참여정부는 알다시피 지방분권을 제1과 과제로 출발한 정부이다. 하지만 오히려 다른 정권보다 재정분권이 제대로 안됐다고 본다. 실제로 자료를 보면, 중앙정부 예산으로 편중(167조원 대 78조원)됐고, 의존재원비중의 경우엔  21.8%에서 32.7%로 상승했다. 또한 지방세 비중도 교부세와 국가보조금보다 높았던 것이 2005년을 기점으로 역전됐다. 그럼에도 불구하고 행자부의 평가를 보면, 잘됐다고 평가하고 있다.

또한 행자부는 2006년 2/4분기 현재 재정분권과제 14개 중 11개 과제(78.6%)가 완료됐고 1개 과제가 실행 중이며 가장 핵심적 과제인 '국세와 지방세의 합리적 조정' 외 1개 과제가 정책기획단계에 있다고 한다. 그러나 정작 당사자인 시도지사협의회와 예산정책처에서는 2개만 완료됐고 나머지는 다 부진하다고 평가한다.

이러한 행자부의 수치가 맹점인 사례는 지방교부세 법정률 '단계적 상향' 조정과제의 성과로써 2003년 '지방교부세법' 개정을 통해 지방교부세 법정률은 15%에서 18.3%로 상향조정했다고 밝히고 있는 부분이다.

이것은 2003년 지방양여금이 폐지됨에 따라 당시 총 4조9천억원 중 2.8조원이 지방교부세로 흡수됐고, 18.3%에는 이 금액이 포함돼 있기 때문에 실질적 순증가는 0.5%에 불과한  것을 뻥튀기한 것이다. 또 분권교부세 신설로 18.3%에서 19.13%로 상향조정한 것으로 나와 있지만 이 역시 기존 국고 보조사업재원을 교부세 재원으로 변화시킨 것에 불과하다.

재산세 종합토지세 과표현실화 과제도 완료했다고 하지만, 지방세목이던 재산과세의 일정부분을 종합부동산세로 흡수해 지방세 구조를 더욱 악화시켰는데도 지방분권이 완료됐다고 평가하고 있다. 따라서 행자부는 지방분권에 대한 자체적인 평가를 다시 재평가해야 한다.