손해배상금에 국한되는 것으로 근로계약위반에 따른 손해배상금은 기타소득에 해당되지 않는다는 판결을 내리고 있다.

또 사업자등록증의 직권말소시 세금계산서의 발행여부에 대해서도 국세청 예규와 심사청구 결정례는 사업자등록증이 직권말소된 사업자는 사업자등록증을 신청하지 아니한 사업자로 보아 그가 발행한 세금계산서를 허위세금계산서로 간주하고 있다.

그러나 대법원에서는 비록 사업자등록증이 직권말소당했다고 하더라도 그 사업자가 사실상 사업을 계속하고 있으면 그가 발행한 세금계산서를 인정해야 한다고 판결하고 있다.

최근 참여연대 조세개혁팀(팀장·윤종훈 회계사)은 그동안 자체적으로 조사한 이같은 `판례와 어긋난 예규 및 기본통칙의 주요사례' 21가지를 국세청에 전달하고 납세자의 권리침해 방지를 촉구했다.

참여연대는 “예규나 기본통칙은 일선세무서 직원들의 가장 중요한 과세기준으로 이용되고 있는 만큼 주요 판례나 결정에 근거한 개정작업을 서둘러야 할 것”이며, “이는 납세자 권익보호차원에서도 필수적인 작업”이라고 밝혔다.