과다 납부한 세액을 바로잡아 달라는 ‘경정청구’ 기한이 지났더라도 근거과세 원칙상 과세관청이지급명세서상 누락된 필요경비가 인건비 등 실제 필요경비인지를 확인한 후 종합소득세를 결정해야 한다는 국민권익위원회의 판단이 나왔다.

국민권익위원회는 택배업을 운영하는 A씨의 2018년 귀속 종합소득세에 대해 사업소득 지급명세서상 누락된 필요경비가 실제 사업상 경비인지를 확인한 후 종합소득세를 결정할 것을 과세관청에 시정권고했다고 6일 밝혔다.

권익위에 따르면 A씨는 2018년 귀속 종합소득세를 신고했는데 과세관청은 A씨가 2억2천여만원의 매출을 누락했다며 이를 소득으로 합산해 종합소득세 8천여만원을 부과했다.

이에 A씨는 “직원에게 지급한 사업소득지급명세서 금액 중 1억7천여만원을 종합소득세 필요경비에 산입하지 않았다”라며 이를 인정해 달라고 과세관청에 요청했다.

그러나 과세관청은 종합소득세 부과 이후 90일 이내 경비를 인정해 달라는 ‘경정청구’를 하지 않았다며 A씨의 요구를 거부했다.

권익위는 조사 결과, A씨가 과세관청이 종합소득세를 부과하기 전에 필요경비를 이미 신고했고 A씨의 계좌에서 필요경비가 출금된 내역을 확인했다.

또 택배업을 운영하는 A씨가 인건비를 지급해야 하는데도 2018년 손익계산서에 인건비로 계상한 금액이 확인되지 않은 점도 검토했다.

권익위는 A씨가 종합소득세를 부과받고 사정상 90일 이내에 불복청구를 하지 못했으나 국세기본법은 근거과세를 원칙으로 하고 있는 점 등을 종합적으로 고려했다고 밝혔다.