서울시내에 지점을 내고 부동산을 등기했을 경우 5년 이내에 취득하는 부동산은 등록세 중과 대상이 된다. 따라서 등록세 중과 여부를 결정하는 중요한 요소는 등기시점이 된다. 그러나 세무서의 행정착오로 사업자등록증이 폐기되었다가 다시 사업자 등록증을 냈다면 등기 시점은 어디부터 정해야 할까?

사업자등록이 폐기됨으로 말미암아 같은 장소에서 다시 사업자등록을 내서 사업한 시점이 5년이 되지 않더라도, 실제 사업이 예전 그대로 이어져왔다면 중과세 판단 시점을 처음 개업한 때로 봐야한다는 판결이 나왔다.

행정자치부는 최근 처분청이 ○○청구인에게 부과고지한 등록세 및 지방교육세 1억 8천여만원을 취소하라고 주문했다.

행자부에 따르면 처분청은 청구인이 2002년 10월에 서울 ○○구에 토지를 취득한 것에 대해 대도시내 지점설치 후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기로서 등록세 중과 대상에 해당한다고 보아 중과세율을 적용해 부과고지했다.

그러나 청구인은 “이미 1993년에 사업장 소재지를 같은 장소에 설치하고 사업자등록을 했고, 사업장을 변경하거나 폐지한 사실이 없이 인적물적 시설을 갖추고 영업을 계속하고 있던 것을 강남세무서장이 직권으로 1996년에 사업자등록을 말소했다”며 “청구인에게 귀책사유없이 일방적으로 이뤄진 결정이므로 최초 사업자 등록일인 1993년 3월부터 계속적으로 지점이 존속한 것으로 봐야 하며 따라서 중과는 부당하다”고 주장했다.

행자부는 이 사건의 다툼이 대도시내 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당되는지 여부에 관한 것이라고 보고, 기존 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의해 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 등의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립설치전입 이후의 부동산 등기에 대해 3배로 중과하는 것을 인용했다.
 
행자부는 청구인의 서울지점에 대해, ▲1987년 충남에 사업자 등록을 했고 ▲1993년에 서울에서 개업하여 사업자등록을 하고 ▲1996년 강남세무서장이 폐업했고 ▲2000년 7월에 같은 장소에서 다시 개업하여 사업자등록을 한 것이 증빙자료에 의해 인정된다고 했다.

또한 청구인이 강남세무서장이 사업등록을 청구인의 귀책 사유가 없이 직권말소한 것이므로 서울지점이 계속적으로 존속한 것으로 봐야 한다는 주장에 대해 다음과 같은 사실을 들어 인정했다.

즉 1993년부터 2001년까지 서울지점의 설치 및 운영이 사업자등록, 법인결산보고서, 임차보증금, 전화가입권, 서울지점에서 어음할인료현황, 서울시장이 주민세 및 사업소세 부과, 강남구청장의 사업소세 과세 예고 사실, 서울지점에서 수출관련 문서 등에서의 사업장, 전화번호, 팩스 번호 등 서울지점이 존재하고 있었음을 알 수 있다고 했다.

아울러 “강남세무서장이 청구인이 관할 세무서에 부가가치세 과세표준신고, 갑근세원천징수 보고 등을 본점 사업자등록번호로 신고하여 사업장이 폐지된 것으로 오해한 것으로 보고 2000년에 사업자등록 직권말소는 잘못된 것이다”며 “최초 사업자등록일 1993년부터 계속적으로 지점이 존속한 것으로 보아야 하고, 2000년 사업자등록신청은 변경에 해당한다고 봐야 한다”고 판단했다.

따라서 “처분청이 2000년을 서울지점 설치일로 보아 이로부터 5년 이내에 취득등기한 것으로 판단한 것은 법리해석의 잘못이 있다고 판단한다”며 주문과 같이 결정했다.