다음달 발표될 것으로 보이는 2026년 세법개정안에 어떤 내용이 담길지 조세계가 주목하고 있는 가운데, 세무사계에서는 제22대 국회 후반기 세법 개정 작업 때 주요 이슈인 전자신고세액공제 제도가 어떻게 논의될 지 이목을 집중하고 있다. 

 

전자신고세액공제는 전자신고를 하는 납세자 및 세무대리인에게 전자신고 건당 1만원 또는 5천원을 세액공제 해주는 것으로, 전자신고 의무 수행 등 세정 협력에 들어가는 비용을 일부 보전해 주는 성격이 짙은 제도다.

 

과세당국이 전자신고 제도를 정착시키고 활성화하기 위해 2004년부터 도입한 제도로, 2002년 국세청이 홈택스 서비스를 개통하자 전자세정 인프라 구축이 시급했고, 그 일환으로 이듬해 조세특례제한법 개정 때 전자신고세액공제가 신설돼 2004년 1월 1일부터 시행에 들어갔다.

 

그런데 공제기준금액 ‘1만원 또는 2만원’ 구조가 제도 도입부터 쭉 이어져 오다 올해 2월 50% 축소됐다. 재경부는 지난 2월 주요 세목에 대한 전자신고가 정착됐다는 이유로 소득세와 법인세의 전자신고세액공제 기준금액을 각각 2만원에서 1만원으로, 부가가치세는 1만원에서 5천원으로 50% 축소했다. 양도세는 2만원을 그대로 유지했다.

 

사실 전자신고세액공제 제도가 유지된 지난 22년 동안 3~4차례 정도 변화가 있었다. 제도 도입 초기 ▶공제액 1만원(2만원), 세무대리인 한도 100만원(300만원) 구조에서 ▶1만원(2만원), 200만원(500만원) ▶1만원(2만원) 300만원(800만원) ▶1만원(2만원) 400만원(1000만원)으로 줄곧 혜택을 늘려왔다. 그러다 2019년부터 1만원(2만원) 300만원(750만원)으로 축소됐고, 올해는 그동안 불변이던 기준금액이 5천원(1만원)으로 50% 줄었다.

 

○전자신고세액공제 건별 공제액 및 세무대리인 한도 변천(단위, 만원)

연도별	부가가치세	종합소득세	법인세	세무대리인 한도액
	공제액	공제액	공제액	개인	법인
2004	1	2	2	100	100
2005	1	2	2	100	300
2006	1	2	2	100	300
2007	1	2	2	100	300
2008	1	2	2	200	500
2009	1	2	2	300	800
2012	1	2	2	400	1,000
2019	1	2	2	300	750
2026	0.5	1	1	300	750

 

특히 이 제도는 정부와 세무사 및 납세자의 입장차가 뚜렷하다.

 

홈택스·손택스를 이용한 전자신고가 활성화되면서 정부는 조세지출을 축소할 목적으로 세액공제를 폐지하거나 축소하는 방향으로 추진하고 있는 데 반해, 세무사 등 세무대리인과 소상공인은 조세 행정의 효율성과 신고의 정확성을 높이는 과정에서 발생하는 납세협력비용을 최소한으로 보전하기 위한 제도라며 당연히 ‘축소돼서는 안된다’는 입장이다. 

 

이처럼 제도가 도입된 2004년부터 20년 넘게 2만원 또는 1만원의 세액공제 혜택을 유지해 온 상황에서 정부가 갑자기 50% 축소를 전격 단행하자 반발을 불러올 것은 뻔했다.

 

정부는 50% 축소 배경으로 전자신고 정착을 들었다. 2024년 기준 종합소득세 99.8%, 부가가치세 98.2%, 법인세 99.7% 등 전자신고율이 거의 100%에 육박한다. 법인세는 세액공제 제도를 도입하자마자 96%를 상회했고, 종합소득세는 2012년 전자신고 비율이 90%를 넘어섰으며, 가장 늦은 부가가치세는 2015년 90%를 넘겨 현재는 사실상 안정기에 접어들었다.

 

반면, 세무대리인과 소상공인 측은 현재와 같은 높은 전자신고율은 세무대리인과 소상공인이 시간과 비용을 들인 결과라고 반박한다. 납세자와 세무사가 전산장비와 프로그램, 전담인력 등의 비용을 들이는 등 매년 복잡해지는 세법과 신고체계 개편에도 불구하고 적극 협력해 이룩한 결과인데, 이런 노력을 무시한 채 정부가 행정 효율만 챙기려 한다는 것이다. 또한, 세액공제 축소는 소액일지라도 영세사업자가 체감하는 실질적인 부담 증가로 이어진다고 우려했다.

 

납세자단체 등에서도 세무대리인의 조력을 받기 어려운 영세자영업자가 전자신고 체계에 순응하도록 유도하는 최소한의 정책적 장치라며 기존처럼 계속 유지해야 한다고 촉구하고 있다.

 

한국세무사회를 비롯해 소상공인연합회, 중소기업중앙회, 한국외식업중앙회, 민주노총, 한국노총, 한국납세자연합회 등 자영업자와 중소기업·노동조합·납세자단체까지 나서 ‘50% 축소’에 반대했으나 정부안대로 통과됐다.

 

그러나 이 문제는 다시 국회 논의 테이블에 오를 것으로 보인다. 지난달 재경위 여야 의원이 원상복구 개정안을 발의했기 때문이다.

 

지난달 12일 정태호 의원(더불어민주당)과 박수영 의원(국민의힘)은 ▶전자신고세액공제 명칭을 납세협력비용 세액공제로 변경하고 ▶소득세·법인세 전자신고 세액공제 2만원(영세사업자, 일정금액 추가공제) ▶부가가치세 전자신고 세액공제 1만원(간이과세자, 일정금액 추가공제)으로 각각 상향하는 내용의 조세특례제한법 일부개정안을 공동으로 발의했다.

 

두 의원은 “우리나라의 경우 세계 최고 수준의 전자세정과 최저 수준의 징세비를 자랑하고 있는데 이는 납세자의 세정협력에 따른 부담과 희생으로 이룬 것”이라고 짚었다.

 

그러면서 “유일한 납세협력비용 보전제도라고 할 수 있는 전자신고에 대한 세액공제 금액은 지난 20년간 인건비, 임대료 등 물가상승과 경기불황에도 불구하고 변동이 없어 영세납세자의 부담을 덜어주기 위해 세제 지원을 확대할 필요가 있다는 연구와 개선 의견이 지속적으로 제기되고 있음에도, 정부는 정책목표가 달성됐다는 이유로 일방적으로 전자신고 세액공제액을 대폭 축소했다”고 비판했다.

 

한편, 전자신고세액공제 조세지출 규모는 지난해 2천222억원, 올해 2천305억원(전망치) 수준으로 매년 조금씩 증가하고 있다.