연결납세제도가 도입돼도 연결납세 혜택을 받을 수 있는 기업은 사업 분할을 통한 구조조정 기업이나 금융지주회사만으로 한정될 것으로 전망된다.

이는 대통령직 인수위가 연결대상회사 기준을 경제협력개발기구(OECD) 주요 회원국 수준보다 크게 높은 100%로 정한다는 방침을 세운 것으로 알려졌기 때문이다.

재정경제부 역시 모기업과 자회사를 단일 과세단위로 간주해 소득을 합산해 과세하는 연결납세제 도입시 기업들의 세금 탈루를 막고, 자유로운 조직 선택을 통한 구조조정 촉진효과를 볼 수 있다는 측면에서 연결기준을 100%로 정한다는 방침을 세운 것으로 알려졌다.

현재 국내 대부분 대기업들의 내부 지분율이 10%를 넘지 않고 있어, 이들 재벌기업들은 연결납세 대상에서 제외되는 반면, 구조조정 기업이나 금융지주회사들이 주로 세금 감면효과를 볼 수 있게될 것으로 예상된다.

연결납세제 도입은 그동안 기업들이 꾸준하게 시행을 요구해 온 사항으로 재경부는 올 9월 정기국회에 상정, 2004년부터 시행할 방침인 것으로 알려지고 있다.

그러나 이 제도가 시행되면 기업이 조직을 자유롭게 선택할 수 있어 구조조정과 지주회사 설립을 촉진하고, 기업의 경영 투명성을 높일 수 있다는 긍정적인 측면이 있는 반면, 내부거래를 통한 손익의 상계로 세수 감소를 초래하고, 결손법인 인수를 통한 조세회피 수단으로 악용되는 등 부정적 소지도 안고 있어 이를 조기에 시행하되 이의 보완 등 충분한 검토후 시행해야 한다고 전문가들은 지적하고 있다.