'77년7월1일 도입된 부가가치세가 어느덧 시행 30년에 접어들었으며, 내국세 총액의 36.%를 차지하고, 단일세목으로는 징수실적이 가장 큰 조세로서 우리나라 세제의 근간으로 자리잡고 있다.

그러나 징수실적이 가장 큰 만큼 납세자의 불만과 문제점도 가장 많은 조세로서, 그 중에서도 매입세액불공제는 가장 많은 논란과 불만의 대상이 되고 있다. 부가가치세법 제17조(납부세액)제1항에서 '사업자가 납부해야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 자기의 사업을 위해 사용됐거나 사용될 재화 또는 용역의 공급이나 재화의 수입에 대한 세액을 공제한 금액으로 한다'라고 규정하고 있으므로 우리나라는 '전단계세액공제방식'을 따르고 있다. 그러나 동조 제2항에서 '다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다'라고 규정하고 있다.

제1호:제20조제1항 및 제2항의 규정에 의해 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금게산서합계표의 기재사항 중 거래처등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니했거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(시행령 제60조제1항 생략)

제1호의2:제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 필요적 기재사항(제16조제1항 제1호 내지 제3호)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니했거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(제2호 내지 5호와 시행령 제60조제2항 생략) 필자는 재정경제부의 세제발전심의위원으로 참여했을 때와 조세관련 심포지엄 등에서 기회 있을 때마다 사업자가 실제로 재화나 용역을 제공받고 매입세금계산서를 수취해 정부에 제출한 경우에는 세금계산서의 발행일자가 공급시기가 속한 과세기간과 다르다 하더라도 매입세액을 전액 불공제하는 것은 거래질서를 바로잡기 위한 징벌의 성격으로서는 너무 가혹하고 지나친 것이며, 전단계 매입세액공제방식을 채택하고 있는 우리나라 부가가치세제도에도 어긋나는 것이므로 가산세를 중과하는 것으로 개선돼야 한다고 수차 주장한바 있다. 부가가치세는 모든 경제활동(거래)에 관계되는 조세이기 때문에 거래를 하는 당사자는 세법을 잘 모르는 자가 대부분이며, 지금의 경제상황은 부가가치세가 도입되던 30년 전과는 비교할 수 없을 정도로 규모가 크고 복잡·다양하고, 단일 기업의 경제규모가 우리나라 전체의 재정규모와 비슷한 기업도 있다. 그러므로 당사자간의 거래내용과 계약이 부가가치세법 시행령 제21와 제22조에 열거하고 있는 공급시기와 일치하지 아니해 거래시기에 대한 명확한 판단이 어려운 경우(특히 건설 등의 용역공급시)와 정상적인 거래임에도 불구하고 부가가치세법 제9조의 거래시기에 세금계산서를 수취하지 못하고 과세기간이 경과하는 경우가 허다하다. 이를 경우 부가가치세법 제17조제2항제1의2에서 규정하고 있는 교부받은 세금계산서에 '필요적 기재사항'이 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액에 해당돼 매입세액을 불공제하고 있다. 또한 당해 사업자와는 정상적인 거래를 했음에도 불구하고, 거래상대방인 매입처가 정부의 세무조사 결과 명의위장사업자나 자료상으로 판명됐다 하여 무조건 매입세액을 불공제하고 억울하면 구제절차에서 소명하라는 식의 처분은 사업자 관리책임은 정부에 있음에도 불구하고 납세자에게 책임을 전가하는 처분으로서 납세자는 가장 억울하고 분통터지는 세금으로 생각한다. 사업자가 부가가치세를 지불하고 세금계산서를 수취했으며, 재화나 용역이 사업을 위해 사용된 것이 확인됨에도 불구하고 매입세액을 공제하지 아니하면 전단계(매입)에서 납부한 부가가치세를 공제 받지 못하는 부가가치세제도상의 모순과 매입액의 10%를 공제받지 못함으로 엄청난 사업손실이 발생한다. 현실적으로 과세기간을 달리한 세금계산서에 대해 매입세액공제를 허용할 경우 거래질서가 문란해져 행정상에 혼란이 있을 것은 인정이 간다.

그렇지만 과세기간을 달리한 세금계산서라 하더라도 과세자료 활용이 불가능한 것은 아니므로 행정벌에 해당하는 무거운 가산세를 부과해 거래질서를 바로잡아야 하는 것이지, 납세자가 부담한 세금을 전액 불공제하는 것은 행정편의주의적이고 납세자의 억울함과 손실을 간과한 것이다. 그러므로 부가가치세 도입 30년이 되는 지금 경제환경이 변한 만큼 조세제도와 세무행정도 개선돼야 한다.

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