법인이 자치단체의 세금 서면조사에 불이행하게 되면 5년 이내에 반드시 1회에 한해서 시도 및 시·군·구청 직원이 팀이 되는 합동세무조사팀으로부터 세무조사를 받게 될 전망이다.

또한 부실 과세한 자치단체는 지방교부세 감액제를 엄격히 적용받아 각 지자체는 세수 확보에 노력을 강화해야 될 것으로 보인다.

행정자치부는 올해 2007년도 지방세 탈루·은닉 세원에 대해 발굴 노력을 더욱 강화하기로 하고, 매 분기별로 자치단체 세무조사 추진실적에 대해 보고를 받기로 했다.

자치단체가 현재 세무 조직·인력의 한계로 인해 국세와는 달리 과세 자료 정비, 탈루·은닉세원 발굴, 실효성 있는 세원관리 등에 매우 어려움을 겪고 있는 것을 감안해 정부에서는 이를 보완하기 위해 지방세 전산 감사·조사 기법에 의한 과학적인 세원관리를 강화하기로 하고, 『지방세 전산 감사·조사기법 편람』을 활용해 세원관리를 지속적으로 시행할 수 있게 지원한다.

그리고 재산세의 경우엔 지적, 건축물, 주민등록, 호적, 부동산등기 정보 등을 활용한 재산세 과세 자료 정비를 추진한다.

법인 세무조사의 경우엔 세무조사 주기는 2년을 원칙으로 하되, 서면조사 불이행 법인 등에 대해서는 반드시 5년 이내 1회 이상 직접 조사를 실시한다. 그러나, 지자체 특성상 세무조사 조직·인력 부족, 전문성 한계 등의 미비한 점에 대해 이를  보완하는 방법으로 시·도 및 시·군·구 합동세무조사팀(T/F) 구성해 운영하기로 했다.

반면, 지방세 종합감사결과 부실하게 과세한 경우엔 자치단체에 대한 지방교부세 감액제를 엄격하게 적용하여 재정 패널티를 부여할 예정이다.

정부는 이를 위해 올해 상반기까지『지방세 전산 감사·조사 편람』을 보완하고 세무조사 개선 방안 마련을 위한 워크샵을 개최한다. 또한 매분기별로 자치단체 세무조사 추진실적에 대해 보고받는 등 보고 체계를 강화하기로 했다.