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둘째는 실질적 변형기준으로서 당해 물품이 2개국이상에 걸쳐 생산·가공 또는 제조된 경우에는 그 물품의 본질적 특성을 부여하기에 충분한 정도의 실질적인 생산·가공 또는 제조과정이 최종적으로 남한 또는 북한에서 수행된 경우이다. 실질적 변형기준 중 부가가치기준과 가공공정기준은 운영되지 않고 현재 HS 6단위 변경기준만이 실질적으로 운영되고 있다. 즉 당해 물품의 생산과정에 사용되는 물품의 관세통계통합품목분류표상 6단위 품목번호와 다른 6단위 품목번호의 물품을 최종적으로 남한이나 북한에서 생산한 경우로 한다.썏썠 다만 품목번호의 변경만으로 제1항제2호의 규정에 의한 본질적 특성을 부여하기에 충분한 정도의 실질적인 생산·가공 또는 제조과정을 거친 것으로 인정하기 곤란하다고 판단돼 관세청장이 추가요건을 지정한 품목과 주요공정·부가가치 등을 고려해 관세청장이 품목별로 원산지 기준을 따로 정한 경우는 예외로 한다.
한편 다음에 해당하는 물품은 남한 또는 북한을 원산지로 인정하지 아니한다. ①제3국에서 생산돼 남한 또는 북한을 단순 경유한 물품 ②남한 또는 북한에서 단순포장, 상표 부착, 물품분류, 절단, 세척 또는 단순한 조립작업만을 거친 물품 ③남한 또는 북한에서 물품의 특성이 변하지 않는 범위안에서 원산지가 다른 물품과의 혼합작업만을 거친 물품 ④남한 또는 북한에서 도축작업만을 거친 쇠고기·돼지고기 등 육류제품 ⑤남한 또는 북한에서 건조, 냉장, 냉동, 제분, 염장, 단순가열(볶거나 굽는 것 포함), 껍질 및 씨 제거작업만을 거친 물품. 이외에도 '남북교역물품의 원산지 확인에 관한 고시' 제5조에 따르면 남한 또는 북한에서 운송 또는 보관에 필요한 작업만을 거친 물품, 기타 남한과 북한이 협의해 정하는 물품에 대해서도 인정하지 아니한다.
1)품목분류와 원산지 규정의 관계를 보면 원산지 규정에도 HS상의 품목분류와 해석통칙 및 주를 원칙적으로 적용하지만 원산지 목적을 위한 품목분류는 HS와 다르므로 논의 중인 WTO 통일 원산지 규정에는 HS에 없는 품목분류도 있으며 이를 '4단위 분할' 또는 '6단위 분할'이라고 부른다. 송현민, 'WTO 통일원산지 협상 동향과 전망', 관세와 무역 2005년 5월호 참조.
