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Ⅳ. 학교법인 수익사업에 대한 과세 문제
학교법인이 학교 밖에서 임대빌딩을 이용해 임대업 등의 수익사업을 할 경우에는 문제가 없지만, 학교내에서 학교 교직원이나 학생들을 위한 후생복지시설의 일환으로 만들어져 학내 구성원만이 이용하는 것이 아니라 외부인들도 이용하면서 이용료를 일부 부담하게 될 경우에 문제가 있다. 물론 시설 자체가 학내에 있지만 그 이용객이 대부분 외부인이라든가 이용료가 시중의 가격과 비교해 비슷하다고 한다면 수익사업으로 보는 데에는 문제가 없을 것이다.
사립학교법 제6조제1항은 학교법인은 그가 설치한 사립학교의 교육에 지장이 없는 한 그 수익을 사립학교의 경영에 충당하기 위해 수익을 목적으로 하는 수익사업을 할 수 있다고 규정하고 있다. 학교법인이 수익사업을 할 때에는 사업의 명칭과 그 사무소의 소재지, 사업의 종류, 사업경영에 관한 자본금, 사업경영의 대표자의 성명·주소, 사업의 시기 및 그 기간, 기타 필요한 사항을 공고해야 한다. 이러한 공고는 전국을 보급대상으로 하는 일간신문, 즉 전국 일간지에 해야 하고, 이러한 신문공고를 한 경우에는 그 공고내용을 지체없이 관할청에 보고해야 한다.
또한 현행 세법상으로는 수익사업에 대한 직접적으로 언급하고 있는 정의는 없지만, 법인세법 시행령 제2조와 법인세법 시행규칙 제1조를 참조해 보면 대체로 수익사업이란 그 사업활동이 각 사업연도의 전 기간 또는 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행해지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당 회수에 걸쳐 행해지는 사업 중에서 수익이 발생하는 것이라고 할 수 있다. 그런데 사립학교법상 수익사업의 개념과 세법상 수익사업의 개념은 차이가 있고, 후자가 전자보다 넓은 개념이다. 전자는 학교법인의 운영에 필요한 재원획득에 있다는 점과 이익분배가 구성원에게 되지 아니한다는 특수한 비영리법인이라는 점에 중점이 있지만, 후자는 소득이 있는 곳에 세금이 있다는 실질과세의 원칙에 중점이 있다. 세법상 수익사업의 개념에는 공익법인의설립운영에관한법률에 의한 공익법인, 민법상의 비영리법인, 사립학교법상의 학교법인, 사회복지사업법에 의한 사회복지법인 등에 있어서의 수익사업을 포괄하는 개념이다.
법인세법 제1조제2호 나목에서 학교법인을 비영리법인으로 보고 있고, 각종 세제상의 대우도 비영리법인의 수준에서 규정하고 있다. 그러나 학교법인도 하나의 비영리법인이지만, 이는 사립학교의 특수성에 비춰 그 자주성을 확보하고 공공성을 앙양함으로써 사립학교의 건전한 발달을 도모하기 위해 만들어진 특수법인이다. 따라서 특수법인이면서도 우리나라 교육의 중추기관으로 역할을 하고 있는 사립학교에 대하여는 일반적인 비영리법인이나 사회복지법인, 공익법인과는 다르게 취급해야 함에도 불구하고 우리나라 세법은 자주성과 공공성이 혼재된 학교법인에 대해 일반의 비영리법인에 대한 규정을 적용하고 있어 문제가 많다. 따라서 세법상 비영리법인, 공익법인과 학교법인을 구분해 별개로 특별히 대우하는 규정을 두는 것이 합리적이다. 특히 세법이 대기업의 오너가 재산의 변칙적 승계를 위한 방법으로 이용될 수 있는 공익법인의설립운영에관한법률에 의한 공익법인에 대한 규제를 강조한 나머지 공익법인이 수익사업을 하는 경우와 학교법인이 수익사업을 하는 경우를 동일하게 취급함으로써 학교법인의 수익사업에 대해 다음과 같은 세법상 문제가 생긴다.
