비영리 기관이라고 할 수 있는 법인병원과 영리기업 병원과의 세제 적용에 있어 지방세 및 법인세율이 잘못 적용되고 있다는 의견이 제기됐다.

지난달 25일 의료산업경쟁력포럼(공동대표·박용현, 조동성) 주최로 열린 제5기 포럼에서 미래병원 경영컨설팅 정기선 경영고문은 '의료기관의 조세정책 개선방안'에 대한 발제 강연에서 이같이 밝혔다.

정 고문은 의료법인과 비영리법인의 차이점을 "비영리법인의 경우엔 지출 위주이지만, 병원은 영리기업과 같이 의료서비스를 제공하고 수익을 벌어들인다"고 지적하고, "이러한 특성을 인정하지 않고 "비영리법인에 대해 기본적으로 비과세임에도 불구하고 수익사업으로 간주해 영리법인과 차이가 없이 과세하고 있다"라고 말했다.

정 고문은 "지방세의 경우 병원법인이 시행하는 부대사업인 영안실, 일반객 식당, 슈퍼마켓 등의 운영시 이들 사업에 대해 법인의 고유목적사업에 해당하지 않는 것으로 해석해 재산세나 사업소세를 부과하는 것은 불합리하다"고 지적했다.

따라서 그는 "의료법인 등이 병원내에서 운영하는 의료부대사업은 모두 고유목적사업 수행을 위한 의료부대사업으로 간주해야 하며，따라서 사업소세는 비과세돼야 한다"며 "미국의 경우 병원직원을 비롯한 환자 및 보호자, 래원객 등의 편의를 위한 의료부대사업로 봐 70년대부터 비과세 처리하고 있다"고 강조했다.

그는 또한 개인이 의료법인 설립시나 개인병원의 의료법인 전환시 적용되는 등록세가 광역시나 도청소재지의 경우 등록세 0.2%, 교육세 0.05%로 모두 0.25%인데 비해，법인 출연재산의 법인등기시 등록세 1.5%, 교육세 0.3%로 합계 1.8%를 부과하는 점도 지적했다.

정 고문은 "토지개발공사나 복지부는 의료법인 전환을 권장함에도 불구하고 지방세제는 이를 억제하는 정책을 쓰고 있다"며 "개인병원 의료법인 전환시는 등록세 중과를 철폐해야 한다"고 주장했다.

한편 정 고문은 "법인세의 경우 의료법인이 학교법인과 사회복지법인 등에 비해 차별 대우를 받고 있다"고 밝혔다. 정 고문에 따르면 "의료법인병원의 경우 고유목적사업준비금의 50%만 손비로 인정해 나머지 50%에 대해서는 세를 부과하는 반면，학교법인과 사회복지법인 등의 경우에는 준비금 전입액 100%를 손비인정한다"고 지적했다.

특히  정 고문은 "병원들의 경영이 어렵다고 한다면 정부나 매스컴은 '경영 합리화'나 '효율적인 경영을 통해 수익성을 높여 난관을 극복하라고 해놓고 막상 수익성을 높이기 위해 여러 방안을 실행에 옮길 경우 비영리기관이 너무 수익성을 따진다고 비난한다"라고 말했다.

이와 관련，그는 "병원 관련 세제는 병원 육성보다는 세금 징수에 치중한 것으로 보인다"며 "병원이 환자를 진료를 통해 이익을 낼 수 있다는 점에서 다른 비영리 기관과 세제상의 차이를 두고 있다면, 영리기업처럼 수익성 추구를 허용하고 동일하게 과세하든지, 비영리기관으로서의 보다 많은 혜택을 부여해 법인병원의 사회적 기능을 확실히 살려 주던지 둘 중 하나를 선택하게 해달라"라고 주장했다.