국민고충처리위원회는 법원 판결로 권리관계가 확정됐더라도 주된 세목(稅目)이 '당연무효'일 경우 종세목도 당연히 취소돼야 한다는 의견을 표명했다.

고충위는 한 예로 서울 신당동의 한 건물을 낙찰받은 민원인들(425명)이 건물 등기이전 과정에서 취득세와 등록세, 농어촌특별세, 교육세를 이중납부했던 사례를 들었다.

고충위는 "이들은 부당이득 반환 소송을 통해 대법원 확정판결로 취득세와 등록세를 반환받았지만, 2심 소송과정에서 취득·등록세의 종세인 농어촌특별세와 교육세는 강제조정됐다는 이유로 되돌려 받지 못했다며 고충위에 민원을 제기해 왔다"고 밝혔다.

이에 대해 고충위는 "비록 민원인들과 과세관청과의 법률관계가 법원 판결로 확정됐으나 주세목인 취득·등록세의 환부사유가 '당연무효'이기 때문에 여기에 종속적으로 부과된 종세에 대한 하자도 동일하게 존재하는 점"과 "부과처분이 무효일 때 납세자가 환급신청하면 과세 관청은 즉시 반환하는 것이 합당하다는 점" 등을 들어 이들이 납부한 농어촌특별세와 교육세를 환급하도록 해당 기관에 의견 표명했다고 밝혔다.

한편 고충위(국민고충처리위원회)는 행정기관의 위법·부당한 처분이나 잘못된 제도·정책으로 인해 발생하는 민원을 처리하기 위해 설치한 대통령 소속의 합의제 행정기관으로, 위원회가 다루는 민원은 소송 등에 비해 신청요건이 간단하고 비용이 들지 않으며, 처리지연의 소극적인 행정행위까지도 대상으로 한다. 위원회는 고충민원을 시정조치권고, 제도개선권고 또는 의견표명, 합의의 권고, 조정, 이첩·이송 등의 유형으로 처리한다.