개별법으로 규정돼 오던 현행 재개발사업·재건축사업 및 주거환경개선사업이  오는 7월1일부터 도시및주거환경정비법으로 통합되는 과정에서 그동안 개인이냐 법인이냐 논란을 빚었던 재건축조합이 법인으로 규정됨에 따라 앞으로 재건축조합은 법인세법의 적용을 받게 된다.

따라서 현재 재건축조합을 국세기본법의 법인격없는 사단으로 공동사업자인 개인으로 볼 것이냐 법인으로 볼 것이냐를 두고 대법원에 계류 중인 사안과 관계없이 1일부터는 법인으로 적용된다.

국세청은 이른 시일내에 재건축조합에 대한 예규를 마련해 일선에 시달할 방침이다. 국세청은 최근 일부 문제가 있는 부분에 대해 재경부에 의견조회를 했고, 재경부측은 기존 공동사업자인 개인에서 법인으로 전환되기 때문에 법인세법을 적용하는 것뿐이라며 별문제는 없을 것이라고 밝혔다.

이에 따라 재건축조합이 조합원에게 분양하는 경우 비영리사업으로 분류돼 비과세되지만, 일반분양시는 영리사업으로 취급해 과세표준이 1억원이하시 15%를, 1억원초과시 27%의 법인세를 내야 한다.

아울러 지급조서·세금계산서 발행·기장 등을 의무적으로 해야 하고, 대표 및 임원이 회사 자금을 개인으로 유용했을 경우 인정상여로 처분되며, 가산세가 강화된다.

한편 법원은 재건축조합은 법인으로 봐야 한다며, 국세청이 공동사업자로 규정, 개인 조합원들에게 종합소득세와 부가세를 부과한 결정은 잘못이라고 판결(2003.5.1 서울고법 특별 11부 판결)했으며, 국세청이 볼복해 이 사안은 현재 대법원에 계류 중이다.