서울행정법원 "신고납부 의무 해태 탓할 수 없는 정당한 사유 존재"

과세관청 구두회신을 토대로 최초에 감면 적용 없이 취득세 신고·납부했다가 이후 경정청구를 거쳐 감면받은 과정에서 부과된 농어촌특별세에 대해 납부지연가산세를 부과하는 것은 부당하다는 법원 판결이 나왔다 .

서울행정법원은 A법인이 서울 중구청장을 대상으로 낸 농어촌특별세 납부지연가산세 부과처분 취소 소송에서 원고 승소판결을 내렸다고 20일 밝혔다

A법인은 B한국지점에서 상법상 법인으로 전환돼 설립하는 과정에서 2018년 1월 서울 중구 C타워 D호 외 30호를 현물출자로 취득했다.

A법인은 과밀억제권역 내 법인 설립에 따른 부동산 취득으로 중과세율을 적용해 산출한 취득세 등 287억5천993만원을 신고·납부했다가 같은 해 3월 취득세 등 7천52만원을 수정신고·납부했다.  A법인은 이에 앞서 2017년 3월 서울특별시 세제과에 이 사건 현물출자에 따른 재산 취득에 감면규정이 적용되는지 질의해 적용대상이 아니라는 구두회신을 받았다. 

이후 행안부의 감면규정에 의한 취득세 면제대상이라는 유권해석에 따라, 2022년 10월 취득세 등 85% 감경을 요구하는 경정청구를 했다.

과세관청은 2022년 12월 취득세 등 283억1천717만원(환급가산금 포함)을 환급하면서, 취득세 감면세액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세 40억1천923만원 및 납부지연가산세 18억6천242만원을 부과·고지했다.

A법인은 서울특별시에 이의신청을 제기했으나 기각되자 조세심판원에 재차 심판청구를 제기했지만 조세심판원마저 이를 기각하면서 법원에 소송을 제기했다.

재판부는 "서울시 세제과의 구두회신이 없었더라면 감면규정을 적용하지 아니한 채 최초 취득세 신고·납부에 이르렀을 것으로 보이지는 않는다"며 신고·납부 의무 해태를 탓할 수 없는 '정당한 사유'가 존재한다고 판단했다. 

또한 감면규정이 적용될 것을 전제로 취득세 감면세액을 과세표준으로 하는 농어촌특별세를 신고·납부하는 것은 상호 모순적인 행위로 납세의무의 이행을 기대하는 것은 무리라며 농어촌특별세 납부지연가산세 18억6천242만원 부과처분을 취소했다.