세금계산서를 지연해서 교부했지만 어떤 경우는 매입세액공제를 허용하고 있는 반면에 어떤 경우에는 매입세액공제를 배제하고 있어 형평성에 시비가 일고 있다.

예를들어 1월에 해당하는 세금계산서를 6월에 교부받은 경우 매입세액을 공제받을 수 있으나, 공급시기가 6월에 해당하는 세금계산서를 7월에 교부받은 경우 매입세액을 공제받을 수 없다.

현행 부가세법은 세금계산서를 재화나 용역의 공급시기 이후 교부받았을 경우 공급시기가 속하는 과세기간이내에 교부받은 경우가 아니라면 매입세액을 공제받을 수 없다.

다만 재화나 용역의 공급시기 이후 세금계산서를 교부받았으나 공급시기가 속하는 과세기간 이내에 교부받은 경우 가산세는 부담하되 매입세액은 공제받을 수 있다.

재계 관계자는 “세금계산서 지연 교부는 현실적으로 있을 수 있는 과실로 가산세 제도를 통해서 규제해야 하며 매입세액 자체를 불공제하는 것은 과도한 규제이다”면서 “재화나 용역의 공급시기 이후에 과세기간을 달리해 세금계산서를 받았으나 납세자의 고의가 아닌 경우에는 가산세는 부담하되 매입세액은 공제해 주어야 한다”고 주장했다.