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사립대학의 법적 주체는 학교법인이고, 사립학교법상 학교법인에 의해 설립, 경영하는 학교 자체는 학교법인의 교육시설에 불과하다. 따라서 법적으로 학교법인의 사업체에 불과한 대학은 그 자체로서는 권리의무의 주체가 될 수 없다. 그래서 사립대학은 민법의 권리능력이 없을 뿐만 아니라 민사소송법의 당사자 능력도 없어 소송에서 원고와 피고가 될 자격도 없다. 또한 부동산등기법의 등기능력도 없기 때문에 대학명의로 등기를 할 수 없다. 따라서 사립대학의 건물과 토지는 모두 학교법인의 명의로 돼 등기돼 있고, 사립대학이 원고가 되거나 피고가 되는 경우에도 모두 학교법인 명의로 소송을 수행하게 된다.
한편 학교법인이 소유하는 부동산 중 교육사업에 직접 사용하는 교육용 기본재산으로서 교사시설인 건물과 토지에 대하여는 취득세, 등록세, 재산세, 법인세 등이 비과세된다. 그러나 수익사업의 대상이 되는 학교법인 소유의 건물이나 토지와 그로부터의 수익에 대하여는 취득세, 등록세, 재산세, 법인세 등 각종 세금이 부과된다.
이와 같이 학교법인이 소유하는 부동산에 대해 민사법적 소유 및 소송관계에서는 권리주체로서의 학교법인이 직접 당사자가 돼 그 역할을 하지만, 사립학교법과 세법에서는 교육용 부동산과 수익용 부동산으로 구분해 비과세와 과세로 처리하고 있다.
사립대학의 건물과 토지는 학교법인의 명의로 돼 있기 때문에 이 건물과 토지를 임대하는 행위는 학교법인의 이사장이 할 수 있지만, 간혹 대학의 총장이나 대학의 부속기관장인 의료원장이 구내매점이나 식당 등과 같은 수익사업의 계약을 체결하는 수가 있다. 이 경우에 학교법인 이사장으로부터 대리권을 수여받아 이를 근거로 계약을 체결하면 문제가 없지만, 그렇지 않는 경우에는 민법상 무권대리의 문제가 생긴다. 문제는 사학기관재무·회계규칙 제43조에 의하면 법인의 모든 재산의 관리책임자는 이사장이 된다. 다만 학교에 속하는 교육용 기본재산과 학교용 보통재산의 운용책임자는 학교의 장이 된다고 규정하고 있는데, 이 규정을 근거로 해 대학총장이 대리권을 수여받았다고 할 수 있는지 여부가 문제될 수 있다. '운용'이라는 개념을 임대까지 할 수 있다고 확대해석할 수 없을 것이기 때문에 이사장으로부터 대리권을 수여받아야 할 것이다. 그렇지 않는 경우에는 무권대리 또는 표현대리 문제가 생길 수 있다.
수익사업은 사립대학이 하는 것이 아니라 학교법인이 하는 것이고, 그 법적 책임도 학교법인의 대표기관인 학교법인의 이사장과 이사들이 부담한다. 따라서 수익사업은 권리능력이 있는 학교법인은 할 수 있고, 하나의 산하기관에 지나지 않는 사립대학 명의로는 수익사업을 할 수 없다.
Ⅲ. 학교법인 수익사업의 특징
학교법인의 수익사업은 별도의 수익사업기업에 의한 수익사업과 수익용 기본재산에 의한 수익사업이 있지만, 후자의 경우가 대부분이다. 우리나라 학교법인 중 37개 학교법인을 추출해 분석한 결과, 수익사업의 특징은 다음과 같다.
1. 대부분 학교법인은 교육용 기본재산의 확보율은 높지만, 수익용 기본재산의 확보율은 아주 낮은 실정이다. 실제로 많은 학교법인이 수익용 기본재산을 법령의 기준만큼 확보하지 못하고 있는 실정이다. 또한 학교법인의 수익용 기본재산은 대부분 부동산 즉 건물 또는 토지, 임야이고, 수익사업도 농업, 임업과 같은 1차 산업이나 임대업과 같은 단순영업 이외에는 방법이 없다. 학교법인의 수익사업 수익률은 임야의 경우에는 거의 수익률이 없고, 토지와 주식의 경우도 2%이하이다. 이는 대학설립·운영에관한규정 제7조의 3.5%에도 미치지 못해 문제가 있다.
