4개 지역별 구분…10~50% 공제액 상향

지방이전·특구입주기업, 환류액 감면세액 30% 미만시 차액 추징

 

앞으로 지방기업은 수도권 기업보다 국내생산세액공제, R&D비용세액공제, 통합투자세액공제 적용시 공제율을 최대 1.5배 우대 적용한다.

 

재정경제부는 3일 이같은 내용을 담은 2026년 세제개편안을 발표했다.

 

개편안은 지방주도성장 강화를 위해 R&D비용세액공제, 통합투자세액공제, 국내생산세액공제 적용시 기본공제율에 ‘지역별 계수’를 곱한 공제율을 적용해 지방 우대하는 내용이 담겼다.

 

지역별 계수는 인구, 경제·사회여건 등을 고려해 지역을 4개로 구분한다. △수도권(1.0) △비수도권 광역시 등, 수도권 우대지역(1.1) △기타 비수도권, 비수도권 광역시 등 우대지역(1.3) △기타 비수도권 우대지역(1.5)이다. 이에 따라 현행 대비 지역에 따라 10~50% 공제액이 상향된다.

 

정부는 세부 지역을 행안부의 지방우대지수(서울과의 거리, 인구·경제 사회여건 등 고려) 등을 반영해 대통령령에 규정할 방침이다.

 

또한 중소기업 취업자 근로소득세 감면도 지역에 따라 감면율·감면기간을 우대한다. 청년은 현행 5년 90%에서 최대 10년까지 우대기간이 늘어나고, 60세 이상 고령자와 장애인 등은 현행 3년 70%에서 90%까지 공제율을 높인다.

 

근로자가 받는 지방 이주수당에 대해 근로소득세를 비과세한다. 이에 따라 기업이 비수도권으로 이전 또는 사업장 신·증설시 이전사업장의 근로자에게 지급하는 3년간 최대 월 50만원의 이주수당에 대해 근로소득세를 비과세한다.

 

고향사랑기부금 소득세 세액공제를 10~20만원 구간은 기타 비수도권·기타 비수도권 우대지역에 공제율을 현행 40%에서 50%로, 20~2천만원은 비수도권 우대지역 공제율을 15%에서 25%로 각각 올린다.

 

창업중소기업 세액감면을 재설계해 지방 창업에 대해 감면율을 우대한다. 창업중소기업 세액감면은 중소기업 등에 대해 최초 소득발생 과세연도부터 5년간 법인세·소득세 감면하는 제도다. 지역 구분을 현행 수도권(과밀, 일반)·비수도권 3개에서 비수도권을 3개 지역으로 총 5개 지역으로 세분화해 지방창업에 대한 감면율을 상향하고, 점프업(도약) 프로그램 선발 기업 및 청년 신산업 중소기업을 우대한다.

 

 

지방이전 및 특구입주 조세특례 남용 방지를 위해 감면요건 보완, 사후관리·감면한도·최저한세 확대, 지역환류 규정 신설 등을 적용한다.

 

우선 세제지원을 받은 기업의 지역환류 유도를 위해 감면기간 중 환류액이 감면세액(농특세 제외)의 30% 미만인 경우 차액을 추징한다.

 

또한 감면요건에 추계과세시 특례배제 요건을 신설하고 이전 前 3년 이상 계속 사업요건을 확대 적용한다. 또한 수도권 본사·공장 재설치 제한 및 상시근로자 수 유지 요건을 확대 적용하는 등 사후관리도 강화한다. 아울러 투자·고용 연계 감면한도 및 최저한세를 모든 특례에 확대 적용한다.

 

전남광주통합특별시 투자진흥지구 및 문화산업진흥지구에서 창업(사업장 신설 포함)시 소득· 법인세 5년간 100% +2년간 50% 감면하고, 수도권 내 사업용 부동산 양도 후 기회발전특구 내 부동산 대체취득시 양도차익에 대한 소득세·법인세 과세이연 적용기한을 2029년까지 3년 연장한다.

 

이번 세제개편안은 오는 4~20일 입법예고와 차관회의, 국무회의를 거쳐 다음달 3일 정기국회에 제출된다.