연말정산·종소세 이후에 건보공단 환급…신고시기 놓쳐 과다공제 발생

국세청, 감사원에 사전컨설팅 신청…'본인부담상한제 환급금' 가산세 면제 

세종시에 사는 근로자 이 모씨.

지난 2022년 위암 수술을 하면서 총급여 4천만원 중 의료비로 1천200만원을 지출했으며, 이듬해인 2023년 2월 연말정산 과정에서 의료비 세액공제 신청해 162만원을 공제 받았다. (총급여 4천만원×3%=120만원을 초과해 지출한 의료비 1천80만원의 15%)

이 씨는 연말정산 신청 7개월 뒤인 2023년 9월에 건보공단으로부터 의료비 환급금으로 500만원을 돌려받아 의료비로 인한 가계 부담을 덜 수 있었다.

이 씨가 돌려받은 의료비 환급금은 국민건강보험공단의 ‘본인부당상한제 환급금’으로, 연간 보험적용 본인부담금이 상한액을 초과하는 경우 해당 초과금액을 건보공단에서 부담함으로써 과도한 의료비 지출로 경제적 어려움을 겪는 국민의 가계부담을 완화하는 제도다.

그러나 다음해인 2024년 9월, 이 씨는 회사로부터 해당 의료비 환급금을 의료비에서 차감하지 않아 과다공제를 받았으므로 가산세 16만원을 포함해 근로소득세 91만원을 추가납부 해야 한다는 안내를 받았다.

이 씨는 국세상담센터를 통해 상담을 받았으나 연말정산이 끝나고 6개월도 더 지나서 돌려받은 사후환급금을 연말정산 때 차감하지 못해 가산세를 부담하는 것은 억울하다는 생각이 들 뿐이다.

의료비 과다공제 점검절차

다행히 앞으로는 이 씨의 사례처럼 근로자가 종합소득세 신고기한 이후에 수령하는 건보공단의 의료비 환급 과다공제자에게 적용되는 가산세가 면제된다.

국세청이 감사원에 사전컨설팅을 신청해 이 씨의 사례처럼 종합소득세 신고기간 이후 발생하는 환급금 과당공제자에게는 가산세를 면제하도록 하는 최종 의견을 받았기 때문이다.

현행 세법상 ‘의료비 환급금’은 의료비 세액공제 대상이 아니기에 연말정산(3월) 또는 종합소득세 신고(5월) 시 의료비에서 차감하고 신고하여야 하나, 건보공단에서는 지출연도 다음해 8월말 이후 환급금이 결정·지급됨에 따라 납세자는 신고기한까지 그 금액을 알 수 없어 과다공제 받는 일이 발생하고 있다.

국세청은 가산세 발생에 따른 납세자의 부담을 줄이기 위해 건보공단과 연말정산 또는 종소세 신고기한 전에 의료비 환급금 자료를 받기 위해 협의를 진행했으나, 건보공단의 일정상 시기를 앞당겨 자료를 수집하는 것은 불가능함을 확인했다.

이에따라 국세청은 납세자에게 귀책을 물을 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 자체 판단했으나, 법적 불확실성을 해소하기 위해 보다 정확한 판단근거를 마련하고자 감사원에 ‘적극행정 컨설팅’을 신청했으며, 이를 통해 가산세 면제 근거를 마련했다.

앞서감사원은 ‘찾아가는 사전컨설팅’을 통해 국세청을 방문해 관련 내용을 청취했으며, 가산세를 면제할 정당한 사유에 대한 판례 및 기획재정부 질의 등 다방면으로 심도 깊은 검토를 수행했다.

국세청 또한 건보공단의 업무처리방식과 지급시기에 대한 감사원의 이해도를 높이기 위해 건보공단으로부터 설명 자료를 협조 받아 감사원에 제출하는 등 지속적인 업무 공유를 진행했다.

국세청과 감사원이 적극적인 협업 결과, 이 씨의 사례처럼 의료비 환급금을 뒤늦게 수령한 경우 납세의무자에게 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 등 가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이라는 결정을 이끌어 내어 납세자의 불이익을 해소할 수 있게 됐다.

국세청 관계자는 “감사원과의 적극적인 협업을 통해 뒤늦게 의료비를 환급받은 근로자의 가산세 부담을 해소할 수 있게 됐다”며, “앞으로도 국민의 불편에 귀 기울이고 적극행정으로 문제를 신속하게 해결하는 등 최선의 노력을 다하겠다”고 밝혔다.